seq1 = pF1KE1740.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE1740/gi568815595f_186753059.tfa (gi568815595f:186753059_186954701), 201643 bp

>pF1KE1740 732
>gi568815595f:186753059_186954701 (Chr3)

1-214  (100001-100214)   100% ->
215-732  (101126-101643)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTGCTGGGAGCTGTTCTACTGCTATTAGCTCTGCCCGGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTTGCTGGGAGCTGTTCTACTGCTATTAGCTCTGCCCGGTCATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGAAACCACGACTCAAGGGCCCGGAGTCCTGCTTCCCCTGCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGAAACCACGACTCAAGGGCCCGGAGTCCTGCTTCCCCTGCCCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCTGCACAGGTTGGATGGCGGGCATCCCAGGGCATCCGGGCCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCTGCACAGGTTGGATGGCGGGCATCCCAGGGCATCCGGGCCATAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGCCCCAGGCCGTGATGGCAGAGATGGCACCCCTGGTGAGAAGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGCCCCAGGCCGTGATGGCAGAGATGGCACCCCTGGTGAGAAGGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAGGAGATCCAG         GTCTTATTGGTCCTAAGGGAGACATCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAGGAGATCCAGGTA...TAGGTCTTATTGGTCCTAAGGGAGACATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGAAACCGGAGTACCCGGGGCTGAAGGTCCCCGAGGCTTTCCGGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101153 GTGAAACCGGAGTACCCGGGGCTGAAGGTCCCCGAGGCTTTCCGGGAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAAGGCAGGAAAGGAGAACCTGGAGAAGGTGCCTATGTATACCGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101203 CAAGGCAGGAAAGGAGAACCTGGAGAAGGTGCCTATGTATACCGCTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATTCAGTGTGGGATTGGAGACTTACGTTACTATCCCCAACATGCCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 ATTCAGTGTGGGATTGGAGACTTACGTTACTATCCCCAACATGCCCATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTTACCAAGATCTTCTACAATCAGCAAAACCACTATGATGGCTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101303 GCTTTACCAAGATCTTCTACAATCAGCAAAACCACTATGATGGCTCCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGTAAATTCCACTGCAACATTCCTGGGCTGTACTACTTTGCCTACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 GGTAAATTCCACTGCAACATTCCTGGGCTGTACTACTTTGCCTACCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACAGTCTATATGAAGGATGTGAAGGTCAGCCTCTTCAAGAAGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101403 CACAGTCTATATGAAGGATGTGAAGGTCAGCCTCTTCAAGAAGGACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTATGCTCTTCACCTATGATCAGTACCAGGAAAATAATGTGGACCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 CTATGCTCTTCACCTATGATCAGTACCAGGAAAATAATGTGGACCAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCCGGCTCTGTGCTCCTGCATCTGGAGGTGGGCGACCAAGTCTGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 TCCGGCTCTGTGCTCCTGCATCTGGAGGTGGGCGACCAAGTCTGGCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGTATGGGGAAGGAGAGCGTAATGGACTCTATGCTGATAATGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 GGTGTATGGGGAAGGAGAGCGTAATGGACTCTATGCTGATAATGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACTCCACCTTCACAGGCTTTCTTCTCTACCATGACACCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 ACTCCACCTTCACAGGCTTTCTTCTCTACCATGACACCAAC