seq1 = pF1KE2072.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KE2072/gi568815597f_65813315.tfa (gi568815597f:65813315_66472675), 659361 bp

>pF1KE2072 2208
>gi568815597f:65813315_66472675 (Chr1)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-281  (105283-105521)   100% ->
282-476  (434146-434340)   100% ->
477-513  (444333-444369)   100% ->
514-584  (444479-444549)   100% ->
585-634  (452724-452773)   100% ->
635-747  (519194-519306)   100% ->
748-841  (542213-542306)   100% ->
842-1020  (548301-548479)   100% ->
1021-1119  (549854-549952)   100% ->
1120-1284  (550093-550257)   100% ->
1285-1384  (552353-552452)   100% ->
1385-1539  (554382-554536)   100% ->
1540-1662  (554629-554751)   100% ->
1663-1845  (555473-555655)   100% ->
1846-2208  (558999-559361)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAAAGCAGGAGTGTGATGACGGTGATGGCTGATGAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGAAGAAAAGCAGGAGTGTGATGACGGTGATGGCTGATGATGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  AATGTTAAAGATTATTTTGAATGTAGCTTGAGTAAATCCTACAGTTCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105282 GAATGTTAAAGATTATTTTGAATGTAGCTTGAGTAAATCCTACAGTTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGTAACACACTTGGGATCGACCTCTGGAGAGGGAGAAGGTGTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105332 CCAGTAACACACTTGGGATCGACCTCTGGAGAGGGAGAAGGTGTTGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAACTTACAGTTACCACCACTGTCTCAAAGACAGAGTGAAAGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105382 GGAAACTTACAGTTACCACCACTGTCTCAAAGACAGAGTGAAAGGGCAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACTCCTGAGGGAGATGGTATTTCCAGGCCGACCACACTGCCTTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105432 GACTCCTGAGGGAGATGGTATTTCCAGGCCGACCACACTGCCTTTGACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCTTCCAAGCATTGCTATTACAACTGTAAGCCAGGAGTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105482 CGCTTCCAAGCATTGCTATTACAACTGTAAGCCAGGAGTGGTG...AAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGATGTGGAAAATGGCCCTTCCCCAGGTCGGAGTCCACTGGATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 434147 TTTGATGTGGAAAATGGCCCTTCCCCAGGTCGGAGTCCACTGGATCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCAGCTCTTCCGCTGGGCTGGTACTTCACGCCACCTTTCCTGGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 434197 GGCCAGCTCTTCCGCTGGGCTGGTACTTCACGCCACCTTTCCTGGGCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCAGCGCAGAGAGTCATTTCTCTACAGATCAGACAGCGACTATGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 434247 GCCAGCGCAGAGAGTCATTTCTCTACAGATCAGACAGCGACTATGACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCACCAAAGGCGATGTCGAGAAACTCTTCTCTTCCAAGCGAGCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 434297 TCACCAAAGGCGATGTCGAGAAACTCTTCTCTTCCAAGCGAGCAGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477    ACACGGCGATGACTTGATTGTAACTCCTTTTGCCCAG         G
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 444330 CAGACACGGCGATGACTTGATTGTAACTCCTTTTGCCCAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTTGCCAGCTTGCGAAGTGTGAGAAACAACTTCACTATACTGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 444480 TCCTTGCCAGCTTGCGAAGTGTGAGAAACAACTTCACTATACTGACAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTTCATGGTACATCTAACAA         GAGGTCCCCAGCTGCTAGTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 444530 CTTCATGGTACATCTAACAAGTA...CAGGAGGTCCCCAGCTGCTAGTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCTCCTGTCTCCAGAGTCAACCCACAAG         AAGAATCTTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 452745 GCCTCCTGTCTCCAGAGTCAACCCACAAGGTA...CAGAAGAATCTTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAAAATTAGCAATGGAAACGCTGGAGGAATTAGACTGGTGTTTAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519206 AAAAATTAGCAATGGAAACGCTGGAGGAATTAGACTGGTGTTTAGACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTAGAGACCATACAGACCTACCGGTCTGTCAGTGAGATGGCTTCTAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519256 CTAGAGACCATACAGACCTACCGGTCTGTCAGTGAGATGGCTTCTAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         TTCAAAAGAATGCTGAACCGGGAGCTGACACACCTCTCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519306 GGTA...CAGTTCAAAAGAATGCTGAACCGGGAGCTGACACACCTCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATGAGCCGATCAGGGAACCAGGTGTCTGAATACATTTCAAATACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 542253 AGATGAGCCGATCAGGGAACCAGGTGTCTGAATACATTTCAAATACTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTAG         ACAAGCAGAATGATGTGGAGATCCCATCTCCTACCCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 542303 TTAGGTA...CAGACAAGCAGAATGATGTGGAGATCCCATCTCCTACCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAAAGACAGGGAGAAAAAGAAAAAGCAGCAGCTCATGACCCAGATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 548338 GAAAGACAGGGAGAAAAAGAAAAAGCAGCAGCTCATGACCCAGATAAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGTGAAGAAATTAATGCATAGTTCAAGCCTAAACAATACAAGCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 548388 GAGTGAAGAAATTAATGCATAGTTCAAGCCTAAACAATACAAGCATCTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGCTTTGGAGTCAACACTGAAAATGAAGATCACCTGGCCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 548438 CGCTTTGGAGTCAACACTGAAAATGAAGATCACCTGGCCAAGGTG...