seq1 = pF1KE1647.tfa, 489 bp
seq2 = pF1KE1647/gi568815592r_52136934.tfa (gi568815592r:52136934_52338951), 202018 bp

>pF1KE1647 489
>gi568815592r:52136934_52338951 (Chr6)

(complement)

1-33  (94523-94555)   100% ->
34-254  (100002-100222)   100% ->
255-489  (101784-102018)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGTGAAGACCCTGCATGGCCCAGCCATG         GTCAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  94523 ATGACAGTGAAGACCCTGCATGGCCCAGCCATGGTG...CAGGTCAAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCTGTCGATATTGGGGCTTGCCTTTCTGAGTGAGGCGGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 CTTGCTGCTGTCGATATTGGGGCTTGCCTTTCTGAGTGAGGCGGCAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAAATCCCCAAAGTAGGACATACTTTTTTCCAAAAGCCTGAGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 GGAAAATCCCCAAAGTAGGACATACTTTTTTCCAAAAGCCTGAGAGTTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGCCTGTGCCAGGAGGTAGTATGAAGCTTGACATTGGCATCATCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 CCGCCTGTGCCAGGAGGTAGTATGAAGCTTGACATTGGCATCATCAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAACCAGCGCGTTTCCATGTCACGTAACATCGAGAGCCGCTCCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100160 AAACCAGCGCGTTTCCATGTCACGTAACATCGAGAGCCGCTCCACCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGAATTACAC         TGTCACTTGGGACCCCAATCGGTACCCC
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||| |||||||||
 100210 CCTGGAATTACACGTA...CAGTGTCACTTGGGACCCCAACCGGTACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGAAGTTGTACAGGCCCAGTGTAGGAACTTGGGCTGCATCAATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101812 TCGGAAGTTGTACAGGCCCAGTGTAGGAACTTGGGCTGCATCAATGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGAAAGGAAGACATCTCCATGAATTCCGTTCCCATCCAGCAAGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101862 AGGAAAGGAAGACATCTCCATGAATTCCGTTCCCATCCAGCAAGAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGTCGTCCGGAGGAAGCACCAAGGCTGCTCTGTTTCTTTCCAGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 TGGTCGTCCGGAGGAAGCACCAAGGCTGCTCTGTTTCTTTCCAGTTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGTGCTGGTGACTGTTGGCTGCACCTGCGTCACCCCTGTCATCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 AAGGTGCTGGTGACTGTTGGCTGCACCTGCGTCACCCCTGTCATCCACCA

    500     .
    483 TGTGCAG
        |||||||
 102012 TGTGCAG