seq1 = pF1KE2079.tfa, 2256 bp
seq2 = pF1KE2079/gi568815592f_31827753.tfa (gi568815592f:31827753_32045354), 217602 bp

>pF1KE2079 2256
>gi568815592f:31827753_32045354 (Chr6)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-256  (100203-100412)   100% ->
257-442  (100980-101165)   100% ->
443-616  (105858-106031)   100% ->
617-715  (106115-106213)   100% ->
716-849  (106414-106547)   100% ->
850-988  (108171-108309)   100% ->
989-1129  (109567-109707)   100% ->
1130-1219  (111479-111568)   100% ->
1220-1360  (115207-115347)   100% ->
1361-1455  (115473-115567)   100% ->
1456-1567  (115664-115775)   100% ->
1568-1733  (115892-116057)   100% ->
1734-1810  (116165-116241)   100% ->
1811-1902  (116383-116474)   100% ->
1903-2029  (116975-117101)   100% ->
2030-2079  (117228-117277)   100% ->
2080-2256  (117426-117602)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCACTGATGGTTCTTTTTTGCCTGCTGTTCCTGTACCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGGCCCACTGATGGTTCTTTTTTGCCTGCTGTTCCTGTACCCAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTCTGGCAGACTCGGCTCCCTCCTGCCCTCAGAACGTGAATATCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGTCTGGCAGACTCGGCTCCCTCCTGCCCTCAGAACGTGAATATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGTGGCACCTTCACCCTCAGCCATGGCTGGGCTCCTGGGAGCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 CGGGTGGCACCTTCACCCTCAGCCATGGCTGGGCTCCTGGGAGCCTTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCTACTCCTGCCCCCAGGGCCTGTACCCATCCCCAGCATCACGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 ACCTACTCCTGCCCCCAGGGCCTGTACCCATCCCCAGCATCACGGCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAGCAGCGGACAGTGGCAGACCCCAGGAGCCACCCGGTCTCTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 CAAGAGCAGCGGACAGTGGCAGACCCCAGGAGCCACCCGGTCTCTGTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCGGTCTGCAAAC         CTGTGCGCTGTCCAGCCCCTGTCTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100398 AGGCGGTCTGCAAACGTG...CAGCTGTGCGCTGTCCAGCCCCTGTCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGAGAATGGCATTTATACCCCACGGCTGGGGTCCTATCCCGTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 TTTGAGAATGGCATTTATACCCCACGGCTGGGGTCCTATCCCGTGGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAATGTGAGCTTCGAGTGTGAGGATGGCTTCATATTGCGGGGCTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 CAATGTGAGCTTCGAGTGTGAGGATGGCTTCATATTGCGGGGCTCGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCGTCAGTGTCGCCCCAACGGCATGTGGGATGGAGAAACAGCTGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 TGCGTCAGTGTCGCCCCAACGGCATGTGGGATGGAGAAACAGCTGTGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATAATGGGG         CTGGCCACTGCCCCAACCCAGGCATTTCACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 GATAATGGGGGTG...CAGCTGGCCACTGCCCCAACCCAGGCATTTCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCGCAGTGCGGACAGGCTTCCGCTTTGGTCATGGGGACAAGGTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105889 GGGCGCAGTGCGGACAGGCTTCCGCTTTGGTCATGGGGACAAGGTCCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCGCTGCTCCTCGAATCTTGTGCTCACGGGGTCTTCGGAGCGGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105939 ATCGCTGCTCCTCGAATCTTGTGCTCACGGGGTCTTCGGAGCGGGAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGGGCAACGGGGTCTGGAGTGGAACGGAGCCCATCTGCCGCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105989 CAGGGCAACGGGGTCTGGAGTGGAACGGAGCCCATCTGCCGCCGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617   AACCCTACTCTTATGACTTCCCTGAGGACGTGGCCCCTGCCCTGGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106113 AGAACCCTACTCTTATGACTTCCCTGAGGACGTGGCCCCTGCCCTGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTCCTTCTCCCACATGCTTGGGGCCACCAATCCCACCCAGAAGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106163 CTTCCTTCTCCCACATGCTTGGGGCCACCAATCCCACCCAGAAGACAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         AAAGCCTGGGCCGTAAAATCCAAATCCAGCGCTCTGGTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106213 GGTG...CAGAAAGCCTGGGCCGTAAAATCCAAATCCAGCGCTCTGGTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTGAACCTCTACCTGCTCCTGGACTGTTCGCAGAGTGTGTCGGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106454 TCTGAACCTCTACCTGCTCCTGGACTGTTCGCAGAGTGTGTCGGAAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTTTCTCATCTTCAAGGAGAGCGCCTCCCTCATGGTGGACAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106504 ACTTTCTCATCTTCAAGGAGAGCGCCTCCCTCATGGTGGACAGGGTC...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850    ATCTTCAGCTTTGAGATCAATGTGAGCGTTGCCATTATCACCTTTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108168 CAGATCTTCAGCTTTGAGATCAATGTGAGCGTTGCCATTATCACCTTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCAGAGCCCAAAGTCCTCATGTCTGTCCTGAACGACAACTCCCGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108218 CTCAGAGCCCAAAGTCCTCATGTCTGTCCTGAACGACAACTCCCGGGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGACTGAGGTGATCAGCAGCCTGGAAAATGCCAACTATAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108268 TGACTGAGGTGATCAGCAGCCTGGAAAATGCCAACTATAAAGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989  ATCATGAAAATGGAACTGGGACTAACACCTATGCGGCCTTAAACAGTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109566 GATCATGAAAATGGAACTGGGACTAACACCTATGCGGCCTTAAACAGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTATCTCATGATGAACAACCAAATGCGACTCCTCGGCATGGAAACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109616 CTATCTCATGATGAACAACCAAATGCGACTCCTCGGCATGGAAACGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCTGGCAGGAAATCCGACATGCCATCATCCTTCTGACAGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109666 CCTGGCAGGAAATCCGACATGCCATCATCCTTCTGACAGATGGTG...