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021  GAGCTGGAAGACCTGAACAAATGGGGTCTTAACATCTTTAATGTGGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549853 GGAGCTGGAAGACCTGAACAAATGGGGTCTTAACATCTTTAATGTGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GATATTCTCACAATAGACCCCTAACATGCATCATGTATGCTATATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549903 GATATTCTCACAATAGACCCCTAACATGCATCATGTATGCTATATTCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120          GAAAGAGACCTCCTAAAGACATTCAGAATCTCATCTGACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 549953 GTG...CAGGAAAGAGACCTCCTAAAGACATTCAGAATCTCATCTGACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ATTTATAACCTACATGATGACTTTAGAAGACCATTACCATTCTGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 550134 ATTTATAACCTACATGATGACTTTAGAAGACCATTACCATTCTGACGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CATATCACAACAGCCTGCACGCTGCTGATGTAGCCCAGTCGACCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 550184 CATATCACAACAGCCTGCACGCTGCTGATGTAGCCCAGTCGACCCATGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTCCTTTCTACACCAGCATTAGAC         GCTGTCTTCACAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 550234 CTCCTTTCTACACCAGCATTAGACGTG...CAGGCTGTCTTCACAGATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAGATCCTGGCTGCCATTTTTGCAGCTGCCATCCATGACGTTGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 552370 GGAGATCCTGGCTGCCATTTTTGCAGCTGCCATCCATGACGTTGATCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTGGAGTCTCCAATCAGTTTCTCATCAACACAA         ATTCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 552420 CTGGAGTCTCCAATCAGTTTCTCATCAACACAAGTG...TAGATTCAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTTGCTTTGATGTATAATGATGAATCTGTGTTGGAAAATCATCACCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554390 CTTGCTTTGATGTATAATGATGAATCTGTGTTGGAAAATCATCACCTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGTGGGTTTCAAACTGCTGCAAGAAGAACACTGTGACATCTTCATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554440 TGTGGGTTTCAAACTGCTGCAAGAAGAACACTGTGACATCTTCATGAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCACCAAGAAGCAGCGTCAGACACTCAGGAAGATGGTTATTGACATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 554490 TCACCAAGAAGCAGCGTCAGACACTCAGGAAGATGGTTATTGACATGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1540       GTGTTAGCAACTGATATGTCTAAACATATGAGCCTGCTGGCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554540 ...AAGGTGTTAGCAACTGATATGTCTAAACATATGAGCCTGCTGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCTGAAGACAATGGTAGAAACGAAGAAAGTTACAAGTTCAGGCGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554673 CCTGAAGACAATGGTAGAAACGAAGAAAGTTACAAGTTCAGGCGTTCTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCCTAGACAACTATACCGATCGCATTCAG         GTCCTTCGCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 554723 TCCTAGACAACTATACCGATCGCATTCAGGTA...CAGGTCCTTCGCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ATGGTACACTGTGCAGACCTGAGCAACCCCACCAAGTCCTTGGAATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555485 ATGGTACACTGTGCAGACCTGAGCAACCCCACCAAGTCCTTGGAATTGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCGGCAATGGACAGACCGCATCATGGAGGAATTTTTCCAGCAGGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555535 TCGGCAATGGACAGACCGCATCATGGAGGAATTTTTCCAGCAGGGAGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AAGAGCGGGAGAGGGGAATGGAAATTAGCCCAATGTGTGATAAACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555585 AAGAGCGGGAGAGGGGAATGGAAATTAGCCCAATGTGTGATAAACACACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GCTTCTGTGGAAAAATCCCAG         GTTGGTTTCATCGACTACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 555635 GCTTCTGTGGAAAAATCCCAGGTA...CAGGTTGGTTTCATCGACTACAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGTCCATCCATTGTGGGAGACATGGGCAGATTTGGTACAGCCTGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559019 TGTCCATCCATTGTGGGAGACATGGGCAGATTTGGTACAGCCTGATGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGGACATTCTCGATACCTTAGAAGATAACAGGAACTGGTATCAGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559069 AGGACATTCTCGATACCTTAGAAGATAACAGGAACTGGTATCAGAGCATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ATACCTCAAAGTCCCTCACCACCACTGGACGAGCAGAACAGGGACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559119 ATACCTCAAAGTCCCTCACCACCACTGGACGAGCAGAACAGGGACTGCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGGTCTGATGGAGAAGTTTCAGTTTGAACTGACTCTCGATGAGGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559169 GGGTCTGATGGAGAAGTTTCAGTTTGAACTGACTCTCGATGAGGAAGATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CTGAAGGACCTGAGAAGGAGGGAGAGGGACACAGCTATTTCAGCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559219 CTGAAGGACCTGAGAAGGAGGGAGAGGGACACAGCTATTTCAGCAGCACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 AAGACGCTTTGTGTGATTGATCCAGAAAACAGAGATTCCCTGGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559269 AAGACGCTTTGTGTGATTGATCCAGAAAACAGAGATTCCCTGGGAGAGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TGACATAGACATTGCAACAGAAGACAAGTCCCCCGTGGATACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 559319 TGACATAGACATTGCAACAGAAGACAAGTCCCCCGTGGATACA