seq1 = pF1KE2089.tfa, 2292 bp
seq2 = pF1KE2089/gi568815597r_206830321.tfa (gi568815597r:206830321_207040531), 210211 bp

>pF1KE2089 2292
>gi568815597r:206830321_207040531 (Chr1)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-388  (101069-101413)   100% ->
389-1045  (102781-103437)   100% ->
1046-1378  (104714-105046)   100% ->
1379-1705  (105786-106112)   100% ->
1706-1886  (107366-107546)   100% ->
1887-2008  (107955-108076)   100% ->
2009-2140  (108730-108861)   100% ->
2141-2199  (108977-109035)   100% ->
2200-2292  (110119-110211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTCTTCGTGCTCACCTGCCTGCTGGCGGTCTTCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGCTGCTCTTCGTGCTCACCTGCCTGCTGGCGGTCTTCCCAGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CCATCTCCACGAAGAGTCCCATATTTGGTCCCGAGGAGGTGAATAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101067 AGCCATCTCCACGAAGAGTCCCATATTTGGTCCCGAGGAGGTGAATAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAGGTAACTCAGTGTCCATCACGTGCTACTACCCACCCACCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 TGGAAGGTAACTCAGTGTCCATCACGTGCTACTACCCACCCACCTCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCGGCACACCCGGAAGTACTGGTGCCGGCAGGGAGCTAGAGGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 AACCGGCACACCCGGAAGTACTGGTGCCGGCAGGGAGCTAGAGGTGGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATAACCCTCATCTCCTCGGAGGGCTACGTCTCCAGCAAATATGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 CATAACCCTCATCTCCTCGGAGGGCTACGTCTCCAGCAAATATGCAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGCTAACCTCACCAACTTCCCGGAGAACGGCACATTTGTGGTGAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101267 GGGCTAACCTCACCAACTTCCCGGAGAACGGCACATTTGTGGTGAACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCAGCTGAGCCAGGATGACTCCGGGCGCTACAAGTGTGGCCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101317 GCCCAGCTGAGCCAGGATGACTCCGGGCGCTACAAGTGTGGCCTGGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATAGCCGAGGCCTGTCCTTTGATGTCAGCCTGGAGGTCAGCCAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101367 CAATAGCCGAGGCCTGTCCTTTGATGTCAGCCTGGAGGTCAGCCAGGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       GTCCTGGGCTCCTAAATGACACTAAAGTCTACACAGTGGACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101417 ...CAGGTCCTGGGCTCCTAAATGACACTAAAGTCTACACAGTGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCAGAACGGTGACCATCAACTGCCCTTTCAAGACTGAGAATGCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102825 GGCAGAACGGTGACCATCAACTGCCCTTTCAAGACTGAGAATGCTCAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGGAAGTCCTTGTACAAGCAGATAGGCCTGTACCCTGTGCTGGTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102875 GAGGAAGTCCTTGTACAAGCAGATAGGCCTGTACCCTGTGCTGGTCATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTCCAGTGGTTATGTAAATCCCAACTATACAGGAAGAATACGCCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102925 ACTCCAGTGGTTATGTAAATCCCAACTATACAGGAAGAATACGCCTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTCAGGGTACTGGCCAGTTACTGTTCAGCGTTGTCATCAACCAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102975 ATTCAGGGTACTGGCCAGTTACTGTTCAGCGTTGTCATCAACCAACTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTCAGCGATGCTGGGCAGTATCTCTGCCAGGCTGGGGATGATTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 GCTCAGCGATGCTGGGCAGTATCTCTGCCAGGCTGGGGATGATTCCAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTAATAAGAAGAATGCTGACCTCCAAGTGCTAAAGCCCGAGCCCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 GTAATAAGAAGAATGCTGACCTCCAAGTGCTAAAGCCCGAGCCCGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTTTATGAAGACCTGAGGGGCTCAGTGACCTTCCACTGTGCCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 GTTTATGAAGACCTGAGGGGCTCAGTGACCTTCCACTGTGCCCTGGGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGAGGTGGCAAACGTGGCCAAATTTCTGTGCCGACAGAGCAGTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103175 TGAGGTGGCAAACGTGGCCAAATTTCTGTGCCGACAGAGCAGTGGGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACTGTGACGTGGTCGTCAACACCCTGGGGAAGAGGGCCCCAGCCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 ACTGTGACGTGGTCGTCAACACCCTGGGGAAGAGGGCCCCAGCCTTTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGCAGGATCCTGCTCAACCCCCAGGACAAGGATGGCTCATTCAGTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103275 GGCAGGATCCTGCTCAACCCCCAGGACAAGGATGGCTCATTCAGTGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GATCACAGGCCTGAGGAAGGAGGATGCAGGGCGCTACCTGTGTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103325 GATCACAGGCCTGAGGAAGGAGGATGCAGGGCGCTACCTGTGTGGAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATTCGGATGGTCAGCTGCAGGAAGGCTCGCCTATCCAGGCCTGGCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103375 ATTCGGATGGTCAGCTGCAGGAAGGCTCGCCTATCCAGGCCTGGCAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTCGTCAATGAGG         AGTCCACGATTCCCCGCAGCCCCACTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103425 TTCGTCAATGAGGGTA...CAGAGTCCACGATTCCCCGCAGCCCCACTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGTGAAGGGGGTGGCAGGAGGCTCTGTGGCCGTGCTCTGCCCCTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104742 