seq1 = pF1KE1884.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE1884/gi568815586f_103876915.tfa (gi568815586f:103876915_104087087), 210173 bp

>pF1KE1884 1230
>gi568815586f:103876915_104087087 (Chr12)

1-23  (89124-89146)   100% ->
24-166  (100004-100146)   100% ->
167-408  (102917-103158)   100% ->
409-478  (103979-104048)   100% ->
479-614  (105885-106020)   100% ->
615-697  (106222-106304)   100% ->
698-792  (106381-106475)   100% ->
793-964  (107835-108006)   100% ->
965-1090  (108689-108814)   100% ->
1091-1230  (110034-110173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGGAGAACGCGGGCAG         CTATTCCCTTCAGCAAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  89124 ATGGAAGCGGAGAACGCGGGCAGGTA...CAGCTATTCCCTTCAGCAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAAGCTTTTTATACGTTTCCATTTCAACAACTGATGGCTGAAGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 TCAAGCTTTTTATACGTTTCCATTTCAACAACTGATGGCTGAAGCTCCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATGGCAGTTGTGAATGAACAGCAAATGCCAGAAGAAGTTCCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 ATATGGCAGTTGTGAATGAACAGCAAATGCCAGAAGAAGTTCCAGCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCTGCTCAGGAACCAGTGCAAG         AGGCTCCAAAAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100122 GCTCCTGCTCAGGAACCAGTGCAAGGTA...CAGAGGCTCCAAAAGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAAAGAAAACCCAGAACAACAGAACCAAAACAACCAGTGGAACCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 AAAAAGAAAACCCAGAACAACAGAACCAAAACAACCAGTGGAACCCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACCTGTTGAGTCAAAAAAATCTGGCAAGTCTGCAAAATCAAAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102983 AACCTGTTGAGTCAAAAAAATCTGGCAAGTCTGCAAAATCAAAAGAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGAAAAAATTACAGACACATTTAAAGTAAAAAGAAAAGTAGACCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 CAAGAAAAAATTACAGACACATTTAAAGTAAAAAGAAAAGTAGACCGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAATGGTGTTTCAGAAGCTGAACTTCTGACCAAGACTCTCCCCGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 TAATGGTGTTTCAGAAGCTGAACTTCTGACCAAGACTCTCCCCGATATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACCTTCAATCTGGACATTGTCATT         ATTGGCATAAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103133 TGACCTTCAATCTGGACATTGTCATTGTA...TAGATTGGCATAAACCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGACTAATGGCTGCTTACAAAGGGCATCATTACCCTGGACCTGGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103994 GGACTAATGGCTGCTTACAAAGGGCATCATTACCCTGGACCTGGAAACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTTT         GGAAGTGTTTGTTTATGTCAGGGCTCAGTGAGGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104044 TTTTTGTA...CAGGGAAGTGTTTGTTTATGTCAGGGCTCAGTGAGGTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGAACCATATGGATGATCACACTCTACCAGGGAAGTATGGTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105921 AGCTGAACCATATGGATGATCACACTCTACCAGGGAAGTATGGTATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTACCAACATGGTGGAAAGGACCACGCCCGGCAGCAAAGATCTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105971 TTTACCAACATGGTGGAAAGGACCACGCCCGGCAGCAAAGATCTCTCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615          TAAAGAATTTCGTGAAGGAGGACGTATTCTAGTACAGAAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106021 GTA...TAGTAAAGAATTTCGTGAAGGAGGACGTATTCTAGTACAGAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACAGAAATATCAGCCACGAATAGCAGTGTTTAATGGAAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106263 TACAGAAATATCAGCCACGAATAGCAGTGTTTAATGGAAAATGTA...TA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  GTATTTATGAAATTTTTAGTAAAGAAGTTTTTGGAGTAAAGGTTAAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106380 GGTATTTATGAAATTTTTAGTAAAGAAGTTTTTGGAGTAAAGGTTAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTGGAATTTGGGCTTCAGCCCCATAAGATTCCAGACACAGAAACT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106430 CTTGGAATTTGGGCTTCAGCCCCATAAGATTCCAGACACAGAAACTGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      CTCTGCTATGTTATGCCATCATCCAGTGCAAGATGTGCTCAGTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106480 ..TAGCTCTGCTATGTTATGCCATCATCCAGTGCAAGATGTGCTCAGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTCGAGCCCAAGACAAAGTTCATTACTACATAAAACTGAAGGACTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107880 CCTCGAGCCCAAGACAAAGTTCATTACTACATAAAACTGAAGGACTTAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATCAGTTGAAAGGCATTGAACGAAATATGGACGTTCAAGAGGTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107930 AGATCAGTTGAAAGGCATTGAACGAAATATGGACGTTCAAGAGGTGCAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATACATTTGACCTACAGCTTGCCCAAG         AGGATGCAAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107980 ATACATTTGACCTACAGCTTGCCCAAGGTA...CAGAGGATGCAAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGGCTGTTAAGGAAGAAAAATATGATCCAGGTTATGAGGCAGCATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108703 ATGGCTGTTAAGGAAGAAAAATATGATCCAGGTTATGAGGCAGCATATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGTGCTTACGGAGAAAATCCATGCAGCAGTGAACCTTGTGGCTTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108753 TGGTGCTTACGGAGAAAATCCATGCAGCAGTGAACCTTGTGGCTTCTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAAATGGGCTAA         TTGAGAGCGTGGAGTTAAGAGGAGAATCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108803 CAAATGGGCTAAGTA...CAGTTGAGAGCGTGGAGTTAAGAGGAGAATCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTTTCAGTGGCATTCCTAATGGGCAGTGGATGACCCAGTCATTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110063 GCTTTCAGTGGCATTCCTAATGGGCAGTGGATGACCCAGTCATTTACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCAAATTCCTTCCTTTAGTAATCACTGTGGAACACAAGAACAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110113 CCAAATTCCTTCCTTTAGTAATCACTGTGGAACACAAGAACAGGAAGAAG

   1300     .    :
   1220 AAAGCCATGCT
        |||||||||||
 110163 AAAGCCATGCT