seq1 = pF1KE1781.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KE1781/gi568815584f_20372307.tfa (gi568815584f:20372307_20576598), 204292 bp

>pF1KE1781 867
>gi568815584f:20372307_20576598 (Chr14)

11-181  (100001-100171)   100% ->
182-285  (102166-102269)   100% ->
286-461  (102467-102642)   100% ->
462-652  (102756-102946)   100% ->
653-867  (104078-104292)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 GATACACCTATGAAGATTATAAGAACACTGCAGAATGGCTTCTGTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GATACACCTATGAAGATTATAAGAACACTGCAGAATGGCTTCTGTCTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 ACTAAGCACCGACCTCAAGTTGCAATAATCTGTGGTTCTGGATTAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTAAGCACCGACCTCAAGTTGCAATAATCTGTGGTTCTGGATTAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 TCTGACTGATAAATTAACTCAGGCCCAGATCTTTGACTACGGTGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGACTGATAAATTAACTCAGGCCCAGATCTTTGACTACGGTGAAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 CCAACTTTCCCCGAAGTACAG         TGCCAGGTCATGCTGGCCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 CCAACTTTCCCCGAAGTACAGGTA...CAGTGCCAGGTCATGCTGGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 CTGGTGTTTGGGTTCCTGAATGGCAGGGCCTGTGTGATGATGCAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102186 CTGGTGTTTGGGTTCCTGAATGGCAGGGCCTGTGTGATGATGCAGGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 GTTCCACATGTATGAAGGGTACCCACTCTGGAAG         GTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102236 GTTCCACATGTATGAAGGGTACCCACTCTGGAAGGTA...AAGGTGACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 TCCCAGTGAGGGTTTTCCACCTTCTGGGTGTGGACACCCTGGTAGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102474 TCCCAGTGAGGGTTTTCCACCTTCTGGGTGTGGACACCCTGGTAGTCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 AATGCAGCAGGAGGGCTGAACCCCAAGTTTGAGGTTGGAGATATCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102524 AATGCAGCAGGAGGGCTGAACCCCAAGTTTGAGGTTGGAGATATCATGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393 GATCCGTGACCATATCAACCTACCTGGTTTCAGTGGTCAGAACCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102574 GATCCGTGACCATATCAACCTACCTGGTTTCAGTGGTCAGAACCCTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443 GAGGGCCCAATGATGAAAG         GTTTGGAGATCGTTTCCCTGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102624 GAGGGCCCAATGATGAAAGGTA...TAGGTTTGGAGATCGTTTCCCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484 ATGTCTGATGCCTACGACCGGACTATGAGGCAGAGGGCTCTCAGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102778 ATGTCTGATGCCTACGACCGGACTATGAGGCAGAGGGCTCTCAGTACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    534 GAAACAAATGGGGGAGCAACGTGAGCTACAGGAAGGCACCTATGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 GAAACAAATGGGGGAGCAACGTGAGCTACAGGAAGGCACCTATGTGATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    584 TGGCAGGCCCCAGCTTTGAGACTGTGGCAGAATGTCGTGTGCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 TGGCAGGCCCCAGCTTTGAGACTGTGGCAGAATGTCGTGTGCTGCAGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634 CTGGGAGCAGACGCTGTTG         GCATGAGTACAGTACCAGAAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102928 CTGGGAGCAGACGCTGTTGGTG...CAGGCATGAGTACAGTACCAGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    675 TATCGTTGCACGGCACTGTGGACTTCGAGTCTTTGGCTTCTCACTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 TATCGTTGCACGGCACTGTGGACTTCGAGTCTTTGGCTTCTCACTCATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725 CTAACAAGGTCATCATGGATTATGAAAGCCTGGAGAAGGCCAACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 CTAACAAGGTCATCATGGATTATGAAAGCCTGGAGAAGGCCAACCATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775 GAAGTCTTAGCAGCTGGCAAACAAGCTGCACAGAAATTGGAACAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 GAAGTCTTAGCAGCTGGCAAACAAGCTGCACAGAAATTGGAACAGTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    825 CTCCATTCTTATGGCCAGCATTCCACTCCCTGACAAAGCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104250 CTCCATTCTTATGGCCAGCATTCCACTCCCTGACAAAGCCAGT