seq1 = pF1KE1884.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE1884/gi568815586f_25703298.tfa (gi568815586f:25703298_25904526), 201229 bp

>pF1KE1884 1230
>gi568815586f:25703298_25904526 (Chr12)

1-1230  (100001-101229)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGGAGAACGCGGGCAGCTATTCCCTTCAGCAAGCTCAAGCTTT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCGGAGAACGCGGGCAGCTACTCCCTTCAGCAAGCTCAAGCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTATACGTTTCCATTTCAACAACTGATGGCTGAAGCTCCTAATATGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTATACGTTTCCATTTCAACAACTGATGGCTGAAGCTCCTAATATGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTGAATGAACAGCAAATGCCAGAAGAAGTTCCAGCCCCAGCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTGAATGAACAGCAAATGCCAGAAGAAGTTCCAGCCCCAGCTCCTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAACCAGTGCAAGAGGCTCCAAAAGGAAGAAAAAGAAAACCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGAACCAGTGCAAGAGGCTCCAAAAGGAAGAAAAAGAAAACCCAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACAGAACCAAAACAACCAGTGGAACCCAAAAAACCTGTTGAGTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACAGAACCAAAACAACCAGTGGAACCCAAAAAACCTGTTGAGTCAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATCTGGCAAGTCTGCAAAATCAAAAGAAAAACAAGAAAAAATTACAGAC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||-||||||||
 100251 AATCTAGCAAGTCTGCAAAATCAAAAGAAAAGCAAGAAAAA TTACAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACATTTAAAGTAAAAAGAAAAGTAGACCGTTTTAATGGTGTTTCAGAAGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 ACATTTAAAGTCAAAAGAAAAGTAGACCGTTTTAATGGTGTTTCAGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAACTTCTGACCAAGACTCTCCCCGATATTTTGACCTTCAATCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 TGAACTTCTGACCAAGACTCTCCCCGATATTTTGACCTTCAATCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTCATTATTGGCATAAACCCGGGACTAATGGCTGCTTACAAAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100400 TTGTCATTATTGGCATAAACCCGGGTCTAATGGCTGCTTACAAAGGGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATTACCCTGGACCTGGAAACCATTTTTGGAAGTGTTTGTTTATGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CATTACCCTGGACCTGGAAACCATTTTTGGAAGTGTTTGTTTATGTCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCAGTGAGGTCCAGCTGAACCATATGGATGATCACACTCTACCAGGGA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 GCTCAGTGAGGTCCAGGTGAACCATATGGATGATCACACTCTACCAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTATGGTATTGGATTTACCAACATGGTGGAAAGGACCACGCCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100550 AGTATGGTATTGGATTTACCAACATGGTGGAAAGGACCACGCCTGGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAAGATCTCTCCAGTAAAGAATTTCGTGAAGGAGGACGTATTCTAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 AAAGATCTCTCCAGTAAAGAATTTCGTGAAGGAGGACGTATTCTAGTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAATTACAGAAATATCAGCCACGAATAGCAGTGTTTAATGGAAAATGTA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 GAAATTATAGAAATATCAGCCACGAATAGCAGTGTTTAATGGAAAATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTTATGAAATTTTTAGTAAAGAAGTTTTTGGAGTAAAGGTTAAGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100700 TTTATGAAATTTTTAGTAAAGAAGTTTTTGGTGTAAAGGTTAAGAACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAATTTGGGCTTCAGCCCCATAAGATTCCAGACACAGAAACTCTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100750 GAATTTGGGCTTCAGCCCCATAAGATTCCAGGCACAGAAACTCTCTGCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTTATGCCATCATCCAGTGCAAGATGTGCTCAGTTTCCTCGAGCCCAAG
        ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
 100800 TGTTATGCCGTCATCCAGTGCAAGAAGTGCTCAGTTTCCTCGGGCCCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACAAAGTTCATTACTACATAAAACTGAAGGACTTAAGAGATCAGTTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
 100850 ACAAAGTTCATTACTACATAAAACTGAAAGACTTAAGAGATCAGTTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCATTGAACGAAATATGGACGTTCAAGAGGTGCAATATACATTTGACCT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 GGCATTGAACGAAATACGGACGTTCAAGAGGTGCAATATACATTTGACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ACAGCTTGCCCAAGAGGATGCAAAGAAGATGGCTGTTAAGGAAGAAAAAT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100950 ACAGCTTGCCCAAGAAGATGCAAAGAAGATGGCTGTTAAGGAAGAAAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGATCCAGGTTATGAGGCAGCATATGGTGGTGCTTACGGAGAAAATCCA
        ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101000 ATGATCTGGGTTATGAGGCAGCATATGGTGGTGCTTACGGAGAAAATCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGC AGCAGTGAACCTTGTGGCTTCTCTTCAAATGGGCTAATTGAGAGCG
        |||-|-||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| 
 101050 TGCGA CAGTGAACCTTGCAGCTTCTCTTCAAATGGGCTAATTGAGAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 TGGAGTTAAGAGGAGAATCAGCTTTCAGTGGCATTCCTAATGGGCAGTGG
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
 101099 TGGAGTTAAGAGGAGAATCAACTTTCAGTGGCATTCCTAATGAGCAGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 ATGACCCAGTCATTTACAGACCAAATTCCTTCCTTTAGTAATCACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 101149 ATGACCCAGTCATTTACAGACCAAATTCCTTCCTTTAATAATCACTGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1200 AACACAAGAACAGGAAGAAGAAAGCCATGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 AACACAAGAACAGGAAGAAGAAAGCCATGCT