seq1 = pF1KE1918.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE1918/gi568815593r_132761592.tfa (gi568815593r:132761592_132964533), 202942 bp

>pF1KE1918 1362
>gi568815593r:132761592_132964533 (Chr5)

(complement)

1-397  (100001-100397)   100% ->
398-1362  (101978-102942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACGTCCCAACAAATTCCTCCTTTGGTTTTGCTGCTTTGCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACGTCCCAACAAATTCCTCCTTTGGTTTTGCTGCTTTGCCTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTTTTCCTATTAGCCTTGGTTCTCAGGCTTCTGGGGGAGAAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTTTTCCTATTAGCCTTGGTTCTCAGGCTTCTGGGGGAGAAGCTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCTGCTAGTGCTGAGTTGGAATCTGGGGCTATGCCTTGGTCCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCTGCTAGTGCTGAGTTGGAATCTGGGGCTATGCCTTGGTCCTTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCATATAGATGAGAGAGACAGAGCTGGCCTCCTTCCCGCGCTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCATATAGATGAGAGAGACAGAGCTGGCCTCCTTCCCGCGCTTTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTTCTATCTGTTGGGCGAGGTGGGTCACCTAGGCTGCAGCCAGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTTCTATCTGTTGGGCGAGGTGGGTCACCTAGGCTGCAGCCAGACTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGCTTTGCACTACATGAAGAAGCTCTATAAGACATATGCTACCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGCTTTGCACTACATGAAGAAGCTCTATAAGACATATGCTACCAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGATTCCTAAATCCAATAGAAGTCACCTCTACAACACTGTTCGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGATTCCTAAATCCAATAGAAGTCACCTCTACAACACTGTTCGGCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCCCCTGTACCCGGCACAAGCAGGCTCCTGGAGACCAGGTAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100351 CACCCCCTGTACCCGGCACAAGCAGGCTCCTGGAGACCAGGTAACAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398       GAATCCTTCCATCAGTGGAACTGCTATTTAACCTGGATCGCATT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ...TAGGAATCCTTCCATCAGTGGAACTGCTATTTAACCTGGATCGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACTACCGTTGAACACTTACTCAAGTCAGTCTTGCTGTACAATATCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 ACTACCGTTGAACACTTACTCAAGTCAGTCTTGCTGTACAATATCAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCAGTTTCTTTTTCCTCTGCTGTCAAATGTGTGTGCAATCTAATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 CTCAGTTTCTTTTTCCTCTGCTGTCAAATGTGTGTGCAATCTAATGATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGAGCCAAAGTCTTCTAGCAGGACTCTCGGCAGAGCTCCATACTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 AGGAGCCAAAGTCTTCTAGCAGGACTCTCGGCAGAGCTCCATACTCATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCTTTAACTCACAGTTTGAATTTGGAAAGAAACACAAATGGATTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 ACCTTTAACTCACAGTTTGAATTTGGAAAGAAACACAAATGGATTCAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGATGTGACCAGCCTCCTTCAACCTTTAGTGGCCTCCAACAAGAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102222 TGATGTGACCAGCCTCCTTCAACCTTTAGTGGCCTCCAACAAGAGAAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTCACATGTCTATAAATTTTACTTGCATGAAAGACCAGCTGGAGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 TTCACATGTCTATAAATTTTACTTGCATGAAAGACCAGCTGGAGCATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCAGCACAGAATGGTTTGTTTAACATGACTCTGGTGTCCCCCTCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 TCAGCACAGAATGGTTTGTTTAACATGACTCTGGTGTCCCCCTCACTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTATATTTGAATGACACAAGTGCTCAGGCTTATCACAGCTGGTATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 CTTATATTTGAATGACACAAGTGCTCAGGCTTATCACAGCTGGTATTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTCACTATAAAAGGAGGCCTTCCCAGGGTCCTGACCAGGAGAGAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 TTCACTATAAAAGGAGGCCTTCCCAGGGTCCTGACCAGGAGAGAAGTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCTGCCTATCCTGTGGGAGAAGAGGCTGCTGAGGATGGGAGATCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102472 TCTGCCTATCCTGTGGGAGAAGAGGCTGCTGAGGATGGGAGATCTTCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCACCGTCACCGCAGAGGTCAGGAAACTGTCAGTTCTGAATTGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102522 TCACCGTCACCGCAGAGGTCAGGAAACTGTCAGTTCTGAATTGAAGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCTTGGGCCCAGCTTCCTTCAATCTGAGTGAATACTTCAGACAATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102572 CCTTGGGCCCAGCTTCCTTCAATCTGAGTGAATACTTCAGACAATTTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTTCCCCAAAATGAGTGTGAGCTCCATGACTTTAGACTTAGCTTTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102622 CTTCCCCAAAATGAGTGTGAGCTCCATGACTTTAGACTTAGCTTTAGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCTGAAGTGGGACAACTGGATTGTGGCTCCGCACAGGTACAACCCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102672 GCTGAAGTGGGACAACTGGATTGTGGCTCCGCACAGGTACAACCCTCGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACTGTAAAGGGGACTGTCCAAGGGCAGTTGGACATCGGTATGGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102722 ACTGTAAAGGGGACTGTCCAAGGGCAGTTGGACATCGGTATGGCTCTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTTCACACCATGGTACAGAACATCATCTATGAGAAGCTGGACTCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102772 GTTCACACCATGGTACAGAACATCATCTATGAGAAGCTGGACTCCTCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCCAAGACCGTCATGTGTACCTGCCAAATACAGCCCCTTGAGTGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102822 GCCAAGACCGTCATGTGTACCTGCCAAATACAGCCCCTTGAGTGTTTTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCATTGAGCCCGATGGCTCAATTGCCTATAAAGAGTACGAAGATATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102872 CCATTGAGCCCGATGGCTCAATTGCCTATAAAGAGTACGAAGATATGATA

   1350     .    :    .    :
   1342 GCTACAAAGTGCACCTGTCGT
        |||||||||||||||||||||
 102922 GCTACAAAGTGCACCTGTCGT