seq1 = pF1KE1561.tfa, 294 bp
seq2 = pF1KE1561/gi568815589r_34589930.tfa (gi568815589r:34589930_34791139), 201210 bp

>pF1KE1561 294
>gi568815589r:34589930_34791139 (Chr9)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-182  (100798-100930)   100% ->
183-276  (101117-101210)   100% ->
277-294  (101301-101318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGCTACTGGCCCTCAGCCTGCTGGTTCTCTGGACTTCCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCCCTGCTACTGGCCCTCAGCCTGCTGGTTCTCTGGACTTCCCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CCCCAACTCTGAGTGGCACCAATGATGCTGAAGACTGCTGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGCCCCAACTCTGAGTGGCACCAATGATGCTGAAGACTGCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCTGTGACCCAGAAACCCATCCCTGGGTACATCGTGAGGAACTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100840 TGTCTGTGACCCAGAAACCCATCCCTGGGTACATCGTGAGGAACTTCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTTCTCATCAAGGATGGCTGCAGGGTGCCTGCTGTAGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100890 TACCTTCTCATCAAGGATGGCTGCAGGGTGCCTGCTGTAGTGTG...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTCACCACACTGAGGGGCCGCCAGCTCTGTGCACCCCCAGACCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 GTTCACCACACTGAGGGGCCGCCAGCTCTGTGCACCCCCAGACCAGCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTAGAACGCATCATCCAGAGACTGCAGAGGACCTCAGCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101167 GGGTAGAACGCATCATCCAGAGACTGCAGAGGACCTCAGCCAAGGCA...

    300     .    :    .    :
    277    ATGAAGCGCCGCAGCAGT
        >>>||||||||||||||||||
 101298 TAGATGAAGCGCCGCAGCAGT