seq1 = pF1KE1542.tfa, 588 bp
seq2 = pF1KE1542/gi568815597f_192475832.tfa (gi568815597f:192475832_192679319), 203488 bp

>pF1KE1542 588
>gi568815597f:192475832_192679319 (Chr1)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-179  (100454-100534)   100% ->
180-241  (100943-101004)   100% ->
242-405  (102391-102554)   100% ->
406-588  (103306-103488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGAATGTTCTTCTCTGCTAACCCAAAGGAATTGAAAGGAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGGAATGTTCTTCTCTGCTAACCCAAAGGAATTGAAAGGAACCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCATTCACTTCTAGACGACAAAATGCAAAAAAGGAGGCCAAAGACTTT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 TCATTCACTTCTAGACGACAAAATGCAAAAAAGGAGGCCAAAGACTTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        TGGAATGGATATGAAAGCATACCTGAGATCTATGATCCCACAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 A...TAGTGGAATGGATATGAAAGCATACCTGAGATCTATGATCCCACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGAATCTGGAATGAAATCTTCCAAGTCCAAGGATGT         ACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100497 CTGGAATCTGGAATGAAATCTTCCAAGTCCAAGGATGTGTA...CAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCTGCTGCTGAAGTAATGCAATGGTCTCAATCTCTGGAAAAACTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 TTCTGCTGCTGAAGTAATGCAATGGTCTCAATCTCTGGAAAAACTTCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAACCAAA         CTGGTCAAAATGTCTTTGGAAGTTTCCTAAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 CCAACCAAAGTA...TAGCTGGTCAAAATGTCTTTGGAAGTTTCCTAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCTGAATTCAGTGAGGAGAATATTGAGTTCTGGCTGGCTTGTGAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102423 TCTGAATTCAGTGAGGAGAATATTGAGTTCTGGCTGGCTTGTGAAGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAAGAAAACAGAGTCTGATCTTTTGCCCTGTAAAGCAGAAGAGATATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102473 TAAGAAAACAGAGTCTGATCTTTTGCCCTGTAAAGCAGAAGAGATATATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCATTTGTGCATTCAGATGCTGCTAAACAA         ATCAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102523 AAGCATTTGTGCATTCAGATGCTGCTAAACAAGTG...TAGATCAATATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTTCCGCACTCGAGAATCTACAGCCAAGAAGATTAAAGCACCAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 GACTTCCGCACTCGAGAATCTACAGCCAAGAAGATTAAAGCACCAACCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACGTGTTTTGATGAAGCACAAAAAGTCATATATACTCTTATGGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 CACGTGTTTTGATGAAGCACAAAAAGTCATATATACTCTTATGGAAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTCTTATCCCAGGTTCCTCAAATCAGATATTTACTTAAATCTTCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103415 ACTCTTATCCCAGGTTCCTCAAATCAGATATTTACTTAAATCTTCTAAAT

    600     .    :    .    :
    565 GACCTGCAGGCTAATAGCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||
 103465 GACCTGCAGGCTAATAGCCTAAAG