seq1 = pF1KE1608.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE1608/gi568815597f_153258284.tfa (gi568815597f:153258284_153460835), 202552 bp

>pF1KE1608 342
>gi568815597f:153258284_153460835 (Chr1)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-342  (102361-102552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTGCAAAATGTCGCAGCTGGAACGCAACATAGAGACCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTGCAAAATGTCGCAGCTGGAACGCAACATAGAGACCATCATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCTTCCACCAATACTCTGTGAAGCTGGGGCACCCAGACACCCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCTTCCACCAATACTCTGTGAAGCTGGGGCACCCAGACACCCTGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGGAATTCAAAGAGCTGGTGCGAAAAGATCTGCAAAATTTTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGGAATTCAAAGAGCTGGTGCGAAAAGATCTGCAAAATTTTCTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          AAGGAGAATAAGAATGAAAAGGTCATAGAACACATCATGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTA...CAGAAGGAGAATAAGAATGAAAAGGTCATAGAACACATCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACCTGGACACAAATGCAGACAAGCAGCTGAGCTTCGAGGAGTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102402 GGACCTGGACACAAATGCAGACAAGCAGCTGAGCTTCGAGGAGTTCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTGATGGCGAGGCTAACCTGGGCCTCCCACGAGAAGATGCACGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102452 TGCTGATGGCGAGGCTAACCTGGGCCTCCCACGAGAAGATGCACGAGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACGAGGGCCCTGGCCACCACCATAAGCCAGGCCTCGGGGAGGGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 GACGAGGGCCCTGGCCACCACCATAAGCCAGGCCTCGGGGAGGGCACCCC

    350 
    342 C
        |
 102552 C