seq1 = pF1KE1764.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KE1764/gi568815586f_119568245.tfa (gi568815586f:119568245_119780322), 212078 bp

>pF1KE1764 810
>gi568815586f:119568245_119780322 (Chr12)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-323  (104057-104220)   100% ->
324-417  (105720-105813)   100% ->
418-532  (106096-106210)   100% ->
533-666  (108293-108426)   100% ->
667-735  (111689-111757)   100% ->
736-810  (112004-112078)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAATACCAGCAGTGAGCGCGCCGCGCTGGAGCGGCATGGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAATACCAGCAGTGAGCGCGCCGCGCTGGAGCGGCATGGTGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAGACGCCCCGGAGGGACAGCTCGGGGGGCACCAAGGACGGGGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAGACGCCCCGGAGGGACAGCTCGGGGGGCACCAAGGACGGGGACAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGATCCTGATGGACAGCCCCGAAGACGCCGACCTCTTCCACTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGATCCTGATGGACAGCCCCGAAGACGCCGACCTCTTCCACTCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAATCAAG         GCACCAGAGAAGGAGGAATTCCTGGCCTGGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAATCAAGGTG...TAGGCACCAGAGAAGGAGGAATTCCTGGCCTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCATGATCTGGAAGTGAATGATAAAGCTCCCGCCCAGGCTCGGCCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104089 GCATGATCTGGAAGTGAATGATAAAGCTCCCGCCCAGGCTCGGCCAACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTTCGATGGACGGGGGGCGGAAAGGAAGTTTACTTATCTGGGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104139 TGTTTCGATGGACGGGGGGCGGAAAGGAAGTTTACTTATCTGGGTCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAACTGGAGTAAACTTCCCCTCACCAGAAG         CCACAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104189 AACAACTGGAGTAAACTTCCCCTCACCAGAAGGTA...CAGCCACAATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGTAGCCATCCTGGATCTGCCGGAAGGAGAGCATCAGTACAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 CTTTGTAGCCATCCTGGATCTGCCGGAAGGAGAGCATCAGTACAAGTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGTGGATGGTCAGTGGACGCACGACCCTTCCGAG         CCCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105779 TTGTGGATGGTCAGTGGACGCACGACCCTTCCGAGGTA...CAGCCCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTAACCAGCCAGCTTGGCACAGTTAACAACATCATTCAAGTGAAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106102 GTAACCAGCCAGCTTGGCACAGTTAACAACATCATTCAAGTGAAGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACTTTGAAGTATTTGATGCTTTAATGGTGGATTCCCAAAAGTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106152 TGACTTTGAAGTATTTGATGCTTTAATGGTGGATTCCCAAAAGTGCTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGTGTCTG         AGCTGTCCAGTTCTCCCCCAGGACCCTACCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106202 ATGTGTCTGGTA...CAGAGCTGTCCAGTTCTCCCCCAGGACCCTACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGAGCCCTACGTCTGCAAACCCGAAGAGCGCTTTCGGGCACCCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 CAGGAGCCCTACGTCTGCAAACCCGAAGAGCGCTTTCGGGCACCCCCTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTCCCCCCACATCTCCTCCAGGTCATCCTGAACAAGGACACGGGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108375 TCTCCCCCCACATCTCCTCCAGGTCATCCTGAACAAGGACACGGGGATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CC         TGTGATCCAGCTTTGCTTCCTGAGCCCAATCACGTCATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108425 CCGTA...CAGTGTGATCCAGCTTTGCTTCCTGAGCCCAATCACGTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGAACCACCTATACGCGCTGTCTATCAAG         GATGGAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111728 CTGAACCACCTATACGCGCTGTCTATCAAGGTA...TAGGATGGAGTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTGCTCAGCGCAACCCACCGGTACAAGAAGAAGTACGTCACCACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112015 GGTGCTCAGCGCAACCCACCGGTACAAGAAGAAGTACGTCACCACCTTGT

    850     .    :
    797 TATACAAGCCCATA
        ||||||||||||||
 112065 TATACAAGCCCATA