seq1 = pF1KE1973.tfa, 1623 bp
seq2 = pF1KE1973/gi568815596f_102262661.tfa (gi568815596f:102262661_102496883), 234223 bp

>pF1KE1973 1623
>gi568815596f:102262661_102496883 (Chr2)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-302  (105165-105408)   100% ->
303-468  (109293-109458)   100% ->
469-625  (113247-113403)   100% ->
626-688  (118960-119022)   100% ->
689-809  (122218-122338)   99% ->
810-949  (124201-124340)   100% ->
950-1111  (127396-127557)   100% ->
1112-1270  (131809-131967)   100% ->
1271-1623  (133871-134223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTGTAGAGAATTACCCTTGACCCTTTGGGTGCTTATATCTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTGTAGAGAATTACCCTTGACCCTTTGGGTGCTTATATCTGTAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGCAG         AATCTTGTACTTCACGTCCCCACATTACTGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGCAGGTA...AAGAATCTTGTACTTCACGTCCCCACATTACTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGAAGGGGAACCTTTCTATCTGAAACATTGCTCGTGTTCACTTGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105198 TTGAAGGGGAACCTTTCTATCTGAAACATTGCTCGTGTTCACTTGCACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATTGAAACAACCACCAAAAGCTGGTACAAAAGCAGTGGATCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105248 GAGATTGAAACAACCACCAAAAGCTGGTACAAAAGCAGTGGATCACAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACATGTGGAGCTGAACCCAAGGAGTTCCTCGAGAATTGCTTTGCATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105298 ACATGTGGAGCTGAACCCAAGGAGTTCCTCGAGAATTGCTTTGCATGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTTTTGGAGTTTTGGCCAGTTGAGTTGAATGACACAGGATCTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105348 GTGTTTTGGAGTTTTGGCCAGTTGAGTTGAATGACACAGGATCTTACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCAAATGAA         AAATTATACTCAGAAATGGAAATTAAATGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105398 TTCCAAATGAAGTG...TAGAAATTATACTCAGAAATGGAAATTAAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCAGAAGAAATAAACACAGCTGTTTCACTGAAAGACAAGTAACTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109323 CATCAGAAGAAATAAACACAGCTGTTTCACTGAAAGACAAGTAACTAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAATTGTGGAAGTTAAAAAATTTTTTCAGATAACCTGTGAAAACAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109373 AAATTGTGGAAGTTAAAAAATTTTTTCAGATAACCTGTGAAAACAGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATCAAACACTGGTCAACAGCACATCATTGTATAAG         AACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109423 TATCAAACACTGGTCAACAGCACATCATTGTATAAGGTA...CAGAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAAAAGCTACTACTGGAGAACAATAAAAACCCAACGATAAAGAAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113252 TAAAAAGCTACTACTGGAGAACAATAAAAACCCAACGATAAAGAAGAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGTTTGAAGATCAGGGGTATTACTCCTGCGTGCATTTCCTTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113302 CCGAGTTTGAAGATCAGGGGTATTACTCCTGCGTGCATTTCCTTCATCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATGGAAAACTATTTAATATCACCAAAACCTTCAATATAACAATAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113352 AATGGAAAACTATTTAATATCACCAAAACCTTCAATATAACAATAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AG         ATCGCAGTAATATAGTTCCGGTTCTTCTTGGACCAAAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113402 AGGTA...TAGATCGCAGTAATATAGTTCCGGTTCTTCTTGGACCAAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAACCATGTTGCAGTGGAATTAG         GAAAAAACGTAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118999 TTAACCATGTTGCAGTGGAATTAGGTA...CAGGAAAAAACGTAAGGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACTGCTCTGCTTTGCTGAATGAAGAGGATGTAATTTATTGGATGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 122235 AACTGCTCTGCTTTGCTGAATGAAGAGGATGTAATTTATTGGATGTTCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAAGAAAATGGATCGGATCCTAATATACATGAAGAGAAAGAAATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122285 GGAAGAAAATGGATCGGATCCTAATATACATGAAGAGAAAGAAATGAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTAT         GACTCCAGAAGGCAAATGGCATGCTTCAAAAGTATTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122335 TTATGTA...CAGGACTCCAGAAGGCAAATGGCATGCTTCAAAAGTATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGAATTGAAAATATTGGTGAAAGCAATCTAAATGTTTTATATAATTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124238 AGAATTGAAAATATTGGTGAAAGCAATCTAAATGTTTTATATAATTGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTGGCCAGCACGGGAGGCACAGACACCAAAAGCTTCATCTTGGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124288 TGTGGCCAGCACGGGAGGCACAGACACCAAAAGCTTCATCTTGGTGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAG         CAGACATGGCTGATATCCCAGGCCACGTCTTCACAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124338 AAGGTG...TAGCAGACATGGCTGATATCCCAGGCCACGTCTTCACAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGAATGATCATAGCTGTTTTGATCTTGGTGGCAGTAGTGTGCCTAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127434 GGAATGATCATAGCTGTTTTGATCTTGGTGGCAGTAGTGTGCCTAGTGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTGTGTGTCATTTATAGAGTTGACTTGGTTCTATTTTATAGACATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127484 TGTGTGTGTCATTTATAGAGTTGACTTGGTTCTATTTTATAGACATTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CGAGAAGAGATGAAACATTAACAG         ATGGAAAAACATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 127534 CGAGAAGAGATGAAACATTAACAGGTA...TAGATGGAAAAACATATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTTTTGTGTCTTACCTAAAAGAATGCCGACCTGAAAATGGAGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131826 GCTTTTGTGTCTTACCTAAAAGAATGCCGACCTGAAAATGGAGAGGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACCTTTGCTGTGGAGATTTTGCCCAGGGTGTTGGAGAAACATTTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131876 CACCTTTGCTGTGGAGATTTTGCCCAGGGTGTTGGAGAAACATTTTGGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATAAGTTATGCATATTTGAAAGGGATGTAGTGCCTGGAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 131926 ATAAGTTATGCATATTTGAAAGGGATGTAGTGCCTGGAGGAGGTA...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271  CTGTTGTTGATGAAATCCACTCACTGATAGAGAAAAGCCGAAGACTAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133870 GCTGTTGTTGATGAAATCCACTCACTGATAGAGAAAAGCCGAAGACTAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATTGTCCTAAGTAAAAGTTATATGTCTAATGAGGTCAGGTATGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133920 CATTGTCCTAAGTAAAAGTTATATGTCTAATGAGGTCAGGTATGAACTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAAGTGGACTCCATGAAGCATTGGTGGAAAGAAAAATTAAAATAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133970 AAAGTGGACTCCATGAAGCATTGGTGGAAAGAAAAATTAAAATAATCTTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATTGAATTTACACCTGTTACTGACTTCACATTCTTGCCCCAATCACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134020 ATTGAATTTACACCTGTTACTGACTTCACATTCTTGCCCCAATCACTAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCTTTTGAAATCTCACAGAGTTCTGAAGTGGAAGGCCGATAAATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134070 GCTTTTGAAATCTCACAGAGTTCTGAAGTGGAAGGCCGATAAATCTCTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTTATAACTCAAGGTTCTGGAAGAACCTTCTTTACTTAATGCCTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134120 CTTATAACTCAAGGTTCTGGAAGAACCTTCTTTACTTAATGCCTGCAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACAGTCAAGCCAGGTAGAGACGAACCGGAAGTCTTGCCTGTTCTTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134170 ACAGTCAAGCCAGGTAGAGACGAACCGGAAGTCTTGCCTGTTCTTTCCGA

   1700 
   1620 GTCT
        ||||
 134220 GTCT