seq1 = pF1KE2050.tfa, 2013 bp
seq2 = pF1KE2050/gi568815594f_56367636.tfa (gi568815594f:56367636_56601809), 234174 bp

>pF1KE2050 2013
>gi568815594f:56367636_56601809 (Chr4)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-230  (102018-102138)   100% ->
231-354  (104085-104208)   100% ->
355-498  (106419-106562)   100% ->
499-610  (106645-106756)   100% ->
611-642  (109036-109067)   100% ->
643-767  (110744-110868)   100% ->
768-825  (110957-111014)   100% ->
826-957  (115504-115635)   100% ->
958-1086  (117101-117229)   100% ->
1087-1159  (118690-118762)   100% ->
1160-1224  (120314-120378)   100% ->
1225-1320  (121753-121848)   100% ->
1321-1424  (122698-122801)   100% ->
1425-1502  (122933-123010)   100% ->
1503-1640  (123796-123933)   100% ->
1641-1678  (127722-127759)   100% ->
1679-1838  (132901-133060)   100% ->
1839-2013  (134049-134223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGCGGCGGCAGCGGGGGGGTGTCAGTACCTGCGCTGTGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGCGGCGGCAGCGGGGGGGTGTCAGTACCTGCGCTGTGGAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGAACCGGTATGGCCAGAACGGCGACTTCACGCGCGCTCTCAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGAACCGGTATGGCCAGAACGGCGACTTCACGCGCGCTCTCAAGACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAATAAGA         TACTACAGATCAACAAAGATGACGTAACTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAATAAGAGTA...TAGTACTACAGATCAACAAAGATGACGTAACTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCATTGTAAAGTGGTATGCCTTATCCAGAATGGAAGTTTCAAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 CTGCATTGTAAAGTGGTATGCCTTATCCAGAATGGAAGTTTCAAGGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGAATGTCATCAATACTCACACCAAAGTGTTAGCCAA         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102100 TTTGAATGTCATCAATACTCACACCAAAGTGTTAGCCAAGTA...CAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTCTCTCTCCTTTGAAAAGGCATATTGCGAGTACAGGCTGAACAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104087 ACTCTCTCTCCTTTGAAAAGGCATATTGCGAGTACAGGCTGAACAGAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAATGCCTTGAAGACAATAGAAAGTGCCAACCAGCAGACAGACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104137 GAGAATGCCTTGAAGACAATAGAAAGTGCCAACCAGCAGACAGACAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGGAGCTTTATGGACAAGTG         TTATACCGTTTGGAACGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104187 GAAGGAGCTTTATGGACAAGTGGTA...CAGTTATACCGTTTGGAACGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGATGAATGCTTAGCAGTGTATAGAGATCTCGTCCGAAACTCCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106438 ATGATGAATGCTTAGCAGTGTATAGAGATCTCGTCCGAAACTCCCAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTATGATGAGGAGAGGAAAACAAACCTTTCAGCAGTTGTTGCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106488 GATTATGATGAGGAGAGGAAAACAAACCTTTCAGCAGTTGTTGCAGCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGCAATTGGGAAAAAGTGGTTCCA         GAGAACCTGGGCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106538 AAGCAATTGGGAAAAAGTGGTTCCAGTG...CAGGAGAACCTGGGCCTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAGGCACACATGAGCTGTGCTACAACACTGCATGTGCACTGATAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106661 AAGAAGGCACACATGAGCTGTGCTACAACACTGCATGTGCACTGATAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAGGCCAGCTGAACCAGGCCATGAAAATCCTACAAAAAGCTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106711 CAAGGCCAGCTGAACCAGGCCATGAAAATCCTACAAAAAGCTGAAGGTT.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      ATCTTTGCCGCCGTTCATTATCAGAAGACACT         GATG
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106761 ..TAGATCTTTGCCGCCGTTCATTATCAGAAGACACTGTA...TAGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGACTGAGGAAGACCCACAGGCAGAACTGGCCATCATTCATGGTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110748 GGACTGAGGAAGACCCACAGGCAGAACTGGCCATCATTCATGGTCAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTTATATTCTGCAGCTTCAGGGTCGAACAGAGGAGGCTTTGCAACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110798 GCTTATATTCTGCAGCTTCAGGGTCGAACAGAGGAGGCTTTGCAACTTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATCAAATAATAAAACTAAA         ACCAACAGATGTGGGATTAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110848 CAATCAAATAATAAAACTAAAGTG...CAGACCAACAGATGTGGGATTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAGCTGTAATTGCAAATAACATCATTACCATTAACAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110977 TAGCTGTAATTGCAAATAACATCATTACCATTAACAAGGTA...TAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAAATGTCTTTGACTCCAAGAAGAAAGTGAAATTAACCAATGCGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115507 CAAAATGTCTTTGACTCCAAGAAGAAAGTGAAATTAACCAATGCGGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTAGAGTTTAAGCTTTCCAAGAAACAACTACAAGCTATAGAATTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115557 