seq1 = pF1KE1836.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KE1836/gi568815575r_15246136.tfa (gi568815575r:15246136_15483946), 237811 bp

>pF1KE1836 1062
>gi568815575r:15246136_15483946 (ChrX)

(complement)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-301  (120628-120838)   100% ->
302-492  (125754-125944)   100% ->
493-641  (128649-128797)   100% ->
642-742  (130779-130879)   100% ->
743-938  (136588-136783)   100% ->
939-1062  (137688-137811)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAGAGAGTGGGTAGTGGTGAATGTTTTCATGATGTTGTACGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAGAGAGTGGGTAGTGGTGAATGTTTTCATGATGTTGTACGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGTGCAGGGCTCCAGTAATGAACATGGACCAGTGAAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 GCTGGTGCAGGGCTCCAGTAATGAACATGGACCAGTGAAGGTA...AAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATCATCTCAGTCCACATTGGAACGATCTGAACAGCAGATCAGGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120629 GATCATCTCAGTCCACATTGGAACGATCTGAACAGCAGATCAGGGCTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAGTTTGGAGGAACTACTTCGAATTACTCACTCTGAGGACTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120679 TCTAGTTTGGAGGAACTACTTCGAATTACTCACTCTGAGGACTGGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGAGATGCAGGCTGAGGCTCAAAAGTTTTACCAGTATGGACTCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120729 GTGGAGATGCAGGCTGAGGCTCAAAAGTTTTACCAGTATGGACTCTCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCATCCCATCGGTCCACTAGGTTTGCGGCAACTTTCTATGACATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120779 CAGCATCCCATCGGTCCACTAGGTTTGCGGCAACTTTCTATGACATTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACACTAAAAG         TTATAGATGAAGAATGGCAAAGAACTCAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120829 ACACTAAAAGGTA...CAGTTATAGATGAAGAATGGCAAAGAACTCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCCCTAGAGAAACGTGCGTGGAGGTGGCCAGTGAGCTGGGGAAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125785 CAGCCCTAGAGAAACGTGCGTGGAGGTGGCCAGTGAGCTGGGGAAGAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACACATTCTTCAAGCCCCCTTGTGTGAACGTGTTCCGATGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125835 CCAACACATTCTTCAAGCCCCCTTGTGTGAACGTGTTCCGATGTGGTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTTGCAATGAAGAGAGCCTTATCTGTATGAACACCAGCACCTCGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125885 TGTTGCAATGAAGAGAGCCTTATCTGTATGAACACCAGCACCTCGTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCCAAACAG         CTCTTTGAGATATCAGTGCCTTTGACATCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125935 TTCCAAACAGGTA...TAGCTCTTTGAGATATCAGTGCCTTTGACATCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TACCTGAATTAGTGCCTGTTAAAGTTGCCAATCATACAGGTTGTAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128680 TACCTGAATTAGTGCCTGTTAAAGTTGCCAATCATACAGGTTGTAAGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGCCAACAGCCCCCCGCCATCCATACTCAATTATCAGAAGATCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128730 TTGCCAACAGCCCCCCGCCATCCATACTCAATTATCAGAAGATCCATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATCCCTGAAGAAGATCG         CTGTTCCCATTCCAAGAAACTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128780 GATCCCTGAAGAAGATCGGTA...TAGCTGTTCCCATTCCAAGAAACTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTCCTATTGACATGCTATGGGATAGCAACAAATGTAAATGTGTTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130802 GTCCTATTGACATGCTATGGGATAGCAACAAATGTAAATGTGTTTTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGAAAATCCACTTGCTGGAACAGAAG         ACCACTCTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 130852 GAGGAAAATCCACTTGCTGGAACAGAAGGTA...TAGACCACTCTCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGGAACCAGCTCTCTGTGGGCCACACATGATGTTTGACGAAGATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136601 CCAGGAACCAGCTCTCTGTGGGCCACACATGATGTTTGACGAAGATCGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGAGTGTGTCTGTAAAACACCATGTCCCAAAGATCTAATCCAGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136651 GCGAGTGTGTCTGTAAAACACCATGTCCCAAAGATCTAATCCAGCACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAAACTGCAGTTGCTTTGAGTGCAAAGAAAGTCTGGAGACCTGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136701 AAAAACTGCAGTTGCTTTGAGTGCAAAGAAAGTCTGGAGACCTGCTGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAAGCACAAGCTATTTCACCCAGACACCTGCAG         CTGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136751 GAAGCACAAGCTATTTCACCCAGACACCTGCAGGTA...CAGCTGTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAGATGCCCCTTTCATACCAGACCATGTGCAAGTGGCAAAACAGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137696 ACAGATGCCCCTTTCATACCAGACCATGTGCAAGTGGCAAAACAGCATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GCAAAGCATTGCCGCTTTCCAAAGGAGAAAAGGGCTGCCCAGGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137746 GCAAAGCATTGCCGCTTTCCAAAGGAGAAAAGGGCTGCCCAGGGGCCCCA

   1100     .    :    .
   1047 CAGCCGAAAGAATCCT
        ||||||||||||||||
 137796 CAGCCGAAAGAATCCT