seq1 = pF1KE1677.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KE1677/gi568815587r_112043599.tfa (gi568815587r:112043599_112255053), 211455 bp

>pF1KE1677 579
>gi568815587r:112043599_112255053 (Chr11)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-226  (104848-104982)   91% ->
227-360  (106318-106451)   100% ->
361-579  (111237-111455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTGAACCAGTAGAAGACAATTGCATCAACTTTGTGGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCTGAACCAGTAGAAGACAATTGCATCAACTTTGTGGCAATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTATTGACAATACGCTTTACTTTATAG         CTGAAGATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>------------
 100051 ATTTATTGACAATACGCTTTACTTTATAGGTA...TAG            

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAACCTGGAATCAGATTACTTTGGCAAGCTTGAATCTAAATTATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 AAAACCTGGAATCAGATTACTTTGGCAAGCTTGAATCTAAATTATCAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAGAAATTTGAATGACCAAGTTCTCTTCATTGACCAAGGAAATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 ATAAGAAATTTGAATGACCAAGTTCTCTTCATTGACCAAGGAAATCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTATTTGAAGATATGACTGATTCTGACTGTAGAG         ATAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104948 TCTATTTGAAGATATGACTGATTCTGACTGTAGAGGTA...CAGATAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACCCCGGACCATATTTATTATAAGTATGTATAAAGATAGCCAGCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106324 CACCCCGGACCATATTTATTATAAGTATGTATAAAGATAGCCAGCCTAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTATGGCTGTAACTATCTCTGTGAAGTGTGAGAAAATTTCAACTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106374 GGTATGGCTGTAACTATCTCTGTGAAGTGTGAGAAAATTTCAACTCTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTGAGAACAAAATTATTTCCTTTAAG         GAAATGAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106424 CTGTGAGAACAAAATTATTTCCTTTAAGGTA...TAGGAAATGAATCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATAACATCAAGGATACAAAAAGTGACATCATATTCTTTCAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111250 CTGATAACATCAAGGATACAAAAAGTGACATCATATTCTTTCAGAGAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCCAGGACATGATAATAAGATGCAATTTGAATCTTCATCATACGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111300 GTCCCAGGACATGATAATAAGATGCAATTTGAATCTTCATCATACGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATACTTTCTAGCTTGTGAAAAAGAGAGAGACCTTTTTAAACTCATTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111350 ATACTTTCTAGCTTGTGAAAAAGAGAGAGACCTTTTTAAACTCATTTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAAAAGAGGATGAATTGGGGGATAGATCTATAATGTTCACTGTTCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111400 AAAAAGAGGATGAATTGGGGGATAGATCTATAATGTTCACTGTTCAAAAC

    600     .
    574 GAAGAC
        ||||||
 111450 GAAGAC