seq1 = pF1KE1914.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KE1914/gi568815578f_58919523.tfa (gi568815578f:58919523_59124780), 205258 bp

>pF1KE1914 1353
>gi568815578f:58919523_59124780 (Chr20)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-166  (103323-103431)   100% ->
167-277  (103968-104078)   100% ->
278-1353  (104183-105258)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAAATTGTCCATATTCAGATTGGCCAGTGTGGCAACCAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTGAAATTGTCCATATTCAGATTGGCCAGTGTGGCAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCAAG         TTCTGGGAGATGATTGGTGAGGAACACGGGATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCAAGGTA...CAGTTCTGGGAGATGATTGGTGAGGAACACGGGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTGGCTGGGAGCGACCGCGGGGCCTCGGCCTTGCAGCTGGAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 ACTTGGCTGGGAGCGACCGCGGGGCCTCGGCCTTGCAGCTGGAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGTGTACTACAACGAAGCCTACG         GTAGGAAATATGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103407 AGCGTGTACTACAACGAAGCCTACGGTA...CAGGTAGGAAATATGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGAGCAGTCTTGGTGGACCTAGAACCTGGGACGATGGACAGCATTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 CCGAGCAGTCTTGGTGGACCTAGAACCTGGGACGATGGACAGCATTCGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAGCAAATTAGGAGCTCTCTTTCAACCCGACAGTTTTGTCCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104034 CTAGCAAATTAGGAGCTCTCTTTCAACCCGACAGTTTTGTCCATGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GTAACTCTGGGGCTGGCAACAACTGGGCCAAAGGCCACTACACGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 .CAGGTAACTCTGGGGCTGGCAACAACTGGGCCAAAGGCCACTACACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGAGCCGAGCTGATCGAGAATGTCCTAGAGGTGGTGAGGCACGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104229 GGGAGCCGAGCTGATCGAGAATGTCCTAGAGGTGGTGAGGCACGAGAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGATCGTCCACTCCCTGGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104279 AGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGATCGTCCACTCCCTGGGCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACAGGCTCCGGGATGGGCACTCTGCTCATGAACAAGATTAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104329 GGCACAGGCTCCGGGATGGGCACTCTGCTCATGAACAAGATTAGAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACCCGGACCGGATCATGAATTCCTTCAGCGTCATGCCTTCTCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104379 GTACCCGGACCGGATCATGAATTCCTTCAGCGTCATGCCTTCTCCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCGGACACGGTGGTGGAGCCCTACAACGCGGTTCTGTCTATCCACCAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104429 TGTCGGACACTGTGGTGGAGCCCTACAACGCGGTTCTGTCTATCCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGATTGAGAATGCAGATGCCTGTTTCTGCATTGACAATGAGGCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104479 CTGATTGAGAATGCAGATGCCTGTTTCTGCATTGACAATGAGGCCCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACATCTGCTTCCGTACCCTGAAGCTGACGACACCCACCTATGGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104529 TGACATCTGCTTCCGTACCCTGAAGCTGACGACACCCACCTATGGGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAACCACCTAGTGTCCTTGACCATGAGCGGCATAACCACCTCCCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104579 TCAACCACCTAGTGTCCTTGACCATGAGCGGCATAACCACCTCCCTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCGGGTCAGCTCAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104629 TTCCCGGGTCAGCTCAACGCAGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCCCTTCCCCCGCCTGCACTTCTTTATGCCCGGCTTTGCCCCACTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104679 CCCCTTCCCCCGCCTGCACTTCTTTATGCCCGGCTTTGCCCCACTCACGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCCAGGGCAGCCAGCAGTACCGAGCCCTCTCCGTGGCCGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104729 CCCAGGGCAGCCAGCAGTACCGAGCCCTCTCCGTGGCCGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTCGATGCCCGCAATACCATGGCTGCCTGTGACCTCCGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104779 CAGATGTTCGATGCCCGCAATACCATGGCTGCCTGTGACCTCCGCCGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTCACAGTGGCCTGCATTTTCCGGGGCAAGATGTCCACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104829 CCGCTACCTCACAGTGGCCTGCATTTTCCGGGGCAAGATGTCCACCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGTGGACCAGCAACTGCTCTCCGTGCAGACCAGGAACAGCAGCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104879 AAGTGGACCAGCAACTGCTCTCCGTGCAGACCAGGAACAGCAGCTGCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGGAGTGGATTCCCAACAACGTCAAGGTGGCTGTCTGCGACATCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104929 GTGGAGTGGATTCCCAACAACGTCAAGGTGGCTGTCTGCGACATCCCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGGGGGCTGAGCATGGCCGCCACCTTCATTGGCAACAACACGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 CCGGGGGCTGAGCATGGCCGCCACCTTCATTGGCAACAACACGGCCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGAGATCTTTAATAGGGTCTCTGAGCATTTCTCAGCCATGTTCAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 AAGAGATCTTTAATAGGGTCTCTGAGCATTTCTCAGCCATGTTCAAAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAAGCTTTTGTGCACTGGTACACCAGCGAAGGGATGGACATAAACGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105079 AAAGCTTTTGTGCACTGGTACACCAGCGAAGGGATGGACATAAACGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGGGGAAGCTGAAAATAACATCCATGATTTGGTATCCGAGTACCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105129 TGGGGAAGCTGAAAATAACATCCATGATTTGGTATCCGAGTACCAACAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTCAAGATGCCAAAGCAGTTCTAGAGGAAGATGAAGAGGTCACGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105179 TTCAAGATGCCAAAGCAGTTCTAGAGGAAGATGAAGAGGTCACGGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :
   1324 GCAGAAATGGAGCCAGAAGATAAGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 105229 GCAGAAATGGAGCCAGAAGATAAGGGACAT