seq1 = pF1KE1766.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE1766/gi568815578f_1018774.tfa (gi568815578f:1018774_1265077), 246304 bp

>pF1KE1766 813
>gi568815578f:1018774_1265077 (Chr20)

1-129  (100001-100129)   99% ->
130-282  (106725-106877)   100% ->
283-365  (108653-108735)   100% ->
366-551  (116348-116533)   100% ->
552-605  (144357-144410)   100% ->
606-764  (145545-145703)   100% ->
765-813  (146256-146304)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCCTGGAGGTACTGTTCGCATCGGCAGCGCCGGCCATCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCCTGGAGGTACTGTTCGCATCGGCAGCGCCGGCCATCACCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGCAGGACGCGCTCGTCTGCTTCTTGCATTGGGAAGTGGTGACACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGCAGGACGCGCTCGTCTGCTTCTTGCATTGGGAAGTGGTGACACACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTACTGCGGCTTGGGTGTCGGTGACCAG         CCGGGTCCCAAT
        |||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 GTTACTTCGGCTTGGGTGTCGGTGACCAGGTA...CAGCCGGGTCCCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAAGAAGTCAGAACTGCTGCCAGCTGGGTGGAACAACAATAAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106737 GATAAGAAGTCAGAACTGCTGCCAGCTGGGTGGAACAACAATAAAGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATGTCCTCCGGTATGAGTATAAGGATGGGTCCAGAAAGCTCCTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106787 GTATGTCCTCCGGTATGAGTATAAGGATGGGTCCAGAAAGCTCCTTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCCATCACCGTGGAGAGCAGCATGATCCTCAATGTGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106837 AAGCCATCACCGTGGAGAGCAGCATGATCCTCAATGTGCTGGTG...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAATATGGCTCACAGCAAGTGGCAGACTTGACCCTGAACTTGGATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108653 GAATATGGCTCACAGCAAGTGGCAGACTTGACCCTGAACTTGGATGATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATCGATGCAGAACACCTGGGTGACTTCCACAG         GACCTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108703 TATCGATGCAGAACACCTGGGTGACTTCCACAGGTA...CAGGACCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAACAGTGAGGAGCTTCGGTCTCGTATTGTGTCTGGAATCATCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116356 AGAACAGTGAGGAGCTTCGGTCTCGTATTGTGTCTGGAATCATCACACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCCATGAGCAGTGGGAAAAGGCTAATGTAAGCAGTCCCCACCGGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116406 ATCCATGAGCAGTGGGAAAAGGCTAATGTAAGCAGTCCCCACCGGGAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCCCCTGCTACCGCCAGAGAGGTGGACCCACTCCGGATTCCTCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116456 CCCCCCTGCTACCGCCAGAGAGGTGGACCCACTCCGGATTCCTCCACACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCACACACCAGTCGGCAGCCTCCCTG         GTGTGATCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116506 ACCCACACACCAGTCGGCAGCCTCCCTGGTG...CAGGTGTGATCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCCCGTTTGTTGTCGGGGGAGAAGACTTAGACCCTTTTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 144370 GGCCCGTTTGTTGTCGGGGGAGAAGACTTAGACCCTTTTGGGTG...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCTCGGAGAGGTGGCATGATTGTGGATCCCCTGAGATCTGGCTTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145545 GCCTCGGAGAGGTGGCATGATTGTGGATCCCCTGAGATCTGGCTTCCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGCACTTATTGACCCTTCCTCAGGCCTCCCGAACCGACTTCCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145595 GAGCACTTATTGACCCTTCCTCAGGCCTCCCGAACCGACTTCCTCCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGTGCCCCCAGGAGCTCGCTTTGACCCCTTTGGACCCATTGGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145645 GCTGTGCCCCCAGGAGCTCGCTTTGACCCCTTTGGACCCATTGGGACCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCACCCGG         ACCTAACCCAGACCATCTCCCCCCGCCGGGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 145695 CCCACCCGGGTA...CAGACCTAACCCAGACCATCTCCCCCCGCCGGGCT

    850     .    :    .
    797 ACGATGACATGTACCTG
        |||||||||||||||||
 146288 ACGATGACATGTACCTG