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130  GAAAGTCCAATATGGGTGGCTCTCCCAAGACAGCTGTTGACCATATCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111478 GGAAAGTCCAATATGGGTGGCTCTCCCAAGACAGCTGTTGACCATATCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGATCCTGAACATCAACCAGAAGAGGAATGACTATCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111528 AGAGATCCTGAACATCAACCAGAAGAGGAATGACTATCTGGGTG...CAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACATCTATGCCATCGGGGTGGGCAAGCTGGATGTGGACTGGAGAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115207 ACATCTATGCCATCGGGGTGGGCAAGCTGGATGTGGACTGGAGAGAACTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGAGCTAGGGTCCAAGAAGGATGGTGAGAGGCATGCCTTCATTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115257 AATGAGCTAGGGTCCAAGAAGGATGGTGAGAGGCATGCCTTCATTCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGACACAAAGGCTCTGCACCAGGTCTTTGAACATATGCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115307 GGACACAAAGGCTCTGCACCAGGTCTTTGAACATATGCTGGGTG...CAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGTCTCCAAGCTCACAGACACCATCTGCGGGGTGGGGAACATGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115473 ATGTCTCCAAGCTCACAGACACCATCTGCGGGGTGGGGAACATGTCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AACGCCTCTGACCAGGAGAGGACACCCTGGCATGTCACTATTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115523 AACGCCTCTGACCAGGAGAGGACACCCTGGCATGTCACTATTAAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456     CCCAAGAGCCAAGAGACCTGCCGGGGGGCCCTCATCTCCGACCAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115573 .CAGCCCAAGAGCCAAGAGACCTGCCGGGGGGCCCTCATCTCCGACCAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGGTCCTGACAGCAGCTCATTGCTTCCGCGATGGCAACGACCACTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115710 GGGTCCTGACAGCAGCTCATTGCTTCCGCGATGGCAACGACCACTCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGGAGGGTCAATGTGG         GAGACCCCAAATCCCAGTGGGGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115760 TGGAGGGTCAATGTGGGTA...CAGGAGACCCCAAATCCCAGTGGGGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGAATTCCTTATTGAGAAGGCGGTGATCTCCCCAGGGTTTGATGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115917 AGAATTCCTTATTGAGAAGGCGGTGATCTCCCCAGGGTTTGATGTCTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCAAAAAGAACCAGGGAATCCTGGAGTTCTATGGTGATGACATAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115967 CCAAAAAGAACCAGGGAATCCTGGAGTTCTATGGTGATGACATAGCTCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTGAAGCTGGCCCAGAAAGTAAAGATGTCCACCCATGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116017 CTGAAGCTGGCCCAGAAAGTAAAGATGTCCACCCATGCCAGGTG...CAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCCCATCTGCCTTCCCTGCACGATGGAGGCCAATCTGGCTCTGCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116165 GCCCATCTGCCTTCCCTGCACGATGGAGGCCAATCTGGCTCTGCGGAGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTCAAGGCAGCACCTGTAGGGACCATG         AGAATGAACTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116215 CTCAAGGCAGCACCTGTAGGGACCATGGTG...TAGAGAATGAACTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AACAAACAGAGTGTTCCTGCTCATTTTGTCGCCTTGAATGGGAGCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116397 AACAAACAGAGTGTTCCTGCTCATTTTGTCGCCTTGAATGGGAGCAAACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GAACATTAACCTTAAGATGGGAGTGGAG         TGGACAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116447 GAACATTAACCTTAAGATGGGAGTGGAGGTG...CAGTGGACAAGCTGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CCGAGGTTGTCTCCCAAGAAAAAACCATGTTCCCCAACTTGACAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116988 CCGAGGTTGTCTCCCAAGAAAAAACCATGTTCCCCAACTTGACAGATGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGGGAGGTGGTGACAGACCAGTTCCTATGCAGTGGGACCCAGGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117038 AGGGAGGTGGTGACAGACCAGTTCCTATGCAGTGGGACCCAGGAGGATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GAGTCCCTGCAAGG         GAGAATCTGGGGGAGCAGTTTTCCTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117088 GAGTCCCTGCAAGGGTG...CAGGAGAATCTGGGGGAGCAGTTTTCCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGCGGAGATTCAGGTTTTTTCAG         GTGGGTCTGGTGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117255 AGCGGAGATTCAGGTTTTTTCAGGTG...CAGGTGGGTCTGGTGAGCTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GGTCTTTACAACCCCTGCCTTGGCTCTGCTGACAAAAACTCCCGCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117444 GGTCTTTACAACCCCTGCCTTGGCTCTGCTGACAAAAACTCCCGCAAAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GGCCCCTCGTAGCAAGGTCCCGCCGCCACGAGACTTTCACATCAATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117494 GGCCCCTCGTAGCAAGGTCCCGCCGCCACGAGACTTTCACATCAATCTCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCCGCATGCAGCCCTGGCTGAGGCAGCACCTGGGGGATGTCCTGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117544 TCCGCATGCAGCCCTGGCTGAGGCAGCACCTGGGGGATGTCCTGAATTTT

   2400     .
   2248 TTACCCCTC
        |||||||||
 117594 TTACCCCTC