seq1 = pF1KE1862.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KE1862/gi568815595f_157336934.tfa (gi568815595f:157336934_157542976), 206043 bp

>pF1KE1862 1143
>gi568815595f:157336934_157542976 (Chr3)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-532  (100580-100981)   100% ->
533-1143  (105433-106043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCTCCTTGCGATTCTGTTTTGTGCTCTCTGGTCTGCAGTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCTCCTTGCGATTCTGTTTTGTGCTCTCTGGTCTGCAGTGTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAACTCGGATGATTATGATCTCATGTATGTGAATTTGGACAACGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAACTCGGATGATTATGATCTCATGTATGTGAATTTGGACAACGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGACAATGGACTCCATCCCACTGAGGACC         CCACGCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TAGACAATGGACTCCATCCCACTGAGGACCGTA...TAGCCACGCCGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTGCGGTCAGGAGCACTCGGAATGGGACAAGCTCTTCATCATGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 GCCTGCGGTCAGGAGCACTCGGAATGGGACAAGCTCTTCATCATGCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACTCGCAGATGAGAGAGCGCATGCTGCTGCAAGCCACGGACGACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 GAACTCGCAGATGAGAGAGCGCATGCTGCTGCAAGCCACGGACGACGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCGGGGCGAGCTGCAGAGGCTGCGGGAGGAGCTGGGCCGGCTCGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 TGCGGGGCGAGCTGCAGAGGCTGCGGGAGGAGCTGGGCCGGCTCGCGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCTGGCGAGGCCGTGCGCGCCGGGGGCTCCCGCAGAGGCCAGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 AGCCTGGCGAGGCCGTGCGCGCCGGGGGCTCCCGCAGAGGCCAGGCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGTGCTCTGGACGAGCTGCTGCAGGCGACCCGCGACGCGGGCCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100791 CAGTGCTCTGGACGAGCTGCTGCAGGCGACCCGCGACGCGGGCCGCAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCGCGTATGGAGGGCGCGGAGGCGCAGCGCCCAGAGGAGGCGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100841 TGGCGCGTATGGAGGGCGCGGAGGCGCAGCGCCCAGAGGAGGCGGGGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCTGGCCGCGGTGCTAGAGGAGCTGCGGCAGACGCGAGCCGACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 GCCCTGGCCGCGGTGCTAGAGGAGCTGCGGCAGACGCGAGCCGACCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCGGTGCAGGGCTGGGCTGCCCGGAGCTGGCTGCCGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100941 CGCGGTGCAGGGCTGGGCTGCCCGGAGCTGGCTGCCGGCAGGTA...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTTGTGAAACAGCTATTTTATTCCCAATGCGTTCCAAGAAGATTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 GTTGTGAAACAGCTATTTTATTCCCAATGCGTTCCAAGAAGATTTTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCGTGCATCCAGTGAGACCAATGAGGCTTGAGTCTTTTAGTGCCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105483 AGCGTGCATCCAGTGAGACCAATGAGGCTTGAGTCTTTTAGTGCCTGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTGGGTCAAAGCCACAGATGTATTAAACAAAACCATCCTGTTTTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105533 TTGGGTCAAAGCCACAGATGTATTAAACAAAACCATCCTGTTTTCCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCACAAAGAGGAATCCATATGAAATCCAGCTGTATCTCAGCTACCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105583 GCACAAAGAGGAATCCATATGAAATCCAGCTGTATCTCAGCTACCAATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATAGTGTTTGTGGTGGGTGGAGAGGAGAACAAACTGGTTGCTGAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105633 ATAGTGTTTGTGGTGGGTGGAGAGGAGAACAAACTGGTTGCTGAAGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGTTTCCCTGGGAAGGTGGACCCACCTGTGCGGCACCTGGAATTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105683 GGTTTCCCTGGGAAGGTGGACCCACCTGTGCGGCACCTGGAATTCAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAGGGCTCACATCCTTGTGGGTAAATGGTGAACTGGCGGCTACCACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105733 AAGGGCTCACATCCTTGTGGGTAAATGGTGAACTGGCGGCTACCACTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGATGGCCACAGGTCACATTGTTCCTGAGGGAGGAATCCTGCAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105783 GAGATGGCCACAGGTCACATTGTTCCTGAGGGAGGAATCCTGCAGATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCAAGAAAAGAATGGCTGCTGTGTGGGTGGTGGCTTTGATGAAACATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105833 CCAAGAAAAGAATGGCTGCTGTGTGGGTGGTGGCTTTGATGAAACATTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTTCTCTGGGAGACTCACAGGCTTCAATATCTGGGATAGTGTTCTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105883 CCTTCTCTGGGAGACTCACAGGCTTCAATATCTGGGATAGTGTTCTTAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AATGAAGAGATAAGAGAGACCGGAGGAGCAGAGTCTTGTCACATCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105933 AATGAAGAGATAAGAGAGACCGGAGGAGCAGAGTCTTGTCACATCCGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GAATATTGTTGGGTGGGGAGTCACAGAGATCCAGCCACATGGAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105983 GAATATTGTTGGGTGGGGAGTCACAGAGATCCAGCCACATGGAGGAGCTC

   1150     .    :
   1133 AGTATGTTTCA
        |||||||||||
 106033 AGTATGTTTCA