seq1 = pF1KE1822.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE1822/gi568815597f_158081102.tfa (gi568815597f:158081102_158284035), 202934 bp

>pF1KE1822 1005
>gi568815597f:158081102_158284035 (Chr1)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-328  (100354-100620)   100% ->
329-607  (100931-101209)   100% ->
608-886  (101777-102055)   100% ->
887-986  (102835-102934)   100% ->
987-1005  (103028-103046)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTGCCTGCTGTTTCTGCTGCTCTGGGCGCTCCTCCAGGCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTGCCTGCTGTTTCTGCTGCTCTGGGCGCTCCTCCAGGCTTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGCGCTGAAG         TCCCGCAAAGGCTTTTCCCCCTCCGCTGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCGCTGAAGGTG...CAGTCCCGCAAAGGCTTTTCCCCCTCCGCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGATCTCGTCCTTCGCCAATAGCAGCTGGACGCGCACCGACGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100384 TCCAGATCTCGTCCTTCGCCAATAGCAGCTGGACGCGCACCGACGGCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGTGGCTGGGGGAGCTGCAGACGCACAGCTGGAGCAACGACTCGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100434 GCGTGGCTGGGGGAGCTGCAGACGCACAGCTGGAGCAACGACTCGGACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCCGCTCTCTGAAGCCTTGGTCCCAGGGCACGTTCAGCGACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100484 CGTCCGCTCTCTGAAGCCTTGGTCCCAGGGCACGTTCAGCGACCAGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAGACGCTGCAGCATATATTTCGGGTTTATCGAAGCAGCTTCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100534 GGGAGACGCTGCAGCATATATTTCGGGTTTATCGAAGCAGCTTCACCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACGTGAAGGAATTCGCCAAAATGCTACGCTTATCCT         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100584 GACGTGAAGGAATTCGCCAAAATGCTACGCTTATCCTGTG...CAGATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGGAGCTCCAGGTGTCCGCTGGCTGTGAGGTGCACCCTGGGAACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100935 CTTGGAGCTCCAGGTGTCCGCTGGCTGTGAGGTGCACCCTGGGAACGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAATAACTTCTTCCATGTAGCATTTCAAGGAAAAGATATCCTGAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 CAAATAACTTCTTCCATGTAGCATTTCAAGGAAAAGATATCCTGAGTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAGGAACTTCTTGGGAGCCAACCCAAGAGGCCCCACTTTGGGTAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 CAAGGAACTTCTTGGGAGCCAACCCAAGAGGCCCCACTTTGGGTAAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCCATTCAAGTGCTCAACCAGGACAAGTGGACGAGGGAAACAGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 GGCCATTCAAGTGCTCAACCAGGACAAGTGGACGAGGGAAACAGTGCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCTCCTTAATGGCACCTGCCCCCAATTTGTCAGTGGCCTCCTTGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101135 GGCTCCTTAATGGCACCTGCCCCCAATTTGTCAGTGGCCTCCTTGAGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGAAGTCGGAACTGAAGAAGCAAG         TGAAGCCCAAGGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101185 GGGAAGTCGGAACTGAAGAAGCAAGGTC...CAGTGAAGCCCAAGGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGTCCCGTGGCCCCAGTCCTGGCCCTGGCCGTCTGCTGCTGGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 GCTGTCCCGTGGCCCCAGTCCTGGCCCTGGCCGTCTGCTGCTGGTGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCTGTATGGGTGAAGTGGATGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101843 ATGTCTCAGGATTCTACCCAAAGCCTGTATGGGTGAAGTGGATGCGGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCAGGAGCAGCAGGGCACTCAGCCAGGGGACATCCTGCCCAATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101893 GAGCAGGAGCAGCAGGGCACTCAGCCAGGGGACATCCTGCCCAATGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGAGACATGGTATCTCCGAGCAACCCTGGATGTGGTGGCTGGGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 CGAGACATGGTATCTCCGAGCAACCCTGGATGTGGTGGCTGGGGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGGCCTGTCCTGTCGGGTGAAGCACAGCAGTCTAGAGGGCCAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 CTGGCCTGTCCTGTCGGGTGAAGCACAGCAGTCTAGAGGGCCAGGACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTCCTCTACTGGG         GTGGGAGCTACACCTCCATGGGCTTGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102043 GTCCTCTACTGGGGTG...CAGGTGGGAGCTACACCTCCATGGGCTTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCCTTGGCAGTCCTGGCGTGCTTGCTGTTCCTCCTCATTGTGGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 TGCCTTGGCAGTCCTGGCGTGCTTGCTGTTCCTCCTCATTGTGGGCTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCTCCCGGTTTAAGAGGCAAAC         TTCCTATCAGGGCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102913 CCTCCCGGTTTAAGAGGCAAACGTA...CAGTTCCTATCAGGGCGTCCTG