seq1 = pF1KE1982.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KE1982/gi568815575f_120947839.tfa (gi568815575f:120947839_121149358), 201520 bp

>pF1KE1982 1674
>gi568815575f:120947839_121149358 (ChrX)

1-1674  (99847-101520)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCGCTACCTGGGCGAAGCGCTGTTGCTGTCCCGGGCCGGGCCCGC
        |||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||
  99847 ATGTACCGCTACCTGGCCAAAGCGCTGCTGCCGTCCCGGGCCGGGCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCTGGGCTCGGCGTCC GCCGACTCGGCCGCGTTGCTGGGCTGGGCC
        |||||||||||| ||| ||- ||-|||||||||||||||||||| ||| |
  99897 TGCCCTGGGCTCCGCGGCCAACC ACTCGGCCGCGTTGCTGGGCCGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 CGGGGACAGCCCGCCGCCGCCCCGCAGCCGGGGCTGGCATTGGCCGCCCG
        || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
  99946 CGCGGACAGCCCGCCGCCGCCTCGCAGCCGGGGCTCGCATTGGCCGCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GCGCCACTACAGCGAGGCGGTGGCCGACCGCGAGGACGACCCCAACTTCT
        ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 GCGCCACTACAGCGAGTTGGTGGCCGACCGCGAGGACGACCCCAACTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 TCAAGATGGTGGAGGGCTTCTTCGATCGCGGCGCCAGCATCGTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 TCAAGATGGTGGAGGGCTTCTTCGATCGCGGCGCCAGCATCGTGGAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AAGCTGGTGGAGGACCTGAGGACCCGGGAGAGCGAGGAGCAGAAGCGGAA
        ||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
 100096 AAGTTGGTGAAGGACCTGAGGACCCAGGAAAGCGAGGAGCAGAAGCGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CCGGGTGCGCGGCATCCTGCGGATCATCAAGCCCTGCAACCATGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 CCGGGTGCGCGGCATCCTGCGGATCATCAAGCCCTGCAACCATGTGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 GTCTCTCCTTCCCCATCCGGCGCGACGACGGCTCCTGGGAGGTCATCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 GTCTCTCCTTCCCCATCCGGCGCGACGACGGCTCCTGGGAGGTCATCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GGCTACCGGGCCCAGCACAGCCAGCACCGCACGCCCTGCAAGGGAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 GGCTACCGGGCCCAGCACAGCCAGCACCGCACGCCCTGCAAGGGAGGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CCGTTACAGCACTGATGTGAGTGTAGATGAAGTAAAAGCTTTGGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100296 CCGTTACAGCACTGATGTGAGTGTAGATGAAGTAAAAGCTTTGGCTTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGATGACATACAAGTGTGCAGTGGTTGATGTGCCGTTTGGGGGTGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100346 TGATGACATACAAGTGTGCAGTGGTTGATGTGCCGTTTGGGGGTGCTAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 GCTGGTGTTAAGATCAATCCCAAGAACTATACTGATAATGAATTGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
 100396 GCTGGTGTTAAGATCAATCCCAAGAACTATACCGAAAATGAATTGGAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GATCACAAGGAGGTTCACCATGGAGCTAGCAAAAAAGGGCTTTATTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100446 GATCACAAGGAGGTTCACCATGGAGCTAGCAAAGAAGGGCTTTATTGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 CTGGCATTGATGTGCCTGCTCCAGACATGAGCACAGGTGAGCGGGAGATG
        ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100496 CTGGCGTTGATGTGCCTGCTCCAGACATGAACACAGGTGAGCGGGAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 TCCTGGATCGCTGATACCTATGCCAGCACCATAGGGCACTATGATATTAA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 TCCTGGATTGCTGATACCTATGCCAGCACCATAGGGCACTATGATATTAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 TGCACACGCCTGTGTTACTGGTAAACCCATCAGCCAAGGGGGAATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100596 TGCACACGCCTGTGTTACTGGTAAACCCATCAGCCAAGGGGGAATCCATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 