seq1 = pF1KE2035.tfa, 1887 bp
seq2 = pF1KE2035/gi568815597f_67068121.tfa (gi568815597f:67068121_67359125), 291005 bp

>pF1KE2035 1887
>gi568815597f:67068121_67359125 (Chr1)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-367  (101222-101518)   100% ->
368-491  (114716-114839)   100% ->
492-652  (132617-132777)   100% ->
653-798  (138790-138935)   100% ->
799-955  (151454-151610)   99% ->
956-1045  (168593-168682)   100% ->
1046-1148  (172059-172161)   100% ->
1149-1239  (187717-187807)   100% ->
1240-1887  (190358-191005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCAGGTCACTATTCAATGGGATGCAGTAATAGCCCTTTACATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCAGGTCACTATTCAATGGGATGCAGTAATAGCCCTTTACATACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAGCTGGTGTCATGGAG         GAATTACAAATATAAACTGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CTTCAGCTGGTGTCATGGAGGTA...TAGGAATTACAAATATAAACTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGCCACATCTGGGTAGAACCAGCCACAATTTTTAAGATGGGTATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 CTGGCCACATCTGGGTAGAACCAGCCACAATTTTTAAGATGGGTATGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTCTATATATTGCCAAGCAGCAATTAAGAACTGCCAACCAAGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 ATCTCTATATATTGCCAAGCAGCAATTAAGAACTGCCAACCAAGGAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATTTTTATAAAAATGGCATCAAAGAAAGATTTCAAATCACAAGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 TCATTTTTATAAAAATGGCATCAAAGAAAGATTTCAAATCACAAGGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAAAACAACAGCTCGGCTTTGGTATAAAAACTTTCTGGAACCACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 ATAAAACAACAGCTCGGCTTTGGTATAAAAACTTTCTGGAACCACATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTATGTACTGCACTGCTGAATGTCCCAAACATTTTCAAGAGACACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 TCTATGTACTGCACTGCTGAATGTCCCAAACATTTTCAAGAGACACTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATGTGGAAAAGACATTTCTTCTGGAT         ATCCGCCAGATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101493 ATGTGGAAAAGACATTTCTTCTGGATGTA...CAGATCCGCCAGATATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGATGAAGTAACCTGTGTCATTTATGAATATTCAGGCAACATGACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114731 CTGATGAAGTAACCTGTGTCATTTATGAATATTCAGGCAACATGACTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCTGGAATGCTGGGAAGCTCACCTACATAGACACAAAATACGTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114781 ACCTGGAATGCTGGGAAGCTCACCTACATAGACACAAAATACGTGGTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAAGAG         TTTAGAGACAGAAGAAGAGCAACAGTATCTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114831 TGTGAAGAGGTA...AAGTTTAGAGACAGAAGAAGAGCAACAGTATCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCAAGCTATATTAACATCTCCACTGATTCATTACAAGGTGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132649 CCTCAAGCTATATTAACATCTCCACTGATTCATTACAAGGTGGCAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACTTGGTTTGGGTCCAAGCAGCAAACGCACTAGGCATGGAAGAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132699 TACTTGGTTTGGGTCCAAGCAGCAAACGCACTAGGCATGGAAGAGTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAACTGCAAATTCACCTGGATGATATAG         TGATACCTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132749 ACAACTGCAAATTCACCTGGATGATATAGGTA...TAGTGATACCTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCCGTCATTTCCAGGGCTGAGACTATAAATGCTACAGTGCCCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138802 CAGCCGTCATTTCCAGGGCTGAGACTATAAATGCTACAGTGCCCAAGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAATTTATTGGGATAGTCAAACAACAATTGAAAAGGTTTCCTGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138852 ATAATTTATTGGGATAGTCAAACAACAATTGAAAAGGTTTCCTGTGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAGATACAAGGCTACAACAAACCAAACTTGGAAT         GTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 138902 GAGATACAAGGCTACAACAAACCAAACTTGGAATGTA...TAGGTTAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AATTTGACACCAATTTTACATATGTGCAACAGTCAGAATTCTACTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151461 AATTTGACACCAATTTTACATATGTGCAACAGTCAGAATTCTACTTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAAACATTAAGTACGTATTTCAAGTGAGATGTCAAGAAACAGGCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151511 