seq1 = pF1KE1544.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KE1544/gi568815582f_14544347.tfa (gi568815582f:14544347_14767824), 223478 bp

>pF1KE1544 1350
>gi568815582f:14544347_14767824 (Chr16)

1-263  (100001-100263)   100% ->
264-468  (104042-104246)   100% ->
469-638  (105458-105627)   100% ->
639-783  (110720-110864)   100% ->
784-957  (117546-117719)   100% ->
958-1160  (120523-120725)   100% ->
1161-1350  (123289-123478)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAACCTCAGAAAAGCTATGTGAACACAATGGACCTTGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAACCTCAGAAAAGCTATGTGAACACAATGGACCTTGAGAGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAACCTCTCAAAAGCACCGGCCCTCAGATTTCTGTTAGTGAATTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAACCTCTCAAAAGCACCGGCCCTCAGATTTCTGTTAGTGAATTTTCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACTGCTGCTACGACATCCTGGTTAACCCCACCACCTTGAACTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACTGCTGCTACGACATCCTGGTTAACCCCACCACCTTGAACTGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGCTTCTGCCGTCACTGCCTTGCTTTATGGTGGGCATCTTCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAGCTTCTGCCGTCACTGCCTTGCTTTATGGTGGGCATCTTCAAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACAGAATGTCCAGAATGCAGAGAAAAATGGGAAGGTTTCCCCAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACAGAATGTCCAGAATGCAGAGAAAAATGGGAAGGTTTCCCCAAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTATTCTCCTCAG         GGATGCCATTGAAAAGTTATTTCCTGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTATTCTCCTCAGGTA...TAGGGATGCCATTGAAAAGTTATTTCCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCATTAGACTGAGATTTGAAGACATTCAGCAGAATAATGACATAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 GCCATTAGACTGAGATTTGAAGACATTCAGCAGAATAATGACATAGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGTCTTGCAGCCTTTCAGAAATATGGGAATGATCAGATTCCTTTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 AAGTCTTGCAGCCTTTCAGAAATATGGGAATGATCAGATTCCTTTAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTAACACAGGCCGAGCGAATCAGCAGATGGGAGGGGGATTCTTTTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104170 CTAACACAGGCCGAGCGAATCAGCAGATGGGAGGGGGATTCTTTTCCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCTCACAGCTTTAACTGGAGTGGCA         GTGGTCCTGCTCGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104220 GTGCTCACAGCTTTAACTGGAGTGGCAGTA...CAGGTGGTCCTGCTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTATCACTGGAGCAGCAGGGAATCTGAACACGACCTCCTGGTCCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105472 CTATCACTGGAGCAGCAGGGAATCTGAACACGACCTCCTGGTCCACAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGTGGCCAAATGGACGGCGGAAGAAGTTGTCCTCTGGCTGGAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105522 CTGTGGCCAAATGGACGGCGGAAGAAGTTGTCCTCTGGCTGGAGCAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCCCTTGGGCATCTCTTTACAGGGAAAGGTTTTTATCTGAACGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105572 GGCCCTTGGGCATCTCTTTACAGGGAAAGGTTTTTATCTGAACGAGTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGAAG         GTTGCTTTTAACTTTGACAGAGGAAGAATTTTCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105622 TGGAAGGTG...CAGGTTGCTTTTAACTTTGACAGAGGAAGAATTTTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGACGCCCTATACCATAGAAAACAGCAGCCACAGGAGAGCCATCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110755 AGACGCCCTATACCATAGAAAACAGCAGCCACAGGAGAGCCATCCTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCTAGAACGTGTCAAAGCATTAGGCGTGAAGCCCCCCCAGAATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110805 GAGCTAGAACGTGTCAAAGCATTAGGCGTGAAGCCCCCCCAGAATCTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAATATAAG         GCTGTGAACCCAGGCAGGTCCCTGTTCCTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110855 GGAATATAAGGTG...CAGGCTGTGAACCCAGGCAGGTCCCTGTTCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TATACGCCCTCAAGAGCTCCCCCAGGCTGAGTCTGCTCTACCTGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117577 TATACGCCCTCAAGAGCTCCCCCAGGCTGAGTCTGCTCTACCTGTACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGACTACACCGACACCTTCCTACCTTTCATCCACACCATCTGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117627 TTTGACTACACCGACACCTTCCTACCTTTCATCCACACCATCTGCCCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCAAGAAGACAGCTCTGGGGAGGACATCGTCACCAAGCTTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117677 GCAAGAAGACAGCTCTGGGGAGGACATCGTCACCAAGCTTCTGGTA...A

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958   GATCTTAAGGAGCCTACGTGGAAGCAGTGGAGAGAGTTCCTGGTCAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120521 AGGATCTTAAGGAGCCTACGTGGAAGCAGTGGAGAGAGTTCCTGGTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TACTCCTTCCTTCCATACCAGCTGATTGCTGAGTTTGCTTGGGACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120571 TACTCCTTCCTTCCATACCAGCTGATTGCTGAGTTTGCTTGGGACTGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAGGTCCATTACTGGACATCACGGTTTCTCATCATCAATGCTATGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120621 GGAGGTCCATTACTGGACATCACGGTTTCTCATCATCAATGCTATGTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCTCAGTTCTGGAATTATTCTCCTTTTGGAGAATCTGGTCGAGAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120671 TCTCAGTTCTGGAATTATTCTCCTTTTGGAGAATCTGGTCGAGAAGTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CTGAA         GACCGTGCCTCAGAGGATGTGGAGCCATTTCTGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120721 CTGAAGTA...CAGGACCGTGCCTCAGAGGATGTGGAGCCATTTCTGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGTATCAACGCAGGGGCTTTTTGTGGCCATGTTCTGGCCCCTCATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123325 AGTATCAACGCAGGGGCTTTTTGTGGCCATGTTCTGGCCCCTCATCCCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGTTTGTTTGCAACTGTTTGTTTTACTGGGCCCTGTACTTTAACCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123375 AGTTTGTTTGCAACTGTTTGTTTTACTGGGCCCTGTACTTTAACCCAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATTAACATTGATCTTGTGGTCAAGGAACTCCGGCGGCTGGAAACCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123425 ATTAACATTGATCTTGTGGTCAAGGAACTCCGGCGGCTGGAAACCCAGGT

   1400 
   1347 GTTG
        ||||
 123475 GTTG