seq1 = pF1KE1958.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KE1958/gi568815592f_27147738.tfa (gi568815592f:27147738_27355312), 207575 bp

>pF1KE1958 1542
>gi568815592f:27147738_27355312 (Chr6)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-237  (100145-100311)   100% ->
238-337  (101110-101209)   100% ->
338-467  (101363-101492)   100% ->
468-591  (102946-103069)   100% ->
592-669  (103305-103382)   100% ->
670-717  (103480-103527)   100% ->
718-1008  (104013-104303)   100% ->
1009-1150  (105071-105212)   100% ->
1151-1330  (106956-107135)   100% ->
1331-1476  (107249-107394)   100% ->
1477-1542  (107510-107575)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGTCTGGCTTGCCCAGTGGCTGGGCCCTCTGCTCTTGGTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGTCTGGCTTGCCCAGTGGCTGGGCCCTCTGCTCTTGGTTTCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGACTCTTGGCTCCAG         CCTCCCTTCTTAGGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGACTCTTGGCTCCAGGTA...CAGCCTCCCTTCTTAGGCGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAGCACATTCAGCAGTTTCAGGAGAGCTCTGCCCAGGGCCTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 GTGAGCACATTCAGCAGTTTCAGGAGAGCTCTGCCCAGGGCCTGGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGGGGCCAGGTGCTGCAGCCCTCCCAAAAGTGGGGTGGCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 AGCCTGGGGCCAGGTGCTGCAGCCCTCCCAAAAGTGGGGTGGCTGGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGCTGGACCCCTTCAACGTGTCCGACAGACGATCCTTCCTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100266 ACTGCTGGACCCCTTCAACGTGTCCGACAGACGATCCTTCCTACAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      CGTTACTGGGTGAATGACCAACATTGGGTTGGCCAGGATGGACCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 ..CAGCGTTACTGGGTGAATGACCAACATTGGGTTGGCCAGGATGGACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATATTCCTGCATCTAGGGGGTGAGGGCAGCCTTGGGCCTGGCTCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101155 ATATTCCTGCATCTAGGGGGTGAGGGCAGCCTTGGGCCTGGCTCAGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGAG         GCCATCCCGCAGCCTTGGCCCCAGCCTGGGGCGCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101205 GAGAGGTA...CAGGCCATCCCGCAGCCTTGGCCCCAGCCTGGGGCGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGTGATAAGCCTGGAACACAGATTTTATGGCCTGAGTATACCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 TGGTGATAAGCCTGGAACACAGATTTTATGGCCTGAGTATACCTGCTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCCTGGAAATGGCCCAGCTCCGCTTCTTGTCCAGCCGCCTTGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101449 GGCCTGGAAATGGCCCAGCTCCGCTTCTTGTCCAGCCGCCTTGCGTG...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468    GCTGGCTGATGTGGTCTCTGCCCGCCTGGCACTTTCCCGCCTCTTTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102943 TAGGCTGGCTGATGTGGTCTCTGCCCGCCTGGCACTTTCCCGCCTCTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATCTCCTCCTCCAGCCCCTGGATCTGCTTCGGAGGCTCCTATGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102993 ACATCTCCTCCTCCAGCCCCTGGATCTGCTTCGGAGGCTCCTATGCCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCTTGGCCGCCTGGGCCCGGCTGAAG         TTCCCCCATCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103043 TCCTTGGCCGCCTGGGCCCGGCTGAAGGTC...TAGTTCCCCCATCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTCGCGTCGGTCGCCTCCTCCGCCCCGGTGCGGGCCGTGCTGGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 TTTCGCGTCGGTCGCCTCCTCCGCCCCGGTGCGGGCCGTGCTGGATTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGAGTATAATGAC         GTGGTATCCCGAAGCCTAATGAGCACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103369 