seq1 = pF1KE1545.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KE1545/gi568815595f_186684429.tfa (gi568815595f:186684429_186889266), 204838 bp

>pF1KE1545 1221
>gi568815595f:186684429_186889266 (Chr3)

1-29  (99183-99211)   100% ->
30-75  (100004-100049)   100% ->
76-208  (100136-100268)   100% ->
209-348  (100534-100673)   100% ->
349-517  (101455-101623)   100% ->
518-627  (101736-101845)   100% ->
628-771  (102074-102217)   100% ->
772-909  (102699-102836)   100% ->
910-999  (103067-103156)   100% ->
1000-1079  (103375-103454)   100% ->
1080-1221  (104697-104838)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGTGGCTCCGCGGATTATAACAG         AGAACATGGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  99183 ATGTCTGGTGGCTCCGCGGATTATAACAGGTA...CAGAGAACATGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCAGAGGGAATGGACCCCGATGGTGTCATCGAG         AGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100016 CCCAGAGGGAATGGACCCCGATGGTGTCATCGAGGTA...CAGAGCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GGAATGAGATTGTTGATAACTTTGATGATATGAATTTAAAGGAGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100143 GGAATGAGATTGTTGATAACTTTGATGATATGAATTTAAAGGAGTCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTCGTGGCATCTATGCTTACGGTTTTGAGAAGCCTTCCGCTATTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100193 CTTCGTGGCATCTATGCTTACGGTTTTGAGAAGCCTTCCGCTATTCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGAGCTATTATTCCCTGTATTAAAG         GGTATGATGTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100243 GAGAGCTATTATTCCCTGTATTAAAGGTA...TAGGGTATGATGTGATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTCAAGCTCAGTCAGGTACTGGCAAGACAGCCACATTTGCTATTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 CTCAAGCTCAGTCAGGTACTGGCAAGACAGCCACATTTGCTATTTCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCAACAGTTGGAGATTGAGTTCAAGGAGACCCAAGCACTAGTATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 CTGCAACAGTTGGAGATTGAGTTCAAGGAGACCCAAGCACTAGTATTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCCACCAGAGAACTGGCTCAACAG         ATCCAAAAGGTAATTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100649 CCCCACCAGAGAACTGGCTCAACAGGTA...TAGATCCAAAAGGTAATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGCACTTGGAGACTATATGGGAGCCACTTGTCATGCCTGCATTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101471 TGGCACTTGGAGACTATATGGGAGCCACTTGTCATGCCTGCATTGGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACAAATGTTCGAAATGAAATGCAAAAACTGCAGGCTGAAGCACCACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101521 ACAAATGTTCGAAATGAAATGCAAAAACTGCAGGCTGAAGCACCACATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTTGTTGGTACACCCGGGAGAGTGTTTGATATGTTAAACAGAAGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101571 TGTTGTTGGTACACCCGGGAGAGTGTTTGATATGTTAAACAGAAGATACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTT         CTCCAAAATGGATCAAAATGTTTGTTTTGGATGAAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101621 TTTGTA...CAGCTCCAAAATGGATCAAAATGTTTGTTTTGGATGAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGAAATGTTGAGCCGTGGTTTTAAGGATCAAATCTATGAGATTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 GATGAAATGTTGAGCCGTGGTTTTAAGGATCAAATCTATGAGATTTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAACTAAACACAAGTATTCAG         GTTGTGTTGCTTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101824 AAAACTAAACACAAGTATTCAGGTA...AAGGTTGTGTTGCTTTCTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAATGCCAACTGATGTGTTGGAAGTGACCAAAAAATTCATGAGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102093 CAATGCCAACTGATGTGTTGGAAGTGACCAAAAAATTCATGAGAGATCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTCGAATTCTGGTGAAAAAGGAAGAATTGACCCTTGAAGGAATCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102143 ATTCGAATTCTGGTGAAAAAGGAAGAATTGACCCTTGAAGGAATCAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTTTATATTAATGTTGAGAGAGAG         GAATGGAAGTTGGATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102193 GTTTTATATTAATGTTGAGAGAGAGGTA...CAGGAATGGAAGTTGGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACTTTGTGACTTGTACGAGACACTGACCATTACACAGGCTGTTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102715 CACTTTGTGACTTGTACGAGACACTGACCATTACACAGGCTGTTATTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCAATACGAGGCGCAAGGTGGACTGGCTGACTGAGAAGATGCATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102765 CTCAATACGAGGCGCAAGGTGGACTGGCTGACTGAGAAGATGCATGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGACTTCACAGTTTCTGCTCTG         CATGGTGACATGGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102815 AGACTTCACAGTTTCTGCTCTGGTA...CAGCATGGTGACATGGACCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGAGAGAGATGTTATCATGAGGGAATTCCGGTCAGGGTCAAGTCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103086 AGGAGAGAGATGTTATCATGAGGGAATTCCGGTCAGGGTCAAGTCGTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGATCACTACTGACTTGTTG         GCTCGCGGGATTGATGTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103136 CTGATCACTACTGACTTGTTGGTA...CAGGCTCGCGGGATTGATGTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAAGTGTCTTTGGTTATAAATTATGATCTACCTACCAATCGTGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103395 ACAAGTGTCTTTGGTTATAAATTATGATCTACCTACCAATCGTGAAAACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATATTCACAG         AATTGGCAGAGGGGGTCGATTTGGGAGGAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 ATATTCACAGGTG...CAGAATTGGCAGAGGGGGTCGATTTGGGAGGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGTGTGGCTATAAACTTTGTTACTGAAGAAGACAAGAGGATTCTTCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 GGTGTGGCTATAAACTTTGTTACTGAAGAAGACAAGAGGATTCTTCGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATTGAGACTTTCTACAATACTACAGTGGAGGAGATGCCCATGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 CATTGAGACTTTCTACAATACTACAGTGGAGGAGATGCCCATGAATGTGG

   1300     .    :
   1211 CTGACCTTATT
        |||||||||||
 104828 CTGACCTTATT