seq1 = pF1KE1609.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE1609/gi568815575f_81102201.tfa (gi568815575f:81102201_81378412), 276212 bp

>pF1KE1609 342
>gi568815575f:81102201_81378412 (ChrX)

1-41  (100001-100042)   97% ->
42-231  (174784-174969)   97% ->
232-312  (176131-176211)   100% ->
313-342  (194995-195024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGATCCGTGTATATATTGCATCTTCCTCTGGCTCTAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->>>...>>
 100001 ATGGTGATCCGTGTATATATTGCATCTTCCTCTGGCTCTACAGCG...TA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42  AGCGATTAAGAAGAAACAACAAGATGTGCTTGGTTTCCTAGAAGCCAAC
        >----|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174783 G    ATTAAGAAGAAACAACAAGATGTGCTTGGTTTCCTAGAAGCCAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 AAAATAGGATTTGAAGAAAAAGATATTGCAGCCAATGAAGAGAATCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174829 AAAATAGGATTTGAAGAAAAAGATATTGCAGCCAATGAAGAGAATCGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GTGGATGAGAGAAAATGTACCTGAAAATAGTCGACCAGCCACAGGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174879 GTGGATGAGAGAAAATGTACCTGAAAATAGTCGACCAGCCACAGGTTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 CCCTGCCACCTCAGATTTTCAATGAAAGCCAGTATCGCGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 174929 CCCTGCCACCTCAGATTTTCAATGAAAGCCAGTATCGCGGGGTA...AAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GACTATGATGCCTTCTTTGAAGCCAGAGAAAATAATGCAGTGTATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176131 GACTATGATGCCTTCTTTGAAGCCAGAGAAAATAATGCAGTGTATGCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CTTAGGCTTGACAGCCCCACCTGGTTCAAAG         GAAGCAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 176181 CTTAGGCTTGACAGCCCCACCTGGTTCAAAGGTA...CAGGAAGCAGAAG

    350     .    :    .    :
    323 TGCAAGCAAAGCAGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||
 195005 TGCAAGCAAAGCAGCAAGCA