seq1 = pF1KE1639.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE1639/gi568815575f_49072001.tfa (gi568815575f:49072001_49274425), 202425 bp

>pF1KE1639 456
>gi568815575f:49072001_49274425 (ChrX)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-249  (101129-101281)   100% ->
250-345  (101388-101483)   100% ->
346-436  (102335-102425)   100% ->
437-456  (102672-102691)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGATTCTGAGCGCCTCTCGGCTCCTGGCTGCTGGGCCGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGATTCTGAGCGCCTCTCGGCTCCTGGCTGCTGGGCCGCCTGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACTTCTCGCGCACTCGAAAGGGAATCCTCCTGTTTGCTGAGATT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CAACTTCTCGCGCACTCGAAAGGGAATCCTCCTGTTTGCTGAGATTGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      ATATTATGCCTGGTGATCCTGATCTGCTTCAGTGCCTCCACACCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGATATTATGCCTGGTGATCCTGATCTGCTTCAGTGCCTCCACACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTACTCCTCCCTGTCGGTGATTGAGATGATCCTTGCTGCTATTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 GGCTACTCCTCCCTGTCGGTGATTGAGATGATCCTTGCTGCTATTTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGTCTACATGTGTGACCTGCACACCAAGATACCATTCATCAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101224 TGTTGTCTACATGTGTGACCTGCACACCAAGATACCATTCATCAACTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGAGT         GATTTCTTCCGAACCCTCATAGCGGCAATCCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101274 CCTGGAGTGTG...CAGGATTTCTTCCGAACCCTCATAGCGGCAATCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCTGATCACCTCCATTGTTGTCCTTGTTGAGAGAGGAAACCACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101421 TACCTGATCACCTCCATTGTTGTCCTTGTTGAGAGAGGAAACCACTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATCGTCGCAGGG         GTACTGGGCCTAATCGCTACGTGCCTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101471 AATCGTCGCAGGGGTA...CAGGTACTGGGCCTAATCGCTACGTGCCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGCTATGATGCCTATGTCACCTTCCCCGTTCGGCAGCCAAGACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 TTGGCTATGATGCCTATGTCACCTTCCCCGTTCGGCAGCCAAGACATACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGCCCCCACTG         ACCCCGCAGATGGCCCGGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102413 GCAGCCCCCACTGGTA...CAGACCCCGCAGATGGCCCGGTG