GGTGAAGGGGGTGGCAGGAGGCTCTGTGGCCGTGCTCTGCCCCTACAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GTAAGGAAAGCAAAAGCATCAAGTACTGGTGTCTCTGGGAAGGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104792 GTAAGGAAAGCAAAAGCATCAAGTACTGGTGTCTCTGGGAAGGGGCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AATGGCCGCTGCCCCCTGCTGGTGGACAGCGAGGGGTGGGTTAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104842 AATGGCCGCTGCCCCCTGCTGGTGGACAGCGAGGGGTGGGTTAAGGCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GTACGAGGGCCGCCTCTCCCTGCTGGAGGAGCCAGGCAACGGCACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104892 GTACGAGGGCCGCCTCTCCCTGCTGGAGGAGCCAGGCAACGGCACCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTGTCATCCTCAACCAGCTCACCAGCCGGGACGCCGGCTTCTACTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104942 CTGTCATCCTCAACCAGCTCACCAGCCGGGACGCCGGCTTCTACTGGTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTGACCAACGGCGATACTCTCTGGAGGACCACCGTGGAGATCAAGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104992 CTGACCAACGGCGATACTCTCTGGAGGACCACCGTGGAGATCAAGATTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CGAAG         GAGAACCAAACCTCAAGGTACCAGGGAATGTCACGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105042 CGAAGGTA...CAGGAGAACCAAACCTCAAGGTACCAGGGAATGTCACGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTGTGCTGGGAGAGACTCTCAAGGTCCCCTGTCACTTTCCATGCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105822 CTGTGCTGGGAGAGACTCTCAAGGTCCCCTGTCACTTTCCATGCAAATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TCCTCGTACGAGAAATACTGGTGCAAGTGGAATAACACGGGCTGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105872 TCCTCGTACGAGAAATACTGGTGCAAGTGGAATAACACGGGCTGCCAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCTGCCCAGCCAAGACGAAGGCCCCAGCAAGGCCTTCGTGAACTGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105922 CCTGCCCAGCCAAGACGAAGGCCCCAGCAAGGCCTTCGTGAACTGTGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AGAACAGCCGGCTTGTCTCCCTGACCCTGAACCTGGTGACCAGGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105972 AGAACAGCCGGCTTGTCTCCCTGACCCTGAACCTGGTGACCAGGGCTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAGGGCTGGTACTGGTGTGGAGTGAAGCAGGGCCACTTCTATGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106022 GAGGGCTGGTACTGGTGTGGAGTGAAGCAGGGCCACTTCTATGGAGAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TGCAGCCGTCTATGTGGCAGTTGAAGAGAGGAAGGCAGCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106072 TGCAGCCGTCTATGTGGCAGTTGAAGAGAGGAAGGCAGCGGGTG...CAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GGTCCCGCGATGTCAGCCTAGCGAAGGCAGACGCTGCTCCTGATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107366 GGTCCCGCGATGTCAGCCTAGCGAAGGCAGACGCTGCTCCTGATGAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GTGCTAGACTCTGGTTTTCGGGAGATTGAGAACAAAGCCATTCAGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107416 GTGCTAGACTCTGGTTTTCGGGAGATTGAGAACAAAGCCATTCAGGATCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CAGGCTTTTTGCAGAGGAAAAGGCGGTGGCAGATACAAGAGATCAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107466 CAGGCTTTTTGCAGAGGAAAAGGCGGTGGCAGATACAAGAGATCAAGCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ATGGGAGCAGAGCATCTGTGGATTCCGGCAG         CTCTGAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107516 ATGGGAGCAGAGCATCTGTGGATTCCGGCAGGTA...CAGCTCTGAGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CAAGGTGGAAGCTCCAGAGCGCTGGTCTCCACCCTGGTGCCCCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107965 CAAGGTGGAAGCTCCAGAGCGCTGGTCTCCACCCTGGTGCCCCTGGGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GGTGCTGGCAGTGGGAGCCGTGGCTGTGGGGGTGGCCAGAGCCCGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108015 GGTGCTGGCAGTGGGAGCCGTGGCTGTGGGGGTGGCCAGAGCCCGGCACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 GGAAGAACGTCG         ACCGAGTTTCAATCAGAAGCTACAGGACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108065 GGAAGAACGTCGGTG...CAGACCGAGTTTCAATCAGAAGCTACAGGACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GACATTAGCATGTCAGACTTCGAGAACTCCAGGGAATTTGGAGCCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108759 GACATTAGCATGTCAGACTTCGAGAACTCCAGGGAATTTGGAGCCAATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CAACATGGGAGCCTCTTCGATCACTCAGGAGACATCCCTCGGAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108809 CAACATGGGAGCCTCTTCGATCACTCAGGAGACATCCCTCGGAGGAAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 AAG         AGTTTGTTGCCACCACTGAGAGCACCACAGAGACCAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108859 AAGGTA...CAGAGTTTGTTGCCACCACTGAGAGCACCACAGAGACCAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 GAACCCAAGAAGGCAAAAAGG         TCATCCAAGGAGGAAGCCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109015 GAACCCAAGAAGGCAAAAAGGGTG...TAGTCATCCAAGGAGGAAGCCGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GATGGCCTACAAAGACTTCCTGCTCCAGTCCAGCACCGTGGCCGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110139 GATGGCCTACAAAGACTTCCTGCTCCAGTCCAGCACCGTGGCCGCCGAGG

   2350     .    :    .    :
   2270 CCCAGGACGGCCCCCAGGAAGCC
        |||||||||||||||||||||||
 110189 CCCAGGACGGCCCCCAGGAAGCC