seq1 = pF1KE1709.tfa, 645 bp
seq2 = pF1KE1709/gi568815592f_31566832.tfa (gi568815592f:31566832_31769923), 203092 bp

>pF1KE1709 645
>gi568815592f:31566832_31769923 (Chr6)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-175  (101037-101139)   100% ->
176-291  (101708-101823)   100% ->
292-367  (102266-102341)   100% ->
368-557  (102488-102677)   100% ->
558-645  (103005-103092)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCTCAGAGGAGGTGTCCTGGATTTCCTGGTTCTGTGGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGCTCAGAGGAGGTGTCCTGGATTTCCTGGTTCTGTGGGCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAATGAATTCTTCTGTGAA         GTGGATGAAGACTACATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TGGCAATGAATTCTTCTGTGAAGTG...CAGGTGGATGAAGACTACATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACAAATTTAATCTTACTGGACTCAATGAGCAGGTCCCTCACTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 AGGACAAATTTAATCTTACTGGACTCAATGAGCAGGTCCCTCACTATCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGCTCTAGACATGATCTTGGACCTGGAGCCTG         ATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101106 CAAGCTCTAGACATGATCTTGGACCTGGAGCCTGGTG...CAGATGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTGGAAGACAACCCCAACCAGAGTGACCTGATTGAGCAGGCAGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 ACTGGAAGACAACCCCAACCAGAGTGACCTGATTGAGCAGGCAGCCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTTTATGGATTGATCCACGCCCGCTACATCCTTACCAACCGTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 TGCTTTATGGATTGATCCACGCCCGCTACATCCTTACCAACCGTGGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCAGATG         TTGGAAAAGTACCAGCAAGGAGACTTTGGTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 GCCCAGATGGTG...CAGTTGGAAAAGTACCAGCAAGGAGACTTTGGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGTCCTCGTGTGTACTGTGAGAACCAGCCAATGCTTCCCATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102298 CTGTCCTCGTGTGTACTGTGAGAACCAGCCAATGCTTCCCATTGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    GCCTTTCAGACATCCCAGGTGAAGCCATGGTGAAGCTCTACTGCCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102485 CAGGCCTTTCAGACATCCCAGGTGAAGCCATGGTGAAGCTCTACTGCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGTGCATGGATGTGTACACACCCAAGTCATCAAGACACCATCACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102535 AAGTGCATGGATGTGTACACACCCAAGTCATCAAGACACCATCACACGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCGCCTACTTCGGCACTGGTTTCCCTCACATGCTCTTCATGGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102585 TGGCGCCTACTTCGGCACTGGTTTCCCTCACATGCTCTTCATGGTGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGAGTACCGGCCCAAGAGACCTGCCAACCAGTTTGTGCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102635 CCGAGTACCGGCCCAAGAGACCTGCCAACCAGTTTGTGCCCAGGTA...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   GCTCTACGGTTTCAAGATCCATCCGATGGCCTACCAGCTGCAGCTCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103003 AGGCTCTACGGTTTCAAGATCCATCCGATGGCCTACCAGCTGCAGCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCGCCAGCAACTTCAAGAGCCCAGTCAAGACGATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 AGCCGCCAGCAACTTCAAGAGCCCAGTCAAGACGATTCGC