CCAAACATTAAGTACGTATTTCAAGTGAGATGTCAAGAAACAGGCAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTACTGGCAGCCTTGGAGTTCACCGTTTTTTCATAAAACACCTGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 151561 GTACTGGCAGCCTTGGAGTTCACTGTTTTTTCATAAAACACCTGAAACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956          TTCCCCAGGTCACATCAAAAGCATTCCAACATGACACATGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151611 GTG...AAGTTCCCCAGGTCACATCAAAAGCATTCCAACATGACACATGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATTCTGGGCTAACAGTTGCTTCCATCTCTACAGGGCACCTTACTTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 168634 AATTCTGGGCTAACAGTTGCTTCCATCTCTACAGGGCACCTTACTTCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046         ACAACAGAGGAGACATTGGACTTTTATTGGGAATGATCGTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168684 TA...TAGACAACAGAGGAGACATTGGACTTTTATTGGGAATGATCGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGCTGTTATGTTGTCAATTCTTTCTTTGATTGGGATATTTAACAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172101 TTGCTGTTATGTTGTCAATTCTTTCTTTGATTGGGATATTTAACAGATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCCGAACTGG         GATTAAAAGAAGGATCTTATTGTTAATACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 172151 TTCCGAACTGGGTA...TAGGATTAAAAGAAGGATCTTATTGTTAATACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAGTGGCTTTATGAAGATATTCCTAATATGAAAAACAGCAATGTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187747 AAAGTGGCTTTATGAAGATATTCCTAATATGAAAAACAGCAATGTTGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAATGCTACAG         GAAAATAGTGAACTTATGAATAATAATTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 187797 AAATGCTACAGGTA...TAGGAAAATAGTGAACTTATGAATAATAATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGTGAGCAGGTCCTATATGTTGATCCCATGATTACAGAGATAAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190388 AGTGAGCAGGTCCTATATGTTGATCCCATGATTACAGAGATAAAAGAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTTCATCCCAGAACACAAGCCTACAGACTACAAGAAGGAGAATACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190438 CTTCATCCCAGAACACAAGCCTACAGACTACAAGAAGGAGAATACAGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCCTGGAGACAAGAGACTACCCGCAAAACTCGCTATTCGACAATACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190488 CCCTGGAGACAAGAGACTACCCGCAAAACTCGCTATTCGACAATACTACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTTGTATATATTCCTGATCTCAACACTGGATATAAACCCCAAATTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190538 GTTGTATATATTCCTGATCTCAACACTGGATATAAACCCCAAATTTCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTTTCTGCCTGAGGGAAGCCATCTCAGCAATAATAATGAAATTACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190588 TTTTCTGCCTGAGGGAAGCCATCTCAGCAATAATAATGAAATTACTTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TAACACTTAAACCACCAGTTGATTCCTTAGACTCAGGAAATAATCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190638 TAACACTTAAACCACCAGTTGATTCCTTAGACTCAGGAAATAATCCCAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTACAAAAGCATCCTAATTTTGCTTTTTCTGTTTCAAGTGTGAATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190688 TTACAAAAGCATCCTAATTTTGCTTTTTCTGTTTCAAGTGTGAATTCACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AAGCAACACAATATTTCTTGGAGAATTAAGCCTCATATTAAATCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190738 AAGCAACACAATATTTCTTGGAGAATTAAGCCTCATATTAAATCAAGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AATGCAGTTCTCCTGACATACAAAACTCAGTAGAGGAGGAAACCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190788 AATGCAGTTCTCCTGACATACAAAACTCAGTAGAGGAGGAAACCACCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CTTTTGGAAAATGATTCACCCAGTGAAACTATTCCAGAACAGACCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190838 CTTTTGGAAAATGATTCACCCAGTGAAACTATTCCAGAACAGACCCTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TCCTGATGAATTTGTCTCCTGTTTGGGGATCGTGAATGAGGAGTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190888 TCCTGATGAATTTGTCTCCTGTTTGGGGATCGTGAATGAGGAGTTGCCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTATTAATACTTATTTTCCACAAAATATTTTGGAAAGCCACTTCAATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190938 CTATTAATACTTATTTTCCACAAAATATTTTGGAAAGCCACTTCAATAGG

   1950     .    :    .
   1870 ATTTCACTCTTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||
 190988 ATTTCACTCTTGGAAAAG