seq1 = pF1KE1511.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE1511/gi568815592f_131473283.tfa (gi568815592f:131473283_131683905), 210623 bp

>pF1KE1511 966
>gi568815592f:131473283_131683905 (Chr6)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-130  (103381-103453)   100% ->
131-305  (105829-106003)   100% ->
306-465  (107937-108096)   100% ->
466-560  (109339-109433)   100% ->
561-665  (109778-109882)   100% ->
666-802  (110073-110209)   100% ->
803-966  (110460-110623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCCAAGTCCAGAACCATAGGGATTATTGGAGCTCCTTTCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCCAAGTCCAGAACCATAGGGATTATTGGAGCTCCTTTCTCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGACAG         CCACGAGGAGGGGTGGAAGAAGGCCCTACAGTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGACAGGTA...CAGCCACGAGGAGGGGTGGAAGAAGGCCCTACAGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGAAAGGCTGGTCTGCTTGAGAAACTTAAAGAACAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103415 TGAGAAAGGCTGGTCTGCTTGAGAAACTTAAAGAACAAGGTA...TAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTGATGTGAAGGATTATGGGGACCTGCCCTTTGCTGACATCCCTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105831 TGTGATGTGAAGGATTATGGGGACCTGCCCTTTGCTGACATCCCTAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGTCCCTTTCAAATTGTGAAGAATCCAAGGTCTGTGGGAAAAGCAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105881 CAGTCCCTTTCAAATTGTGAAGAATCCAAGGTCTGTGGGAAAAGCAAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAGCTGGCTGGCAAGGTGGCAGAAGTCAAGAAGAACGGAAGAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105931 AGCAGCTGGCTGGCAAGGTGGCAGAAGTCAAGAAGAACGGAAGAATCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGTGCTGGGCGGAGACCACAG         TTTGGCAATTGGAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105981 CTGGTGCTGGGCGGAGACCACAGGTC...AAGTTTGGCAATTGGAAGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTCTGGCCATGCCAGGGTCCACCCTGATCTTGGAGTCATCTGGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107955 CTCTGGCCATGCCAGGGTCCACCCTGATCTTGGAGTCATCTGGGTGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCACACTGATATCAACACTCCACTGACAACCACAAGTGGAAACTTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108005 CTCACACTGATATCAACACTCCACTGACAACCACAAGTGGAAACTTGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGACAACCTGTATCTTTCCTCCTGAAGGAACTAAAAGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108055 GGACAACCTGTATCTTTCCTCCTGAAGGAACTAAAAGGAAAGGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  ATTCCCGATGTGCCAGGATTCTCCTGGGTGACTCCCTGTATATCTGCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109338 GATTCCCGATGTGCCAGGATTCTCCTGGGTGACTCCCTGTATATCTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGATATTGTGTATATTGGCTTGAGAGACGTGGACCCTGGGGAACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109388 AGGATATTGTGTATATTGGCTTGAGAGACGTGGACCCTGGGGAACAGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      CTACATTTTGAAAACTCTAGGCATTAAATACTTTTCAATGACTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 ..TAGCTACATTTTGAAAACTCTAGGCATTAAATACTTTTCAATGACTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTGGACAGACTAGGAATTGGCAAGGTGATGGAAGAAACACTCAGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109823 AGTGGACAGACTAGGAATTGGCAAGGTGATGGAAGAAACACTCAGCTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACTAGGAAG         AAAGAAAAGGCCAATTCATCTAAGTTTTGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109873 TACTAGGAAGGTA...AAGAAAGAAAAGGCCAATTCATCTAAGTTTTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTGACGGACTGGACCCATCTTTCACACCAGCTACTGGCACACCAGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110104 GTTGACGGACTGGACCCATCTTTCACACCAGCTACTGGCACACCAGTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGAGGTCTGACATACAGAGAAGGTCTCTACATCACAGAAGAAATCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110154 GGGAGGTCTGACATACAGAGAAGGTCTCTACATCACAGAAGAAATCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACAG         GGCTACTCTCAGGATTAGATATAATGGAAGTGAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110204 AAACAGGTA...TAGGGCTACTCTCAGGATTAGATATAATGGAAGTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCATCCCTGGGGAAGACACCAGAAGAAGTAACTCGAACAGTGAACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110495 CCATCCCTGGGGAAGACACCAGAAGAAGTAACTCGAACAGTGAACACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTTGCAATAACCTTGGCTTGTTTCGGACTTGCTCGGGAGGGTAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110545 AGTTGCAATAACCTTGGCTTGTTTCGGACTTGCTCGGGAGGGTAATCACA

   1000     .    :    .    :    .
    938 AGCCTATTGACTACCTTAACCCACCTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 110595 AGCCTATTGACTACCTTAACCCACCTAAG