seq1 = pF1KE1726.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE1726/gi568815593r_140450703.tfa (gi568815593r:140450703_140657488), 206786 bp

>pF1KE1726 708
>gi568815593r:140450703_140657488 (Chr5)

(complement)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-187  (100217-100342)   99% ->
188-390  (105305-105507)   100% ->
391-499  (106320-106428)   100% ->
500-708  (106578-106786)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGCGCTGCCCCGCTGGCCAAGCGGAAGTGGAGATGGCGGAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGCGCTGCCCCGCTGGCCAAGCGGAAGTGGAGATGGCGGAGCTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGAAGCCGG         GCAACAAGGAACGCGGCTGGAACGACCCGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGAAGCCGGGTG...CAGGCAACAAGGAACGCGGCTGGAACGACCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCAGTTCTCATACGGGCTGCAGACCCAGGCCGGCGGACCCAGGCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 CGCAGTTCTCATACGGGCTGCAGACCCAGGCCGGCGGACCCAGGCGCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCTTACCAAGAGGGTAGCCGCACCCCAGGATGGATCCCCCAGAG    
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100297 CTGCTTACCAAGAGGGTCGCCGCACCCCAGGATGGATCCCCCAGAGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      TCCCCGCATCAGAGACTTCTCCTGGGCCTCCCCCAATGGGGCCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 ..CAGTCCCCGCATCAGAGACTTCTCCTGGGCCTCCCCCAATGGGGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACCTCCTTCAAGTAAGGCTCCCAGGTCCCCACCTGTGGGGAGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105350 CACCTCCTTCAAGTAAGGCTCCCAGGTCCCCACCTGTGGGGAGTGGTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTCTGGCGTGGAGCCCACAAGTTTCCCAGTCGAGTCTGAGGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105400 GCCTCTGGCGTGGAGCCCACAAGTTTCCCAGTCGAGTCTGAGGCTGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGGATGTGCTGAGACCTTTGGAACAGGCATTGGAAGACTGCCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105450 GGAGGATGTGCTGAGACCTTTGGAACAGGCATTGGAAGACTGCCGTGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACACAAGG         AAGCAGGTATGTGATGACATCAGCCGACGCCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105500 ACACAAGGGTA...TAGAAGCAGGTATGTGATGACATCAGCCGACGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCACTGCTGCAGGAACAGTGGGCTGGAGGAAAGTTGTCAATACCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106353 GCACTGCTGCAGGAACAGTGGGCTGGAGGAAAGTTGTCAATACCTGTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGAGAATGGCTCTACTGGTGCAAG         AGCTTTCAAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106403 GAAGAGAATGGCTCTACTGGTGCAAGGTA...CAGAGCTTTCAAGCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGTGGGACGCAGCAGATGACATCCACCGCTCCCTCATGGTTGACCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 GGTGGGACGCAGCAGATGACATCCACCGCTCCCTCATGGTTGACCATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTGAGGTCAGTCAGTGGATGGTAGGAGTTAAAAGATTAATTGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106643 ACTGAGGTCAGTCAGTGGATGGTAGGAGTTAAAAGATTAATTGCAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGGAGTCTGTTTTCAGAGGAGGCAGCCAATGAAGAGAAATCTGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106693 GAGGAGTCTGTTTTCAGAGGAGGCAGCCAATGAAGAGAAATCTGCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCTGAGAAGAACCATACCATACCAGGCTTCCAGCAGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106743 CAGCTGAGAAGAACCATACCATACCAGGCTTCCAGCAGGCTTCA