seq1 = pF1KE1796.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE1796/gi568815589f_134780822.tfa (gi568815589f:134780822_134987412), 206591 bp

>pF1KE1796 939
>gi568815589f:134780822_134987412 (Chr9)

1-100  (100001-100100)   99% ->
101-214  (101705-101818)   100% ->
215-268  (102481-102534)   100% ->
269-301  (103919-103951)   100% ->
302-429  (104418-104545)   100% ->
430-559  (104947-105076)   100% ->
560-694  (105609-105743)   100% ->
695-939  (106347-106591)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGACAGAGCTGTGGGGGTCCTGGGCGCTGCCACCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGACAGAGCTGTGGGGGTCCTGGGCGCTGCCACCCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTTTCTTGGGCATGGCCTGGGCTCTCCAGGCGGCAGACACCTGTCCAG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTTTCCTGGGCATGGCCTGGGCTCTCCAGGCGGCAGACACCTGTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          AGGTGAAGATGGTGGGCCTGGAGGGCTCTGACAAGCTCACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGAGGTGAAGATGGTGGGCCTGGAGGGCTCTGACAAGCTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCTCCGAGGCTGTCCGGGGCTGCCTGGGGCCCCTGGGCCCAAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 ATTCTCCGAGGCTGTCCGGGGCTGCCTGGGGCCCCTGGGCCCAAGGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAGGCACCAATGGAAAGAGAG         GAGAACGTGGCCCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101796 GGCAGGCACCAATGGAAAGAGAGGTA...CAGGAGAACGTGGCCCCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCTCCTGGGAAGGCAGGACCACCTGGGCCCAACG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102499 GACCTCCTGGGAAGGCAGGACCACCTGGGCCCAACGGTA...CAGGAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTGGGGAGCCCCAGCCGTGCCTGACAG         GCCCGCGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103924 CCTGGGGAGCCCCAGCCGTGCCTGACAGGTG...CAGGCCCGCGTACCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAAGGACCTGCTAGACCGAGGGCACTTCCTGAGCGGCTGGCACACCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104431 CAAGGACCTGCTAGACCGAGGGCACTTCCTGAGCGGCTGGCACACCATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACCTGCCCGACTGCCGGCCCCTGACTGTGCTCTGTGACATGGACACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104481 ACCTGCCCGACTGCCGGCCCCTGACTGTGCTCTGTGACATGGACACGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGAGGGGGCTGGACC         GTTTTCCAGCGGAGGGTGGATGGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104531 GGAGGGGGCTGGACCGTG...CAGGTTTTCCAGCGGAGGGTGGATGGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGGACTTCTACCGGGACTGGGCCACGTACAAGCAGGGCTTCGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104973 TGTGGACTTCTACCGGGACTGGGCCACGTACAAGCAGGGCTTCGGCAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCTGGGGGAGTTCTGGCTGGGGAATGACAACATCCACGCCCTGACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105023 GGCTGGGGGAGTTCTGGCTGGGGAATGACAACATCCACGCCCTGACCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGG         GAACCAGCGAGCTCCGTGTAGACCTGGTGGACTTTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105073 CAGGGTA...CAGGAACCAGCGAGCTCCGTGTAGACCTGGTGGACTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGACAACTACCAGTTTGCTAAGTACAGATCATTCAAGGTGGCCGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105646 GGACAACTACCAGTTTGCTAAGTACAGATCATTCAAGGTGGCCGACGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGAGAAGTACAATCTGGTCCTGGGGGCCTTCGTGGAGGGCAGTGCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105696 CGGAGAAGTACAATCTGGTCCTGGGGGCCTTCGTGGAGGGCAGTGCGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695        GAGATTCCCTGACGTTCCACAACAACCAGTCCTTCTCCACCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105746 G...CAGGAGATTCCCTGACGTTCCACAACAACCAGTCCTTCTCCACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGACCAGGACAATGATCTTAACACCGGAAATTGTGCTGTGATGTTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106390 AGACCAGGACAATGATCTTAACACCGGAAATTGTGCTGTGATGTTTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGCTTGGTGGTACAAAAACTGCCATGTGTCAAACCTGAATGGTCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106440 GAGCTTGGTGGTACAAAAACTGCCATGTGTCAAACCTGAATGGTCGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCAGGGGGACTCATGGCAGCTTTGCAAATGGCATCAACTGGAAGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106490 CTCAGGGGGACTCATGGCAGCTTTGCAAATGGCATCAACTGGAAGTCGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAAGGATACAATTATAGCTACAAGGTGTCAGAGATGAAGGTGCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106540 GAAAGGATACAATTATAGCTACAAGGTGTCAGAGATGAAGGTGCGACCTG

   1000 
    938 CC
        ||
 106590 CC