seq1 = pF1KE1909.tfa, 1332 bp
seq2 = pF1KE1909/gi568815587r_17920994.tfa (gi568815587r:17920994_18140762), 219769 bp

>pF1KE1909 1332
>gi568815587r:17920994_18140762 (Chr11)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-301  (104621-104804)   100% ->
302-402  (107389-107489)   100% ->
403-470  (111184-111251)   100% ->
471-667  (111402-111598)   100% ->
668-803  (114138-114273)   100% ->
804-930  (115062-115188)   100% ->
931-1026  (116780-116875)   100% ->
1027-1160  (117832-117965)   100% ->
1161-1332  (119598-119769)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTGAAGACAATAAGGAGAACAAAGACCATTCCTTAGAAAGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTGAAGACAATAAGGAGAACAAAGACCATTCCTTAGAAAGGGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAAGTCTCATTTTTTCCTTAAAGAATGAAGTTGGAGGACTTATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAAGTCTCATTTTTTCCTTAAAGAATGAAGTTGGAGGACTTATAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGAAAATCTTTCAG         GAGAAGCATGTGAATCTGTTACAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGAAAATCTTTCAGGTA...CAGGAGAAGCATGTGAATCTGTTACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGAGTCCCGAAAATCAAAAAGAAGAAACTCAGAATTTGAGATTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104645 ATCGAGTCCCGAAAATCAAAAAGAAGAAACTCAGAATTTGAGATTTTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACTGTGACATCAACAGAGAACAATTGAATGATATTTTTCATCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104695 TGACTGTGACATCAACAGAGAACAATTGAATGATATTTTTCATCTGCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTCTCATACCAATGTTCTCTCTGTGAATCTACCAGATAATTTTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104745 AGTCTCATACCAATGTTCTCTCTGTGAATCTACCAGATAATTTTACTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGAAGATG         GTATGGAAACTGTTCCTTGGTTTCCAAAGAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104795 AAGGAAGATGGTA...CAGGTATGGAAACTGTTCCTTGGTTTCCAAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATTTCTGACCTGGACCATTGTGCCAACAGAGTTCTGATGTATGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107420 GATTTCTGACCTGGACCATTGTGCCAACAGAGTTCTGATGTATGGATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTAGATGCAGACCATCCT         GGCTTCAAAGACAATGTCTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107470 AACTAGATGCAGACCATCCTGTA...CAGGGCTTCAAAGACAATGTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTAAACGTCGAAAGTATTTTGCGGACTTGGCTATGAACTATAAACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111205 CGTAAACGTCGAAAGTATTTTGCGGACTTGGCTATGAACTATAAACAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    471       TGGAGACCCCATTCCAAAGGTTGAATTCACTGAAGAGGAGATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111255 ...TAGTGGAGACCCCATTCCAAAGGTTGAATTCACTGAAGAGGAGATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACCTGGGGAACCGTATTCCAAGAGCTCAACAAACTCTACCCAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111446 AGACCTGGGGAACCGTATTCCAAGAGCTCAACAAACTCTACCCAACCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTTGCAGAGAGTATCTCAAAAACTTACCTTTGCTTTCTAAATATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111496 GCTTGCAGAGAGTATCTCAAAAACTTACCTTTGCTTTCTAAATATTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATATCGGGAGGATAATATCCCACAATTGGAAGATGTCTCCAACTTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111546 ATATCGGGAGGATAATATCCCACAATTGGAAGATGTCTCCAACTTTTTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAG         AGCGTACAGGTTTTTCCATCCGTCCTGTGGCTGGTTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111596 AAGGTA...CAGAGCGTACAGGTTTTTCCATCCGTCCTGTGGCTGGTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTATCACCAAGAGATTTCTTATCAGGTTTAGCCTTTCGAGTTTTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114176 TTATCACCAAGAGATTTCTTATCAGGTTTAGCCTTTCGAGTTTTTCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACTCAATATGTGAGACACAGTTCAGATCCCTTCTATACCCCAGAGCC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114226 CACTCAATATGTGAGACACAGTTCAGATCCCTTCTATACCCCAGAGCCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804        AGATACCTGCCATGAACTCTTAGGTCATGTCCCGCTTTTGGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114276 A...CAGAGATACCTGCCATGAACTCTTAGGTCATGTCCCGCTTTTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAACCTAGTTTTGCCCAATTCTCCCAAGAAATTGGCTTGGCTTCTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115105 GAACCTAGTTTTGCCCAATTCTCCCAAGAAATTGGCTTGGCTTCTCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGCTTCAGAGGAGGCTGTTCAAAAACTGGCAACG         TGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115155 CGCTTCAGAGGAGGCTGTTCAAAAACTGGCAACGGTA...CAGTGCTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTTCACTGTGGAGTTTGGTCTATGTAAACAAGATGGACAGCTAAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116787 TTTTCACTGTGGAGTTTGGTCTATGTAAACAAGATGGACAGCTAAGAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGGTGCTGGCTTACTTTCTTCTATCAGTGAACTCAAA         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116837 TTTGGTGCTGGCTTACTTTCTTCTATCAGTGAACTCAAAGTA...TAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCACTTTCTGGACATGCCAAAGTAAAGCCCTTTGATCCCAAGATTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117834 TGCACTTTCTGGACATGCCAAAGTAAAGCCCTTTGATCCCAAGATTACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCAAACAGGAATGTCTTATCACAACTTTTCAAGATGTCTACTTTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117884 GCAAACAGGAATGTCTTATCACAACTTTTCAAGATGTCTACTTTGTATCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAGTTTTGAAGATGCAAAGGAGAAGATGAG         AGAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117934 GAAAGTTTTGAAGATGCAAAGGAGAAGATGAGGTA...TAGAGAATTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAAAACAATTAAGCGTCCATTTGGAGTGAAGTATAATCCATATACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119607 CAAAACAATTAAGCGTCCATTTGGAGTGAAGTATAATCCATATACACGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTATTCAGATCCTGAAAGACACCAAGAGCATAACCAGTGCCATGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119657 GTATTCAGATCCTGAAAGACACCAAGAGCATAACCAGTGCCATGAATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGCAGCATGATCTCGATGTTGTCAGTGATGCCCTTGCTAAGGTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119707 CTGCAGCATGATCTCGATGTTGTCAGTGATGCCCTTGCTAAGGTCAGCAG

   1400     .    :
   1320 GAAGCCGAGTATC
        |||||||||||||
 119757 GAAGCCGAGTATC