seq1 = pF1KE1501.tfa, 849 bp
seq2 = pF1KE1501/gi568815597f_2456665.tfa (gi568815597f:2456665_2663270), 206606 bp

>pF1KE1501 849
>gi568815597f:2456665_2663270 (Chr1)

1-69  (100001-100069)   98% ->
70-178  (101062-101170)   100% ->
179-304  (101679-101804)   100% ->
305-460  (103159-103314)   100% ->
461-551  (103960-104050)   100% ->
552-694  (105009-105151)   100% ->
695-726  (106201-106232)   100% ->
727-849  (106484-106606)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCTCCTGGAGACTGGGGGCCTCCTCCCTGGAGATCCACCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100001 ATGGAGCCTCCTGGAGACTGGGGGCCTCCTCCCTGGAGATCCACCCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCGACGTCTTGAGGCTG         GTGCTGTATCTCACCTTCCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 AACCGACGTCTTGAGGCTGGTG...TAGGTGCTGTATCTCACCTTCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGCCCCCTGCTACGCCCCAGCTCTGCCGTCCTGCAAGGAGGACGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101084 GAGCCCCCTGCTACGCCCCAGCTCTGCCGTCCTGCAAGGAGGACGAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGTGGGCTCCGAGTGCTGCCCCAAGTGCAGTCCAG         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101134 CCAGTGGGCTCCGAGTGCTGCCCCAAGTGCAGTCCAGGTA...CAGGTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCGTGTGAAGGAGGCCTGCGGGGAGCTGACGGGCACAGTGTGTGAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101683 TCGTGTGAAGGAGGCCTGCGGGGAGCTGACGGGCACAGTGTGTGAACCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCCTCCAGGCACCTACATTGCCCACCTCAATGGCCTAAGCAAGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101733 GCCCTCCAGGCACCTACATTGCCCACCTCAATGGCCTAAGCAAGTGTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTGCCAAATGTGTGACCCAG         CCATGGGCCTGCGCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101783 CAGTGCCAAATGTGTGACCCAGGTA...CAGCCATGGGCCTGCGCGCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGGAACTGCTCCAGGACAGAGAACGCCGTGTGTGGCTGCAGCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 CCGGAACTGCTCCAGGACAGAGAACGCCGTGTGTGGCTGCAGCCCAGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTCTGCATCGTCCAGGACGGGGACCACTGCGCCGCGTGCCGCGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103228 ACTTCTGCATCGTCCAGGACGGGGACCACTGCGCCGCGTGCCGCGCTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCACCTCCAGCCCGGGCCAGAGGGTGCAGAAGGGAG         GCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103278 GCCACCTCCAGCCCGGGCCAGAGGGTGCAGAAGGGAGGTA...CAGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAGAGTCAGGACACCCTGTGTCAGAACTGCCCCCCGGGGACCTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 CGAGAGTCAGGACACCCTGTGTCAGAACTGCCCCCCGGGGACCTTCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAATGGGACCCTGGAGGAATGTCAGCACCAGACCAA         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104014 CCAATGGGACCCTGGAGGAATGTCAGCACCAGACCAAGTA...CAGGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCTGGCTGGTGACGAAGGCCGGAGCTGGGACCAGCAGCTCCCACTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105013 AGCTGGCTGGTGACGAAGGCCGGAGCTGGGACCAGCAGCTCCCACTGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATGGTGGTTTCTCTCAGGGAGCCTCGTCATCGTCATTGTTTGCTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105063 ATGGTGGTTTCTCTCAGGGAGCCTCGTCATCGTCATTGTTTGCTCCACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGCCTAATCATATGTGTGAAAAGAAGAAAGCCAAGGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105113 TTGGCCTAATCATATGTGTGAAAAGAAGAAAGCCAAGGGGTG...CAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATGTAGTCAAGGTGATCGTCTCCGTCCAG         CGGAAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106203 GATGTAGTCAAGGTGATCGTCTCCGTCCAGGTA...CAGCGGAAAAGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGGCAGAAGGTGAGGCCACAGTCATTGAGGCCCTGCAGGCCCCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106495 GGAGGCAGAAGGTGAGGCCACAGTCATTGAGGCCCTGCAGGCCCCTCCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGTCACCACGGTGGCCGTGGAGGAGACAATACCCTCATTCACGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106545 ACGTCACCACGGTGGCCGTGGAGGAGACAATACCCTCATTCACGGGGAGG

    900     .    :
    838 AGCCCAAACCAC
        ||||||||||||
 106595 AGCCCAAACCAC