seq1 = pF1KE1691.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KE1691/gi568815579r_39143635.tfa (gi568815579r:39143635_39344971), 201337 bp

>pF1KE1691 600
>gi568815579r:39143635_39344971 (Chr19)

1-192  (125034-125224)   98% ->
193-270  (125518-125595)   100% ->
271-420  (125854-126003)   100% ->
421-504  (126104-126187)   100% ->
505-600  (126281-126376)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACTAGACATGACTGGGGACTGCACGCCAGTGCTGGTGCTGATGGC
         ||| ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125034 GTGACAC AGACATGACTGGGGACTGCACGCCAGTGCTGGTGCTGATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAGTGCTGACCGTGACTGGAGCAGTTCCTGTCGCCAGGCTCCACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125083 CGCAGTGCTGACCGTGACTGGAGCAGTTCCTGTCGCCAGGCTCCACGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTCCCGGATGCAAGGGGCTGCCACATAGCCCAGTTCAAGTCCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125133 CTCTCCCGGATGCAAGGGGCTGCCACATAGCCCAGTTCAAGTCCCTGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCACAGGAGCTGCAGGCCTTTAAGAGGGCCAAAGATGCCTTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 125183 CCACAGGAGCTGCAGGCCTTTAAGAGGGCCAAAGATGCCTTAGTG...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  GAAGAGTCGCTTCTGCTGAAGGACTGCAGGTGCCACTCCCGCCTCTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125517 GGAAGAGTCGCTTCTGCTGAAGGACTGCAGGTGCCACTCCCGCCTCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGGACCTGGGACCTGAGGCAGCTGCAG         GTGAGGGAGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125567 CCAGGACCTGGGACCTGAGGCAGCTGCAGGTG...CAGGTGAGGGAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCATGGCTTTGGAGGCTGAGCTGGCCCTGACGCTGAAGGTTCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125866 CCCATGGCTTTGGAGGCTGAGCTGGCCCTGACGCTGAAGGTTCTGGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCGCTGACACTGACCCAGCCCTGGTGGACGTCTTGGACCAGCCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125916 CACCGCTGACACTGACCCAGCCCTGGTGGACGTCTTGGACCAGCCCCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACACCCTGCACCATATCCTCTCCCAGTTCCGGGCCTGT         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125966 ACACCCTGCACCATATCCTCTCCCAGTTCCGGGCCTGTGTG...CAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCCTCAGCCCACGGCAGGGCCCAGGACCCGGGGCCGCCTCCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126107 CAGCCTCAGCCCACGGCAGGGCCCAGGACCCGGGGCCGCCTCCACCATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGTACCGGCTCCAGGAGGCCCCAAAAAAG         GAGTCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 126157 GCTGTACCGGCTCCAGGAGGCCCCAAAAAAGGTG...CAGGAGTCCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGCCTCGAGGCCTCTGTCACCTTCAACCTCTTCCGCCTCCTCACGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126291 GCTGCCTCGAGGCCTCTGTCACCTTCAACCTCTTCCGCCTCCTCACGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .
    565 GACCTGAATTGTGTTGCCAGTGGGGACCTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126341 GACCTGAATTGTGTTGCCAGTGGGGACCTGTGTGTC