AGTAGAGTTTAAGCTTTCCAAGAAACAACTACAAGCTATAGAATTTAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCTTTACTTGCTATGTACACAAACCAG         GCTGAACAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115607 AAGCTTTACTTGCTATGTACACAAACCAGGTG...TAGGCTGAACAATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGCAAAATATCTGCCAGTTTACAGTCCCAAAGTCCCGAGCATCTCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117113 CGCAAAATATCTGCCAGTTTACAGTCCCAAAGTCCCGAGCATCTCTTACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGTGTTAATCCAAGCTGCCCAGCTCTGCCGTGAAAAGCAGCACACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117163 TGTGTTAATCCAAGCTGCCCAGCTCTGCCGTGAAAAGCAGCACACAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAATAGAGCTGCTTCAG         GAATTTTCAGATCAGCATCCAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117213 CAATAGAGCTGCTTCAGGTA...TAGGAATTTTCAGATCAGCATCCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AATGCAGCTGAAATTAAGCTGACCATGGCACAGTTGAAAATTTCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118714 AATGCAGCTGAAATTAAGCTGACCATGGCACAGTTGAAAATTTCTCAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160         GTAATATTTCTAAAGCATGTCTAATATTGAGAAGCATAGAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118764 TA...AAGGTAATATTTCTAAAGCATGTCTAATATTGAGAAGCATAGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGTTAAAGCATAAACCAGGCATG         GTATCTGCATTAGTTACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120356 AGTTAAAGCATAAACCAGGCATGGTG...TAGGTATCTGCATTAGTTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ATGTATAGCCATGAAGAAGATATTGATAGTGCCATTGAGGTCTTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121771 ATGTATAGCCATGAAGAAGATATTGATAGTGCCATTGAGGTCTTCACACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGCTATCCAGTGGTATCAAAACCATCAG         CCAAAATCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121821 AGCTATCCAGTGGTATCAAAACCATCAGGTA...TAGCCAAAATCTCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTCATTTGTCCTTGATAAGAGAAGCTGCAAACTTCAAACTCAAATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122711 CTCATTTGTCCTTGATAAGAGAAGCTGCAAACTTCAAACTCAAATATGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CGGAAGAAGGAGGCAATTAGTGACCTACAACAGCTGTGGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122761 CGGAAGAAGGAGGCAATTAGTGACCTACAACAGCTGTGGAAGTA...TAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 ACAAAATCCAAAAGATATTCACACCCTGGCACAGCTTATTTCTGCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122933 ACAAAATCCAAAAGATATTCACACCCTGGCACAGCTTATTTCTGCTTACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CACTTGTAGATCCAGAGAAAGCCAAAGC         TCTTAGTAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122983 CACTTGTAGATCCAGAGAAAGCCAAAGCGTA...CAGTCTTAGTAAACAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TTGCCATCGTCAGATAGTATGTCTCTAAAAGTAGATGTTGAGGCTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123809 TTGCCATCGTCAGATAGTATGTCTCTAAAAGTAGATGTTGAGGCTCTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 AAATTCTGCTGGTGCTACATACATTCGGAAGAAGGGTGGAAAAGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123859 AAATTCTGCTGGTGCTACATACATTCGGAAGAAGGGTGGAAAAGTTACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 GAGATAGTCAACCAAAGGAACAAGG         ACAGGGAGATTTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123909 GAGATAGTCAACCAAAGGAACAAGGGTA...TAGACAGGGAGATTTGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGG         GAAAATTGCCTAAGAATTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127738 AAGAAGAAAAAGAAAAAGAAGGGTA...CAGGAAAATTGCCTAAGAATTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TGACCCAAAAGTTACCCCAGATCCAGAAAGATGGCTGCCAATGCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132920 TGACCCAAAAGTTACCCCAGATCCAGAAAGATGGCTGCCAATGCGAGAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GTTCTTACTACCGGGGAAGAAAGAAGGGTAAAAAGAAGGATCAGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132970 GTTCTTACTACCGGGGAAGAAAGAAGGGTAAAAAGAAGGATCAGATTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AAAGGGACCCAGGGAGCAACTGCAGGAGCTTCATCTGAACT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133020 AAAGGGACCCAGGGAGCAACTGCAGGAGCTTCATCTGAACTGTA...CAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 GGATGCCAGTAAAACTGTGAGCAGCCCACCCACCTCCCCAAGACCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134049 GGATGCCAGTAAAACTGTGAGCAGCCCACCCACCTCCCCAAGACCTGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GTGCTGCAACAGTATCTGCCTCTACAAGTAACATCATACCCCCAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134099 GTGCTGCAACAGTATCTGCCTCTACAAGTAACATCATACCCCCAAGACAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 CAGAAACCTGCAGGGGCTCCAGCAACAAAAAAGAAACAGCAACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134149 CAGAAACCTGCAGGGGCTCCAGCAACAAAAAAGAAACAGCAACAGAAAAA

   2150     .    :    .    :    .
   1989 GAAGAAAGGTGGAAAAGGTGGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||
 134199 GAAGAAAGGTGGAAAAGGTGGCTGG