seq1 = pF1KE1824.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE1824/gi568815592f_163315194.tfa (gi568815592f:163315194_163666795), 351602 bp

>pF1KE1824 1023
>gi568815592f:163315194_163666795 (Chr6)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-285  (140086-140228)   100% ->
286-402  (163587-163703)   100% ->
403-546  (219789-219932)   100% ->
547-634  (246789-246876)   100% ->
635-934  (248227-248526)   100% ->
935-1009  (251528-251602)   100% ->
1010-1023  (255501-255514)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGGGGAAATGGAAACGAAGGAGAAGCCGAAGCCCACCCCAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCGGGGAAATGGAAACGAAGGAGAAGCCGAAGCCCACCCCAGATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGATGCAGCTGATGAACGACAAGAAGCTCATGAGCAGCCTGCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGATGCAGCTGATGAACGACAAGAAGCTCATGAGCAGCCTGCCCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCGGGATCTTCAACCACCTCGAGCGGCTGCTGGACGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 TCTGCGGGATCTTCAACCACCTCGAGCGGCTGCTGGACGAAGGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  AAATTAGCAGAGTACGGAAAGACATGTACAATGACACATTAAATGGCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140085 GAAATTAGCAGAGTACGGAAAGACATGTACAATGACACATTAAATGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACAGAGAAAAGGAGTGCAGAATTGCCTGATGCTGTGGGACCTATTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140135 TACAGAGAAAAGGAGTGCAGAATTGCCTGATGCTGTGGGACCTATTGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTACAAGAGAAACTTTATGTGCCTGTAAAAGAATACCCAGAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140185 AGTTACAAGAGAAACTTTATGTGCCTGTAAAAGAATACCCAGATGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    TTTAATTTTGTTGGGAGAATCCTTGGACCTAGAGGACTTACAGCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163584 CAGTTTAATTTTGTTGGGAGAATCCTTGGACCTAGAGGACTTACAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAACTTGAAGCAGAAACCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163634 ACAACTTGAAGCAGAAACCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAATGAGGGATAAAAAAAAG         GAGGAGCAAAATAGAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 163684 CAATGAGGGATAAAAAAAAGGTA...TAGGAGGAGCAAAATAGAGGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAATTGGGAGCATCTAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219810 CCCAATTGGGAGCATCTAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGCTCAGAACAGAGCAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219860 AGATGCTCAGAACAGAGCAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAGAAATTATTGGTACCTGCA         GCAGAAGGAGAAGACAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 219910 TGAAGAAATTATTGGTACCTGCAGTA...TAGGCAGAAGGAGAAGACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246807 CTGAAGAAGATGCAGCTGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGCCAACATTAAATCAC         CAGCCCTTGCCTTTTCTCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 246857 AGATGCCAACATTAAATCACGTA...TAGCAGCCCTTGCCTTTTCTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248248 CAGCAACAGCCCAGGCTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTACGCCAGCTGGCCCTACCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248298 CTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTACGCCAGCTGGCCCTACCATAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAACGGAACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248348 GCCTTTGATCAGACAAATACAGACCGCTGTCATGCCAAACGGAACTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCCAACTGCTGCAATAGTTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248398 ACCCAACTGCTGCAATAGTTCCTCCAGGGCCCGAAGCTGGTTTAATCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCACCAGCTACATCAATCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248448 ACACCCTATGAGTACCCCTACACATTGGCACCAGCTACATCAATCCTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTATCCTATTGAACCTAGTGGTGTATTAG         GTGCGGTGGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 248498 GTATCCTATTGAACCTAGTGGTGTATTAGGTA...TAGGTGCGGTGGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTAAAGTTCGAAGGCACGATATGCGTGTCCATCCTTACCAAAGGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251540 CTAAAGTTCGAAGGCACGATATGCGTGTCCATCCTTACCAAAGGATTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    997 ACCGCAGACCGAG         CCGCCACCGGCAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 251590 ACCGCAGACCGAGGTT...CAGCCGCCACCGGCAAC