seq1 = pF1KE1872.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE1872/gi568815584f_24062145.tfa (gi568815584f:24062145_24266193), 204049 bp

>pF1KE1872 1179
>gi568815584f:24062145_24266193 (Chr14)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-364  (100822-101005)   100% ->
365-495  (101234-101364)   99% ->
496-577  (101734-101815)   100% ->
578-649  (101919-101990)   100% ->
650-991  (102470-102811)   100% ->
992-1107  (103703-103818)   100% ->
1108-1179  (103978-104049)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCAGGCAGGGCACGCTGCACCCGAAAACTCCGGAACTGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCAGGCAGGGCACGCTGCACCCGAAAACTCCGGAACTGGGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAAGTGGAGAGTGGGCAGTTTCCCGGAGTGTGCTGGGATGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAAGTGGAGAGTGGGCAGTTTCCCGGAGTGTGCTGGGATGATACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAAGACCATGTTCCGGATTCCCTGGAAACATGCAGGCAAGCAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAAGACCATGTTCCGGATTCCCTGGAAACATGCAGGCAAGCAGGACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGAGGACCAGGATGCTGCCTTCTTCAAG         GCCTGGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 CGGGAGGACCAGGATGCTGCCTTCTTCAAGGTG...TAGGCCTGGGCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTAAGGGAAAGTATAAGGAGGGGGACACAGGAGGTCCAGCTGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100833 ATTTAAGGGAAAGTATAAGGAGGGGGACACAGGAGGTCCAGCTGTCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACTCGCCTGCGCTGTGCACTCAACAAGAGTTCTGAATTTAAGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100883 AGACTCGCCTGCGCTGTGCACTCAACAAGAGTTCTGAATTTAAGGAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGAGAGGGGCCGCATGGATGTTGCTGAGCCCTACAAGGTGTATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100933 CCTGAGAGGGGCCGCATGGATGTTGCTGAGCCCTACAAGGTGTATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGCCACCAGGAATCGTCTCTG         GCCAGCCAGGGACTCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100983 GCTGCCACCAGGAATCGTCTCTGGTG...CAGGCCAGCCAGGGACTCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGTACCATCAAAGCGACAGCAAAGTTCTGTGTCCTCTGAGAGGAAGGAG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 101252 AAGTACCATCAAAGCGACAGCACAGTTCTGTGTCCTCTGAGAGGAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGAGGATGCCATGCAGAACTGCACACTCAGTCCCTCTGTGCTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101302 GAAGAGGATGCCATGCAGAACTGCACACTCAGTCCCTCTGTGCTCCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCCTCAATAAT         GAGGAGGAGGGGGCCAGTGGGGGAGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101352 CTCCCTCAATAATGTA...CAGGAGGAGGAGGGGGCCAGTGGGGGAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCATTCAGACATTGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCTGAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101762 TCCATTCAGACATTGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCTGAGCCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAG         TTACAGACACAACTGAGGCCCCCTTTCAAGGGGATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101812 GAAGGTA...CAGTTACAGACACAACTGAGGCCCCCTTTCAAGGGGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGGTCCCTGGAGTTTCTGCTTCCTCCAGAGCCAG         ACTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101956 GAGGTCCCTGGAGTTTCTGCTTCCTCCAGAGCCAGGTA...CAGACTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACTGCTGCTCACCTTCATCTACAACGGGCGCGTGGTGGGCGAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 CACTGCTGCTCACCTTCATCTACAACGGGCGCGTGGTGGGCGAGGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCAAAGCCTGGATTGCCGCCTTGTGGCTGAGCCCTCAGGCTCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 GTGCAAAGCCTGGATTGCCGCCTTGTGGCTGAGCCCTCAGGCTCTGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCATGGAGCAGGTGCTGTTCCCCAAGCCTGGCCCACTGGAGCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102576 CAGCATGGAGCAGGTGCTGTTCCCCAAGCCTGGCCCACTGGAGCCCACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCGCCTGCTGAGCCAGCTTGAGAGGGGCATCCTAGTGGCCAGCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102626 AGCGCCTGCTGAGCCAGCTTGAGAGGGGCATCCTAGTGGCCAGCAACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGAGGCCTCTTCGTGCAGCGCCTTTGCCCCATCCCCATCTCCTGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102676 CGAGGCCTCTTCGTGCAGCGCCTTTGCCCCATCCCCATCTCCTGGAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACCCCAGGCTCCACCTGGGCCAGGCCCGCATCTGCTGCCCAGCAACGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 ACCCCAGGCTCCACCTGGGCCAGGCCCGCATCTGCTGCCCAGCAACGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCGTGGAGCTCTTCAGAACCGCCTACTTCTGCAGAG         ACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102776 GCGTGGAGCTCTTCAGAACCGCCTACTTCTGCAGAGGTG...CAGACTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTCAGGTACTTTCAGGGCCTGGGCCCCCCACCGAAGTTCCAGGTAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103708 GTCAGGTACTTTCAGGGCCTGGGCCCCCCACCGAAGTTCCAGGTAACACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAATTTCTGGGAAGAGAGCCATGGCTCCAGCCATACTCCACAGAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103758 GAATTTCTGGGAAGAGAGCCATGGCTCCAGCCATACTCCACAGAATCTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCACAGTGAAG         ATGGAGCAGGCCTTTGCCCGATACTTGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103808 TCACAGTGAAGGTG...CAGATGGAGCAGGCCTTTGCCCGATACTTGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGCAGACTCCAGAGCAGCAGGCAGCCATTCTGTCCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104008 GAGCAGACTCCAGAGCAGCAGGCAGCCATTCTGTCCCTGGTG