seq1 = pF1KE1986.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KE1986/gi568815597f_151098997.tfa (gi568815597f:151098997_151346965), 247969 bp

>pF1KE1986 1650
>gi568815597f:151098997_151346965 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-120  (125249-125283)   100% ->
121-201  (128324-128404)   100% ->
202-332  (132675-132805)   100% ->
333-450  (133252-133369)   100% ->
451-603  (133555-133707)   100% ->
604-903  (135201-135500)   100% ->
904-1109  (137562-137767)   99% ->
1110-1193  (139186-139269)   100% ->
1194-1242  (140134-140182)   100% ->
1243-1327  (140959-141043)   100% ->
1328-1474  (143127-143273)   100% ->
1475-1604  (143442-143571)   100% ->
1605-1650  (147924-147969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG         CAGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAGGTA...TAGCAGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGAATCAAGAGACCCATGGCATCTGAG         GTGCCTTATGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125255 CTGGAATCAAGAGACCCATGGCATCTGAGGTG...TAGGTGCCTTATGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCTGGCATGCCCATCAAGAAAATAGGCCATAGAAGTGTTGATTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128336 TCTGGCATGCCCATCAAGAAAATAGGCCATAGAAGTGTTGATTCCTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGACAACATATAAAAAG         ACAACCTCATCAGCCTTGAAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128386 AGAGACAACATATAAAAAGGTG...CAGACAACCTCATCAGCCTTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGCCATCCAGTTAGGCATTACCCACACTGTGGGGAGCCTGAGTACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132697 GTGCCATCCAGTTAGGCATTACCCACACTGTGGGGAGCCTGAGTACCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGAGCGTGATGTCCTCATGCAAGATTTCTACGTGGTTGAGAGTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132747 CCAGAGCGTGATGTCCTCATGCAAGATTTCTACGTGGTTGAGAGTATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTCCCAG         TGAAGGGAGCAACCTGACCCCTGCTCATCACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 132797 CTTTCCCAGGTA...CAGTGAAGGGAGCAACCTGACCCCTGCTCATCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACAATGACTTTCGTTTCAAGACCTATGCACCTGTTGCCTTCCGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133284 ACAATGACTTTCGTTTCAAGACCTATGCACCTGTTGCCTTCCGCTACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGGGAGCTATTTGGTATCCGGCCCGATGATTACTTG         TATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 133334 CGGGAGCTATTTGGTATCCGGCCCGATGATTACTTGGTA...CAGTATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTCTGCAGTGAGCCGCTGATTGAACTCTGTAGCTCTGGAGCTAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133560 CCTCTGCAGTGAGCCGCTGATTGAACTCTGTAGCTCTGGAGCTAGTGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCTATTCTATGTGTCCAGCGACGATGAGTTCATTATTAAGACAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133610 CCCTATTCTATGTGTCCAGCGACGATGAGTTCATTATTAAGACAGTCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATAAAGAGGCGGAATTTCTGCAGAAGCTGCTTCCAGGATACTACATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133660 CATAAAGAGGCGGAATTTCTGCAGAAGCTGCTTCCAGGATACTACATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        AACCTCAACCAGAACCCTCGGACTTTGCTGCCTAAATTCTATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133710 A...CAGAACCTCAACCAGAACCCTCGGACTTTGCTGCCTAAATTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GACTGTACTGTGTGCAGGCAGGTGGCAAGAACATTCGGATTGTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135244 GACTGTACTGTGTGCAGGCAGGTGGCAAGAACATTCGGATTGTGGTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACAATCTTTTACCAAGATCGGTAAAAATGCATATCAAATATGACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135294 AACAATCTTTTACCAAGATCGGTAAAAATGCATATCAAATATGACCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCTCAACCTACAAACGGCGGGCTTCCCAGAAAGAGCGAGAGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135344 