GACGCATCTCTGCTACTGGCCGTGGTGTCTTCCATGGGATTGAAAATTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100646 GACGCATCTCTGCTACTGGCCGTGGTGTCTTCCATGGGATTGAAAACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 ATCAATGAAGCTTCTTACATGAGCATTTTAGGAATGACACCAGGGTTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100696 ATCAATGAAGCTTCTTACATGAGCATTTTAGGAATGACACCAGGGTTTAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 AGATAAAACATTTGTTGTTCAGGGATTTGGTAATGTGGGCCTACACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 AGATAAAACATTTGTTGTTCAGGGATTTGGTAATGTGGGCCTACACTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 TGAGATATTTACATCGTTTTGGTGCTAAATGTATTGCTGTTGGTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 TGAGATATTTACATCGTTTTGGTGCTAAATGTATTGCTGTTGGTGAGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 GATGGGAGTATATGGAATCCAGATGGTATTGACCCAAAGGAACTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 GATGGGAGTATATGGAATCCAGATGGTATTGACCCAAAGGAACTGGAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 CTTCAAATTGCAACATGGGTCCATTCTGGGCTTCCCCAAGGCAAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 CTTCAAATTGCAACATGGGTCCATTCTGGGCTTCCCCAAGGCAAAGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 ATGAAGGAAGCATCTTGGAGGCCGACTGTGACATACTGATCCCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100946 ATGAAGGAAGCATCTTGGAGGTCGACTGTGACATACTGATCCCAGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 AGTGAGAAGCAGTTGACCAAATCCAACGCACCCAGAGTCAAAGCCAAGAT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 ACTGAGAAGCAGTTGACCAAATCCAACGCACCCAGAGTCAAAGCCAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 CATTGCTGAAGGTGCCAATGGGCCAACAACTCCAGAAGCTGACAAGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 101046 CATTGCTGAAGGTGCCAATGGGCCAACAACTCCAGAAGCTGATAAGATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 TCCTGGAGAGAAACATTATGGTTATTCCAGATCTCTACTTGAATGCTGGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 TCCTGGAGAGAAACATTTTGGTTATTCCAGATCTCTACTTGAATGCTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 GGAGTGACAGTATCTTACTTTGAGTGGCTGAAGAATCTAAATCATGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 GGAGTGACAGTATCTTACTTTGAGTGGCTGAAGAATCTAAATCATGTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 CTATGGCCGTTTGACCTTCAAATATGAAAGGGATTCTAACTACCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101196 CTATGGCCGTTTGACCTTCAAATATGAAAGGGATTCTAACTACCACTTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 TCATGTCTGTTCAAGAGAGTTTAGAAAGAAAATTTGGAAAGCATGGTGGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101246 TCCTGTCTGTTCAAGAGAGTTTAGAAAGAAAATTTGGAAAGCATGGTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 ACTATTCCCATTGTACCCACGGCAGAGTTCCAAGACAGGATATCGGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 101296 ACTATTCCCATTGTACCCACGGCAGAGTTCCAAGACAGTATATCGGGTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 ATCTGAGAAAGACATCGTGCACTCTGGCTTGGCATACACAATGGAGCGTT
        ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
 101346 ATCTGAGAAAGACATTGTGCACTCTGCCTTGGCATACACAATGGAGCGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 CTGCCAGGCAAATTATGCGCACAGCCATGAAGTATAACCTGGGATTGGAC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 CTGCCAGGCAAATTATGCACACAGCCATGAAGTATAACCTGGGATTGGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 CTGAGAACAGCTGCCTATGTTAATGCCATTGAGAAAGTCTTCAAAGTGTA
        |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
 101446 CTGAGAACAGCTGCCTATGTCAATGCCATTGAAAAAGTCTTCAAAGTGTA

   1650     .    :    .    :    .
   1650 CAATGAAGCTGGTGTGACCTTCACA
        || ||||||||||||||||||||||
 101496 CAGTGAAGCTGGTGTGACCTTCACA