seq1 = pF1KE1895.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE1895/gi568815597r_6361437.tfa (gi568815597r:6361437_6566107), 204671 bp

>pF1KE1895 1251
>gi568815597r:6361437_6566107 (Chr1)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-160  (100548-100668)   100% ->
161-295  (100886-101020)   100% ->
296-463  (101389-101556)   100% ->
464-542  (101655-101733)   100% ->
543-598  (102981-103036)   100% ->
599-706  (103138-103245)   100% ->
707-744  (103442-103479)   100% ->
745-925  (103934-104114)   100% ->
926-1251  (104346-104671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGCGGCCGCGGGGCTGCGCGGCGGTGGCGGCG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGAGCAGCGGCCGCGGGGCTGCGCGGCGGTGGCGGCGGTG...CAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTCCTCCTGGTGCTGCTGGGGGCCCGGGCCCAGGGCGGCACTCGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 GCTCCTCCTGGTGCTGCTGGGGGCCCGGGCCCAGGGCGGCACTCGTAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGGTGTGACTGTGCCGGTGACTTCCACAAGAAGATTGGTCTGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 CCAGGTGTGACTGTGCCGGTGACTTCCACAAGAAGATTGGTCTGTTTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAGAGGCTGCCCAGCGG         GGCACTACCTGAAGGCCCCTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100650 TGCAGAGGCTGCCCAGCGGGTA...CAGGGCACTACCTGAAGGCCCCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACGGAGCCCTGCGGCAACTCCACCTGCCTTGTGTGTCCCCAAGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100908 CACGGAGCCCTGCGGCAACTCCACCTGCCTTGTGTGTCCCCAAGACACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTGGCCTGGGAGAACCACCATAATTCTGAATGTGCCCGCTGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100958 TCTTGGCCTGGGAGAACCACCATAATTCTGAATGTGCCCGCTGCCAGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGATGAGCAGG         CCTCCCAGGTGGCGCTGGAGAACTGTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101008 TGTGATGAGCAGGGTG...CAGCCTCCCAGGTGGCGCTGGAGAACTGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCAGTGGCCGACACCCGCTGTGGCTGTAAGCCAGGCTGGTTTGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101417 AGCAGTGGCCGACACCCGCTGTGGCTGTAAGCCAGGCTGGTTTGTGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCAGGTCAGCCAATGTGTCAGCAGTTCACCCTTCTACTGCCAACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101467 GCCAGGTCAGCCAATGTGTCAGCAGTTCACCCTTCTACTGCCAACCATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAGACTGCGGGGCCCTGCACCGCCACACACGGCTACTCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101517 CTAGACTGCGGGGCCCTGCACCGCCACACACGGCTACTCTGTG...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCCCGCAGAGATACTGACTGTGGGACCTGCCTGCCTGGCTTCTATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 TTCCCGCAGAGATACTGACTGTGGGACCTGCCTGCCTGGCTTCTATGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGCGATGGCTGCGTGTCCTGCCCCAC         GAGCACCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101706 ATGGCGATGGCTGCGTGTCCTGCCCCACGTA...CAGGAGCACCCTGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCTGTCCAGAGCGCTGTGCCGCTGTCTGTGGCTGGAGGCAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102994 AGCTGTCCAGAGCGCTGTGCCGCTGTCTGTGGCTGGAGGCAGAGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599   TGTTCTGGGTCCAGGTGCTCCTGGCTGGCCTTGTGGTCCCCCTCCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103136 AGTGTTCTGGGTCCAGGTGCTCCTGGCTGGCCTTGTGGTCCCCCTCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGGGGCCACCCTGACCTACACATACCGCCACTGCTGGCCTCACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103186 TTGGGGCCACCCTGACCTACACATACCGCCACTGCTGGCCTCACAAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGGTTACTG         CAGATGAAGCTGGGATGGAGGCTCTGACCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103236 CTGGTTACTGGTA...CAGCAGATGAAGCTGGGATGGAGGCTCTGACCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ACCACCG         GCCACCCATCTGTCACCCTTGGACAGCGCCCACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103473 ACCACCGGTA...CAGGCCACCCATCTGTCACCCTTGGACAGCGCCCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCTTCTAGCACCTCCTGACAGCAGTGAGAAGATCTGCACCGTCCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103968 CCCTTCTAGCACCTCCTGACAGCAGTGAGAAGATCTGCACCGTCCAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGGGTAACAGCTGGACCCCTGGCTACCCCGAGACCCAGGAGGCGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104018 GTGGGTAACAGCTGGACCCCTGGCTACCCCGAGACCCAGGAGGCGCTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCCGCAGGTGACATGGTCCTGGGACCAGTTGCCCAGCAGAGCTCTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104068 CCCGCAGGTGACATGGTCCTGGGACCAGTTGCCCAGCAGAGCTCTTGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    926       GCCCCGCTGCTGCGCCCACACTCTCGCCAGAGTCCCCAGCCGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 ...CAGGCCCCGCTGCTGCGCCCACACTCTCGCCAGAGTCCCCAGCCGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCGCCAGCCATGATGCTGCAGCCGGGCCCGCAGCTCTACGACGTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104390 TCGCCAGCCATGATGCTGCAGCCGGGCCCGCAGCTCTACGACGTGATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGCGGTCCCAGCGCGGCGCTGGAAGGAGTTCGTGCGCACGCTGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104440 CGCGGTCCCAGCGCGGCGCTGGAAGGAGTTCGTGCGCACGCTGGGGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCGAGGCAGAGATCGAAGCCGTGGAGGTGGAGATCGGCCGCTTCCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104490 GCGAGGCAGAGATCGAAGCCGTGGAGGTGGAGATCGGCCGCTTCCGAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CAGCAGTACGAGATGCTCAAGCGCTGGCGCCAGCAGCAGCCCGCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104540 CAGCAGTACGAGATGCTCAAGCGCTGGCGCCAGCAGCAGCCCGCGGGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGGAGCCGTTTACGCGGCCCTGGAGCGCATGGGGCTGGACGGCTGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104590 CGGAGCCGTTTACGCGGCCCTGGAGCGCATGGGGCTGGACGGCTGCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1220 AAGACTTGCGCAGCCGCCTGCAGCGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104640 AAGACTTGCGCAGCCGCCTGCAGCGCGGCCCG