AGGCTCAACCTACAAACGGCGGGCTTCCCAGAAAGAGCGAGAGAAGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCCACATTTAAAGACCTAGACTTCTTACAAGACATCCCTGATGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135394 TTCCCACATTTAAAGACCTAGACTTCTTACAAGACATCCCTGATGGTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTTTGGATGCTGACATGTACAACGCTCTCTGTAAGACCCTGCAGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135444 TTTTTGGATGCTGACATGTACAACGCTCTCTGTAAGACCCTGCAGCGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGTTTG         GTGCTGCAGAGCTTCAAGATAATGGATTATAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 135494 CTGTTTGGTG...TAGGTGCTGCAGAGCTTCAAGATAATGGATTACAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTTGATGTCAATCCATAATATAGATCATGCACAACGAGAGCCCTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137596 TCTTGATGTCAATCCATAATATAGATCATGCACAACGAGAGCCCTTAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTGAAACACAGTACTCAGTTGATACTCGAAGACCGGCCCCCCAAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137646 AGTGAAACACAGTACTCAGTTGATACTCGAAGACCGGCCCCCCAAAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCTGTATTCCACAGCCATGGAATCCATCCAGGGAGAGGCTCGACGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137696 TCTGTATTCCACAGCCATGGAATCCATCCAGGGAGAGGCTCGACGGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTACCATGGAGACTGATGACCA         TATGGGTGGCATCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137746 GTACCATGGAGACTGATGACCAGTA...CAGTATGGGTGGCATCCCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGAATAGTAAAGGGGAAAGGCTTCTGCTTTATATTGGCATCATTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139205 CGGAATAGTAAAGGGGAAAGGCTTCTGCTTTATATTGGCATCATTGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCTACAGTCTTACAG         GTTTGTTAAGAAGTTGGAGCACTCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 139255 TCTACAGTCTTACAGGTG...CAGGTTTGTTAAGAAGTTGGAGCACTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAAAGCCCTGGTACATGACGGA         GACACTGTCTCAGTGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 140160 GGAAAGCCCTGGTACATGACGGAGTA...CAGGACACTGTCTCAGTGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGCCCAGGCTTCTACGCTGAACGGTTCCAGCGCTTCATGTGCAACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140977 CGCCCAGGCTTCTACGCTGAACGGTTCCAGCGCTTCATGTGCAACACAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTTAAGAAGATTCCCT         TGAAGCCTTCTCCTTCCAAAAAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 141027 ATTTAAGAAGATTCCCTGTA...AAGTGAAGCCTTCTCCTTCCAAAAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTCGGTCTGGCTCATCTTTCTCTCGGCGAGCAGGCTCCAGTGGCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143151 TTCGGTCTGGCTCATCTTTCTCTCGGCGAGCAGGCTCCAGTGGCAACTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCATTACTTACCAGCCATCGGTCTCTGGGGAACACAAGGCACAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143201 TGCATTACTTACCAGCCATCGGTCTCTGGGGAACACAAGGCACAAGTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AACAAAGGCAGAAGTGGAGCCAG         GCGTTCACCTTGGTCGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143251 AACAAAGGCAGAAGTGGAGCCAGGTC...CAGGCGTTCACCTTGGTCGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGATGTTTTACCTCAGACTCCACCTTTGGAGGAAATCAGTGAGGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143460 CTGATGTTTTACCTCAGACTCCACCTTTGGAGGAAATCAGTGAGGGCTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTATTCCTGACCCCAGTTTCTCACCTCTAGTTGGAGAGACTTTGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143510 CCTATTCCTGACCCCAGTTTCTCACCTCTAGTTGGAGAGACTTTGCAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCTAACTACAAG         TACAACCTTGGAAAAGCTTGAAGTTGCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 143560 GCTAACTACAAGGTT...TAGTACAACCTTGGAAAAGCTTGAAGTTGCAG

   1750     .    :    .
   1634 AGTCAGAGTTCACCCAT
        |||||||||||||||||
 147953 AGTCAGAGTTCACCCAT