seq1 = pF1KE1938.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KE1938/gi568815595r_48499131.tfa (gi568815595r:48499131_48709620), 210490 bp

>pF1KE1938 1440
>gi568815595r:48499131_48709620 (Chr3)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-210  (100319-100459)   100% ->
211-297  (103765-103851)   100% ->
298-427  (104841-104970)   100% ->
428-626  (105190-105388)   100% ->
627-706  (105978-106057)   100% ->
707-822  (108154-108269)   100% ->
823-966  (108503-108646)   100% ->
967-1127  (108781-108941)   100% ->
1128-1213  (109054-109139)   100% ->
1214-1302  (109470-109558)   100% ->
1303-1378  (109911-109986)   100% ->
1379-1440  (110429-110490)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGTCCGTGGTCTGTCGGGCCGCTACCGCCGGGGCACAAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGTCCGTGGTCTGTCGGGCCGCTACCGCCGGGGCACAAGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGCGCGCCCGCCGCTCG         CCGGCCCTGCTGCGGACGCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGCGCGCCCGCCGCTCGGTG...CAGCCGGCCCTGCTGCGGACGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTGCGGAGTACGGCAACCTTCGCTCAGGCGCTCCAGTTCGTGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 CCTTGCGGAGTACGGCAACCTTCGCTCAGGCGCTCCAGTTCGTGCCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGCAGGTTAGCCTGCTGGACAACGGCCTGCGTGTGGCCTCCGAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 ACGCAGGTTAGCCTGCTGGACAACGGCCTGCGTGTGGCCTCCGAGCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTCAGCCCACTTGCACG         GTGGGAGTGTGGATTGATGTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100441 CTCTCAGCCCACTTGCACGGTG...CAGGTGGGAGTGTGGATTGATGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGCCGTTTTGAGACTGAGAAGAATAATGGGGCAGGCTACTTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103787 GCAGCCGTTTTGAGACTGAGAAGAATAATGGGGCAGGCTACTTTTTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCTGGCTTTCAAG         GGAACAAAGAATCGGCCTGGCAGTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103837 CATCTGGCTTTCAAGGTG...CAGGGAACAAAGAATCGGCCTGGCAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGAGAAGGAGGTGGAGAGCATGGGGGCCCATCTTAATGCCTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104867 CCTGGAGAAGGAGGTGGAGAGCATGGGGGCCCATCTTAATGCCTACAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCGGGAGCACACAGCTTACTACATCAAGGCGCTGTCCAAGGATCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104917 CCCGGGAGCACACAGCTTACTACATCAAGGCGCTGTCCAAGGATCTGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAG         CTGTGGAGCTCCTGGGTGACATTGTGCAGAACTGTAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 AAAGGTA...TAGCTGTGGAGCTCCTGGGTGACATTGTGCAGAACTGTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTGGAAGACTCACAGATTGAGAAGGAACGTGATGTGATCCTGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105227 TCTGGAAGACTCACAGATTGAGAAGGAACGTGATGTGATCCTGCGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCAGGAGAATGATGCATCTATGCGAGATGTGGTCTTTAACTACCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105277 TGCAGGAGAATGATGCATCTATGCGAGATGTGGTCTTTAACTACCTGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCACAGCATTCCAGGGCACACCTCTAGCCCAGGCTGTGGAGGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105327 GCCACAGCATTCCAGGGCACACCTCTAGCCCAGGCTGTGGAGGGGCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGAATGTCAG         GAAGCTGTCTCGTGCAGACTTGACCGAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105377 TGAGAATGTCAGGTG...TAGGAAGCTGTCTCGTGCAGACTTGACCGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTCAGCACACATTACAAGGCCCCTCGAATGGTGCTGGCAGCAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106007 ACCTCAGCACACATTACAAGGCCCCTCGAATGGTGCTGGCAGCAGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 G         GAGTGGAGCACCAGCAACTGTTAGACCTCGCCCAGAAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106057 GGTG...CAGGAGTGGAGCACCAGCAACTGTTAGACCTCGCCCAGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTCGGTGGCATCCCATGGACATATGCAGAGGACGCTGTGCCCACTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108194 CCTCGGTGGCATCCCATGGACATATGCAGAGGACGCTGTGCCCACTCTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCATGCCGCTTCACTGGCAGTGAG         ATCCGCCACCGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108244 CTCCATGCCGCTTCACTGGCAGTGAGGTA...CAGATCCGCCACCGTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGCTCTACCTTTTGCCCACGTGGCCATTGCAGTAGAGGGTCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108518 GATGCTCTACCTTTTGCCCACGTGGCCATTGCAGTAGAGGGTCCTGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCCAGCCCGGACAATGTGGCCTTGCAAGTGGCCAATGCCATCATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108568 GGCCAGCCCGGACAATGTGGCCTTGCAAGTGGCCAATGCCATCATCGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTATGACTGCACTTATGGTGGTGGCGTG         CACCTGTCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108618 ACTATGACTGCACTTATGGTGGTGGCGTGGTG...CAGCACCTGTCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCACTGGCTTCAGGTGCTGTGGCCAACAAGCTATGCCAGAGTTTCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108793 CCACTGGCTTCAGGTGCTGTGGCCAACAAGCTATGCCAGAGTTTCCAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTCAGCATCTGCTATGCAGAGACGGGCTTGCTGGGTGCACACTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108843 CTTCAGCATCTGCTATGCAGAGACGGGCTTGCTGGGTGCACACTTTGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTGACCGAATGAAAATCGATGACATGATGTTCGTCCTGCAAGGGCAGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108893 GTGACCGAATGAAAATCGATGACATGATGTTCGTCCTGCAAGGGCAGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128         GATGCGCCTGTGTACCAGTGCCACGGAGAGTGAGGTGGCCCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108943 TA...TAGGATGCGCCTGTGTACCAGTGCCACGGAGAGTGAGGTGGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCAAAAACATCCTCAGAAATGCCCTGGTATCTCATCTAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109096 GGGCAAAAACATCCTCAGAAATGCCCTGGTATCTCATCTAGATGGTG...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1214    GCACTACTCCTGTGTGTGAGGACATCGGACGCAGCCTCCTGACCTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109467 AAGGCACTACTCCTGTGTGTGAGGACATCGGACGCAGCCTCCTGACCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGCCGCCGCATCCCCCTGGCTGAATGGGAAAGCCGGATTGCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109517 GGCCGCCGCATCCCCCTGGCTGAATGGGAAAGCCGGATTGCGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303  GAGGTGGATGCCAGTGTGGTACGTGAGATCTGCTCCAAGTACATCTATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109910 GGAGGTGGATGCCAGTGTGGTACGTGAGATCTGCTCCAAGTACATCTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACCAGTGCCCAGCAGTGGCTGGATATG         GCCCCATTGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109960 ACCAGTGCCCAGCAGTGGCTGGATATGGTA...CAGGCCCCATTGAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1393 CTCCCAGACTACAACCGGATCCGTAGCGGCATGTTCTGGCTGCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110443 CTCCCAGACTACAACCGGATCCGTAGCGGCATGTTCTGGCTGCGCTTC