seq1 = pF1KE1729.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KE1729/gi568815587r_77519631.tfa (gi568815587r:77519631_77737714), 218084 bp

>pF1KE1729 711
>gi568815587r:77519631_77737714 (Chr11)

(complement)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-262  (107816-107952)   99% ->
263-364  (111897-111998)   100% ->
365-472  (112645-112752)   99% ->
473-646  (115042-115215)   100% ->
647-711  (118020-118084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTCCTCAAAAGTTTCCCGCCGCCTGGGCCAGCGGAGGGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTCCTCAAAAGTTTCCCGCCGCCTGGGCCAGCGGAGGGGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCAGCAGCCAGACACTGAGGCTGTGCTGAACGGGAAGGGCCTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGCAGCAGCCAGACACTGAGGCTGTGCTGAACGGGAAGGGCCTCGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGTACCCTTTACATCGCTGAGAG         CCGCCTGTCTTGGTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 CTGGTACCCTTTACATCGCTGAGAGGTA...CAGCCGCCTGTCTTGGTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGCTCTGGATTAGGATTCTCACTGGAATACCCTACCATTAGTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 107832 GATGGCTCTGGATTAGGATTCTCACTGGAATACCCCACCATTAGTTTACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATTATCCAGGGACCGAAGTGACTGTCTAGGAGAGCATTTGTATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107882 TGCATTATCCAGGGACCGAAGTGACTGTCTAGGAGAGCATTTGTATGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTGAATGCCAAATTTGAAG         AAGAATCAAAAGAACCTGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107932 TGGTGAATGCCAAATTTGAAGGTA...TAGAAGAATCAAAAGAACCTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGATGAAGAAGAGGAAGACAGTGATGATGATGTTGAACCTATTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111917 GCTGATGAAGAAGAGGAAGACAGTGATGATGATGTTGAACCTATTACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTTAGATTTGTGCCTAGTGATAAATCAGCGT         TGGAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111967 ATTTAGATTTGTGCCTAGTGATAAATCAGCGTGTG...CAGTGGAGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTTCACTGCAATGTGCGAATGCCAGGCCTTGCATCCAGATCCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112654 TGTTCACTGCAATGTGCGAATGCCAGGCCTTGCATCCAGATCCTGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGATTCTGATGACTACGATGGAGAAGAATATGATGTGGAAGCACATG 
        |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112704 GAGGATTCAGATGACTACGATGGAGAAGAATATGATGTGGAAGCACATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         AACAAGGACAGGGGGACATCCCTACATTTTACACCTATGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112754 TT...TAGAACAAGGACAGGGGGACATCCCTACATTTTACACCTATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGATTATCCCATCTAACAGCAGAAGGCCAAGCCACACTGGAGAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115084 AAGGATTATCCCATCTAACAGCAGAAGGCCAAGCCACACTGGAGAGATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGGAATGCTTTCTCAGTCTGTGAGCAGCCAGTATAATATGGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115134 GAAGGAATGCTTTCTCAGTCTGTGAGCAGCCAGTATAATATGGCTGGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGACAGAAGATTCAATAAGAGATTATGAAG         ATGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115184 CAGGACAGAAGATTCAATAAGAGATTATGAAGGTG...TAGATGGGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTGGATACCACACCAACAGTTGCTGGACAGTTTGAGGATGCAGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118029 AGGTGGATACCACACCAACAGTTGCTGGACAGTTTGAGGATGCAGATGTT

    750     .
    706 GATCAC
        ||||||
 118079 GATCAC