seq1 = pF1KE1662.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE1662/gi568815593r_149274372.tfa (gi568815593r:149274372_149477026), 202655 bp

>pF1KE1662 540
>gi568815593r:149274372_149477026 (Chr5)

(complement)

1-21  (97802-97822)   100% ->
22-311  (100002-100291)   100% ->
312-540  (102427-102655)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTGGCCTCACAACCTG         CTGTTTCTTCTTACCATTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  97802 ATGGACTGGCCTCACAACCTGGTA...CAGCTGTTTCTTCTTACCATTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATCTTCCTGGGGCTGGGCCAGCCCAGGAGCCCCAAAAGCAAGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 CATCTTCCTGGGGCTGGGCCAGCCCAGGAGCCCCAAAAGCAAGAGGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAAGGGCGGCCTGGGCCCCTGGCCCCTGGCCCTCACCAGGTGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GGCAAGGGCGGCCTGGGCCCCTGGCCCCTGGCCCTCACCAGGTGCCACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCTGGTGTCACGGATGAAACCGTATGCCCGCATGGAGGAGTATGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 GACCTGGTGTCACGGATGAAACCGTATGCCCGCATGGAGGAGTATGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACATCGAGGAGATGGTGGCCCAGCTGAGGAACAGCTCAGAGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 GAACATCGAGGAGATGGTGGCCCAGCTGAGGAACAGCTCAGAGCTGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGAAAGTGTGAGGTCAACTTGCAGCTGTGGATGTCCAACAAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 AGAGAAAGTGTGAGGTCAACTTGCAGCTGTGGATGTCCAACAAGAGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTCTCCCTGGGGCTACAG         CATCAACCACGACCCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100272 CTGTCTCCCTGGGGCTACAGGTA...CAGCATCAACCACGACCCCAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATCCCCGTGGACCTGCCGGAGGCACGGTGCCTGTGTCTGGGCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102448 TATCCCCGTGGACCTGCCGGAGGCACGGTGCCTGTGTCTGGGCTGTGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCCCTTCACCATGCAGGAGGACCGCAGCATGGTGAGCGTGCCGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102498 ACCCCTTCACCATGCAGGAGGACCGCAGCATGGTGAGCGTGCCGGTGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCCAGGTTCCTGTGCGCCGCCGCCTCTGCCCGCCACCGCCCCGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102548 AGCCAGGTTCCTGTGCGCCGCCGCCTCTGCCCGCCACCGCCCCGCACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCTTGCCGCCAGCGCGCAGTCATGGAGACCATCGCTGTGGGCTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102598 GCCTTGCCGCCAGCGCGCAGTCATGGAGACCATCGCTGTGGGCTGCACCT

    550     .
    533 GCATCTTC
        ||||||||
 102648 GCATCTTC