CCGAGTATAATGACGTA...CAGGTGGTATCCCGAAGCCTAATGAGCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCGATCGGCGGGTCCCTGGAG         TGCCGGGCGGCGGTGTCCGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103507 GCGATCGGCGGGTCCCTGGAGGTA...CAGTGCCGGGCGGCGGTGTCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGCCTTCGCTGAAGTGGAGCGGCGGCTGCGCTCGGGTGGGGCGGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 CGCCTTCGCTGAAGTGGAGCGGCGGCTGCGCTCGGGTGGGGCGGCTCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCATTGCGGACGGAGCTGAGCGCTTGCGGGCCCCTGGGCCGCGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104083 CAGCATTGCGGACGGAGCTGAGCGCTTGCGGGCCCCTGGGCCGCGCTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCAGGCGGAGCTGTTGGGGGCGCTGCAGGCACTGGTGGGAGGTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104133 AACCAGGCGGAGCTGTTGGGGGCGCTGCAGGCACTGGTGGGAGGTGTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAGTATGATGGGCAGACGGGAGCGCCGCTAAGCGTGCGACAGCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104183 GCAGTATGATGGGCAGACGGGAGCGCCGCTAAGCGTGCGACAGCTCTGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GACTTCTCCTCGGGGGCGGGGGCAACCGCAGCCACTCCACGCCCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104233 GACTTCTCCTCGGGGGCGGGGGCAACCGCAGCCACTCCACGCCCTACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGCTTCGTCGGGCGGTGCAG         ATTGTCTTGCACAGCCTGGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104283 GGGCTTCGTCGGGCGGTGCAGGTG...TAGATTGTCTTGCACAGCCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGAAGTGTTTAAGCTTTTCCCGAGCAGAGACAGTGGCACAGCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105091 CCAGAAGTGTTTAAGCTTTTCCCGAGCAGAGACAGTGGCACAGCTGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACAGAACCTCAACTGTCTGGTGTGGGTGACCGGCAGTGGTTGTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105141 GCACAGAACCTCAACTGTCTGGTGTGGGTGACCGGCAGTGGTTGTATCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACATGTACCGAGTTCGGCTTCT         ATGTCACCTGTGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105191 ACATGTACCGAGTTCGGCTTCTGTA...CAGATGTCACCTGTGAGAATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAGATGTCCTTTCTCCCAGCTCCCAGCACTGCCCTCCCAGCTAGACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106975 CAGATGTCCTTTCTCCCAGCTCCCAGCACTGCCCTCCCAGCTAGACCTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGAGCAGGTGTTTGGGCTCTCAGCCTTGTCAGTAGCCCAGGCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107025 GTGAGCAGGTGTTTGGGCTCTCAGCCTTGTCAGTAGCCCAGGCTGTGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGACGAACTCCTACTACGGTGGCCAGACCCCTGGGGCTAACAAAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107075 CAGACGAACTCCTACTACGGTGGCCAGACCCCTGGGGCTAACAAAGTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTTTGTTAATG         GGGACACAGACCCCTGGCATGTGCTAAGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 GTTTGTTAATGGTG...CAGGGGACACAGACCCCTGGCATGTGCTAAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TAACACAGGCTTTAGGATCCTCAGAATCAACTCTTCTTATCCGCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107279 TAACACAGGCTTTAGGATCCTCAGAATCAACTCTTCTTATCCGCACTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCCCACTGCTTGGACATGGCACCTGAGAGGCCCTCAGACTCCCCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107329 TCCCACTGCTTGGACATGGCACCTGAGAGGCCCTCAGACTCCCCCAGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCGCCTAGGGCGCCAG         AACATCTTCCAGCAGCTACAGACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107379 CCGCCTAGGGCGCCAGGTA...CAGAACATCTTCCAGCAGCTACAGACCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGCTCAAGCTGGCAAAGGAGAGCCAGATTAAGGGTGAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107535 GGCTCAAGCTGGCAAAGGAGAGCCAGATTAAGGGTGAAGTC