seq1 = pF1KE1530.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KE1530/gi568815580f_12208293.tfa (gi568815580f:12208293_12426127), 217835 bp

>pF1KE1530 1338
>gi568815580f:12208293_12426127 (Chr18)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-166  (100395-100503)   100% ->
167-277  (102651-102761)   100% ->
278-1338  (116775-117835)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGGAACCAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGAGATCGTGCACATCCAGGCGGGCCAGTGCGGGAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAAG         TTTTGGGAAGTGATCAGCGATGAGCACGGCATCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAAGGTG...AAGTTTTGGGAAGTGATCAGCGATGAGCACGGCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCCGGCCGGAGGCTACGTGGGAGACTCGGCGCTGCAGCTGGAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 ACCCGGCCGGAGGCTACGTGGGAGACTCGGCGCTGCAGCTGGAGAGAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTCTACTACAATGAGTCATCGT         CTCAGAAATATGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100479 AACGTCTACTACAATGAGTCATCGTGTG...CAGCTCAGAAATATGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGGCCGCCCTGGTGGACTTAGAGCCAGGCACCATGGACAGCGTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102667 CAGGGCCGCCCTGGTGGACTTAGAGCCAGGCACCATGGACAGCGTGCGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGGCCTTTTGGGCAGCTTTTCCGGCCTGACAACTTCATCTTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102717 CTGGGCCTTTTGGGCAGCTTTTCCGGCCTGACAACTTCATCTTTGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     GCCAGACGGGTGCAGGGAACAACTGGGCGAAAGGGCACTACACGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 .CAGGCCAGACGGGTGCAGGGAACAACTGGGCGAAAGGGCACTACACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGGCGCGGAGCTGGTGGACGCAGTGCTGGACGTGGTGCGGAAGGAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116821 GGGCGCGGAGCTGGTGGACGCAGTGCTGGACGTGGTGCGGAAGGAGTGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCACTGCGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGCTCACGCACTCGCTGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116871 AGCACTGCGACTGCCTGCAGGGCTTCCAGCTCACGCACTCGCTGGGCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACGGGCTCAGGCATGGGCACGCTGCTCATCAGCAAGATCCGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116921 GGCACGGGCTCAGGCATGGGCACGCTGCTCATCAGCAAGATCCGTGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTCCCGGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCGCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116971 GTTCCCGGACCGCATCATGAACACCTTCAGCGTCATGCCCTCGCCCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTCGGACACGGTGGTGGAGCCCTACAATGCCACACTGTCGGTGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117021 TGTCGGACACGGTGGTGGAGCCCTACAATGCCACACTGTCGGTGCACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGTGGAGAATACAGACGAGACCTACTGCATCGACAACGAGGCGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117071 CTGGTGGAGAATACAGACGAGACCTACTGCATCGACAACGAGGCGCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGACATCTGCTTCCGCACTCTGAAGCTGACAACGCCCACCTACGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117121 TGACATCTGCTTCCGCACTCTGAAGCTGACAACGCCCACCTACGGGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAACCACCTGGTGTCCGCCACCATGAGTGGGGTCACCACCTCGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117171 TCAACCACCTGGTGTCCGCCACCATGAGTGGGGTCACCACCTCGCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTCCCGGGCCAGCTCAATGCTGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117221 TTCCCGGGCCAGCTCAATGCTGACCTGCGCAAGCTGGCGGTGAACATGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCCTTCCCGCGCCTGCACTTCTTCATGCCTGGCTTCGCGCCGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117271 GCCCTTCCCGCGCCTGCACTTCTTCATGCCTGGCTTCGCGCCGCTCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGCGGCAGCCAGCAGTACCGGGCCCTGACCGTGCCCGAGCTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117321 GCCGCGGCAGCCAGCAGTACCGGGCCCTGACCGTGCCCGAGCTCACCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGATGTTCGACGCCAGGAACATGATGGCCGCCTGCGATCCGCGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117371 CAGATGTTCGACGCCAGGAACATGATGGCCGCCTGCGATCCGCGCCATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCGCTACCTGACCGTGGCCACCGTGTTCCGCGGGCCCATGTCCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117421 CCGCTACCTGACCGTGGCCACCGTGTTCCGCGGGCCCATGTCCATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGTGGACGAGCAGATGCTGGCCATCCAGAGTAAGAACAGCAGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117471 AGGTGGACGAGCAGATGCTGGCCATCCAGAGTAAGAACAGCAGCTACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGGAGTGGATTCCCAACAACGTGAAGGTGGCCGTGTGCGACATCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117521 GTGGAGTGGATTCCCAACAACGTGAAGGTGGCCGTGTGCGACATCCCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCGCGGCCTGAAGATGGCCTCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117571 CCGCGGCCTGAAGATGGCCTCCACCTTCATCGGCAACAGCACGGCCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCTCAGCCATGTTCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117621 AGGAGCTGTTCAAGCGCATCTCCGAGCAGTTCTCAGCCATGTTCCGGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGGCCTTCCTGCACTGGTTCACGGGTGAGGGCATGGATGAAATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117671 AAGGCCTTCCTGCACTGGTTCACGGGTGAGGGCATGGATGAAATGGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCGAGGCGGAGAGCAACATGAACGACCTGGTATCCGAGTACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117721 CACCGAGGCGGAGAGCAACATGAACGACCTGGTATCCGAGTACCAGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACCAGGATGCCACCGCCAATGACGGGGAGGAAGCTTTTGAGGATGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117771 ACCAGGATGCCACCGCCAATGACGGGGAGGAAGCTTTTGAGGATGAGGAA

   1350     .    :    .
   1324 GAGGAGATCGATGGA
        |||||||||||||||
 117821 GAGGAGATCGATGGA