seq1 = pF1KE1547.tfa, 1773 bp
seq2 = pF1KE1547/gi568815593r_138088981.tfa (gi568815593r:138088981_138313294), 224314 bp

>pF1KE1547 1773
>gi568815593r:138088981_138313294 (Chr5)

(complement)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-216  (100232-100304)   100% ->
217-354  (106611-106748)   100% ->
355-397  (111140-111182)   100% ->
398-503  (111847-111952)   100% ->
504-636  (112056-112188)   100% ->
637-814  (114513-114690)   100% ->
815-912  (114772-114869)   100% ->
913-994  (115015-115096)   100% ->
995-1148  (120638-120791)   100% ->
1149-1268  (120907-121026)   100% ->
1269-1344  (121358-121433)   100% ->
1345-1406  (121760-121821)   100% ->
1407-1485  (123389-123467)   100% ->
1486-1605  (123543-123662)   100% ->
1606-1773  (124147-124314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCCGGTGGCTGTGACGGCGGCAGTGGCGCCTGTCCTGTCCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCCGGTGGCTGTGACGGCGGCAGTGGCGCCTGTCCTGTCCATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGATTTCTCAGATTTGCGGGAAATTAAAAAGCAACTGCTGCTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGATTTCTCAGATTTGCGGGAAATTAAAAAGCAACTGCTGCTTATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCCTTACCCGGGAGCGGGGCCTACTACACAGTAGCAAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 CGGGCCTTACCCGGGAGCGGGGCCTACTACACAGTAGCAAATGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   GTCGGCGGAGTTGGCTTTCTCTCTCCCTGCATTGCCTCTGGCCGAGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100230 AGGTCGGCGGAGTTGGCTTTCTCTCTCCCTGCATTGCCTCTGGCCGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAACCGCCTCCGCCTATTACAGAG         GAAGATGCCCAGGATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100280 GCAACCGCCTCCGCCTATTACAGAGGTA...TAGGAAGATGCCCAGGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGATGCCTATACCCTGGCCAAGGCCTACTTTGACGTTAAAGAGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106627 TGGATGCCTATACCCTGGCCAAGGCCTACTTTGACGTTAAAGAGTATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGGCAGCACATTTCCTGCATGGCTGCAATAGCAAGAAAGCCTATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106677 CGGGCAGCACATTTCCTGCATGGCTGCAATAGCAAGAAAGCCTATTTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTATATGTATTCCAGATATCTG         TCTGGAGAAAAAAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106727 GTATATGTATTCCAGATATCTGGTG...CAGTCTGGAGAAAAAAAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGATGAAACAGTTGATAGCTTAG         GCCCCCTGGAAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111159 ACGATGAAACAGTTGATAGCTTAGGTA...TAGGCCCCCTGGAAAAAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAGTGAAAAATGAGGCGCTTAGAGAATTGAGAGTGGAGCTCAGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111864 CAAGTGAAAAATGAGGCGCTTAGAGAATTGAGAGTGGAGCTCAGCAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACACCAAGCTCGAGAACTTGATGGATTTGGACTTTATCT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111914 ACACCAAGCTCGAGAACTTGATGGATTTGGACTTTATCTGTA...CAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGGTGTGGTGCTTCGAAAACTGGACTTGGTTAAAGAGGCCATTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112058 ATGGTGTGGTGCTTCGAAAACTGGACTTGGTTAAAGAGGCCATTGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGTGGAAGCTACTCATGTTTTGCCCTTGCATTGGGGAGCCTGGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112108 TTTGTGGAAGCTACTCATGTTTTGCCCTTGCATTGGGGAGCCTGGTTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTCTGTAACCTGATCACAGACAAAGAGATG         CTGAAGTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112158 ACTCTGTAACCTGATCACAGACAAAGAGATGGTA...CAGCTGAAGTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTCTTTGCCAGACACCTGGATGAAAGAGTTTTTTCTGGCTCATATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114523 TGTCTTTGCCAGACACCTGGATGAAAGAGTTTTTTCTGGCTCATATATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACAGAGTTGCAGTTGATAGAGGAGGCCCTGCAAAAGTATCAGAATCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114573 ACAGAGTTGCAGTTGATAGAGGAGGCCCTGCAAAAGTATCAGAATCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATGTGGGCTTCTCTAAGAGCTCGTATATTGTTTCCCAAATTGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114623 TGATGTGGGCTTCTCTAAGAGCTCGTATATTGTTTCCCAAATTGCAGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCTATCACAATATCAGAG         ATATTGACAAAGCCCTCTCCATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114673 CCTATCACAATATCAGAGGTG...CAGATATTGACAAAGCCCTCTCCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTAATGAGCTAAGGAAACAAGACCCTTACAGGATTGAAAATATGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114795 TTTAATGAGCTAAGGAAACAAGACCCTTACAGGATTGAAAATATGGACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATTCTCCAACCTTCTTTATGTCAGG         AGCATGAAATCGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114845 ATTCTCCAACCTTCTTTATGTCAGGGTG...CAGAGCATGAAATCGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGAGTTATCTGGCTCATAACCTCTGTGAGATTGATAAATATCGTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115031 TGAGTTATCTGGCTCATAACCTCTGTGAGATTGATAAATATCGTGTAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACGTGCTGTGTAATTG         GCAATTATTACAGTTTACGTTCTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115081 ACGTGCTGTGTAATTGGTA...CAGGCAATTATTACAGTTTACGTTCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCATGAGAAAGCAGCCTTATATTTCCAGAGAGCCCTGAAATTAAATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120663 GCATGAGAAAGCAGCCTTATATTTCCAGAGAGCCCTGAAATTAAATCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGTATCTTGGTGCCTGGACACTAATGGGACATGAGTACATGGAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120713 GGTATCTTGGTGCCTGGACACTAATGGGACATGAGTACATGGAGATGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACACGTCTGCTGCTATCCAGGCTTATAG         ACATGCCATTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120763 AACACGTCTGCTGCTATCCAGGCTTATAGGTG...TAGACATGCCATTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTCAACAAACGGGACTACAGAGCTTGGTATGGCCTCGGGCAGACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120919 GGTCAACAAACGGGACTACAGAGCTTGGTATGGCCTCGGGCAGACCTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAATCCTTAAGATGCCATTTTACTGCCTTTATTATTATAGACGGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120969 AAATCCTTAAGATGCCATTTTACTGCCTTTATTATTATAGACGGGCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGCTTCG         ACCCAATGATTCTCGCATGCTGGTTGCTTTAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121019 CAGCTTCGGTA...CAGACCCAATGATTCTCGCATGCTGGTTGCTTTAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAATGTTACGAGAAACTCAATCAACTAGTGGAAGCCAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 121391 AGAATGTTACGAGAAACTCAATCAACTAGTGGAAGCCAAAAAGGTA...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345   TGTTATTGGAGAGCTTACGCCGTGGGAGATGTGGAGAAAATGGCTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121758 AGTGTTATTGGAGAGCTTACGCCGTGGGAGATGTGGAGAAAATGGCTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTGAAACTGGCAAA         GCTTCATGAACAGTTGACTGAGTCAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121808 GTGAAACTGGCAAAGTG...TAGGCTTCATGAACAGTTGACTGAGTCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACAGGCTGCCCAGTGTTACATCAAATATATCCAAGATATCTATTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123416 ACAGGCTGCCCAGTGTTACATCAAATATATCCAAGATATCTATTCCTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GG         GAAATAGTAGAACACTTGGAGGAAAGCACTGCCTTTCGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123466 GGGTA...TAGGAAATAGTAGAACACTTGGAGGAAAGCACTGCCTTTCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TATCTGGCCCAGTACTATTTTAAGTGCAAACTGTGGGATGAAGCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123582 TATCTGGCCCAGTACTATTTTAAGTGCAAACTGTGGGATGAAGCTTCAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TTGTGCACAAAAGTGTTGTGCATTTAATGAT         ACCCGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123632 TTGTGCACAAAAGTGTTGTGCATTTAATGATGTG...CAGACCCGGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AAGGTAAGGCCTTACTCCGGCAAATCCTACAGCTTCGGAACCAAGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124157 AAGGTAAGGCCTTACTCCGGCAAATCCTACAGCTTCGGAACCAAGGCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 ACTCCTACCACCGAGGTGCCTGCTCCCTTTTTCCTACCTGCTTCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124207 ACTCCTACCACCGAGGTGCCTGCTCCCTTTTTCCTACCTGCTTCACTCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGCTAACAATACCCCCACACGCAGAGTTTCTCCACTCAACTTGTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124257 TGCTAACAATACCCCCACACGCAGAGTTTCTCCACTCAACTTGTCTTCTG

   1900     .
   1766 TCACGCCA
        ||||||||
 124307 TCACGCCA