seq1 = pF1KE1500.tfa, 2301 bp
seq2 = pF1KE1500/gi568815589r_124780533.tfa (gi568815589r:124780533_125038711), 258179 bp

>pF1KE1500 2301
>gi568815589r:124780533_125038711 (Chr9)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-226  (107306-107396)   100% ->
227-301  (109422-109496)   100% ->
302-399  (110427-110524)   100% ->
400-432  (111971-112003)   100% ->
433-561  (115489-115617)   100% ->
562-731  (116820-116989)   100% ->
732-843  (117472-117583)   100% ->
844-969  (126686-126811)   99% ->
970-1065  (130240-130335)   100% ->
1066-1161  (138165-138260)   100% ->
1162-1311  (139234-139383)   98% ->
1312-1407  (140068-140163)   100% ->
1408-1497  (148234-148323)   100% ->
1498-1600  (149176-149278)   100% ->
1601-1761  (149409-149569)   100% ->
1762-1905  (150316-150459)   100% ->
1906-1965  (156143-156202)   100% ->
1966-2136  (156758-156928)   100% ->
2137-2223  (157455-157541)   98% ->
2224-2301  (158102-158179)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGCAAAACTGAAGAAGAAAATTGCAGAAGAGACTGCTGTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGCAAAACTGAAGAAGAAAATTGCAGAAGAGACTGCTGTTGCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGCCAGGAGGTGCTACTAGGATCCCACGGTCTGTGAGCAAGGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGCCAGGAGGTGCTACTAGGATCCCACGGTCTGTGAGCAAGGAATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCCTCAATGGGAGCTGACTCAGGAGATGACTTT         GCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 TTGCCTCAATGGGAGCTGACTCAGGAGATGACTTTGTA...CAGGCTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGAAGCAGCTCCAGAGAAGATCTTTCATCCCAGCTTCTGAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 GATGGAAGCAGCTCCAGAGAAGATCTTTCATCCCAGCTTCTGAGAAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACAGATACGGAAGTTAGAGGCCAGACTTTCTG         ACTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107362 TGAACAGATACGGAAGTTAGAGGCCAGACTTTCTGGTA...AAGACTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAACAGGTCCGAAACTTGCAGAAGATAAAAGAGAAGCTTGAAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109428 CTGAACAGGTCCGAAACTTGCAGAAGATAAAAGAGAAGCTTGAAATTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAGAAAAACACCAGGATT         CTTCCATGCGGAAATTTCAAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109478 TTAGAAAAACACCAGGATTGTA...CAGCTTCCATGCGGAAATTTCAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAGAATGAGACATTCCAAGCCAACAGAGCCAAAATGGCAGAAGGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110449 GCAGAATGAGACATTCCAAGCCAACAGAGCCAAAATGGCAGAAGGACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTTGGCATTAGCCAGAAAGGACCAG         GAATGGTCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110499 CTTTGGCATTAGCCAGAAAGGACCAGGTA...TAGGAATGGTCAGAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGATCAGCTTGAAAAG         GAGAAAAATATTCTGACAGCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111986 ATGGATCAGCTTGAAAAGGTT...TAGGAGAAAAATATTCTGACAGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTTACAGGAAATGAAGAACCAGAGTATGAATCTTTTCCAAAGGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115512 GTTACAGGAAATGAAGAACCAGAGTATGAATCTTTTCCAAAGGAGAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAATGGATGAATTAGAGGGGTTCCAGCAGCAGGAACTAAGTAAAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115562 AAATGGATGAATTAGAGGGGTTCCAGCAGCAGGAACTAAGTAAAATAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACATG         CTTTTAAAAAAAGAAGAAAGTCTAGGGAAAATGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115612 CACATGGTA...CAGCTTTTAAAAAAAGAAGAAAGTCTAGGGAAAATGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAAGAATTGGAGGCACGAACCAGAGAACTTAGTCGTACCCAGGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116855 ACAAGAATTGGAGGCACGAACCAGAGAACTTAGTCGTACCCAGGAGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGATGAACTCCAATCAGATGTCATCAGACTTAAGCCAGAAGCTAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116905 TGATGAACTCCAATCAGATGTCATCAGACTTAAGCCAGAAGCTAGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGCAGAGACACTACTCAACGCTGGAAGAGCAGAG         AGATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116955 TTGCAGAGACACTACTCAACGCTGGAAGAGCAGAGGTT...AAGAGATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGATAGCTTCAAAAACAGGTGCAGAAAGTAAGATCACAGCCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117478 TGTGATAGCTTCAAAAACAGGTGCAGAAAGTAAGATCACAGCCCTGGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAAGGAACAAGAGCTCCAAGCACTCATTCAGCAGCTTTCCATTGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117528 AAAAGGAACAAGAGCTCCAAGCACTCATTCAGCAGCTTTCCATTGATTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAAAAG         GTCACTGCTGAAACTCAAGAGAAAGAAGACGTTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117578 CAAAAGGTA...CAGGTCACTGCTGAAACTCAAGAGAAAGAAGACGTTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACACATTTGCAAGAGAAGGTTGCATCCTTGGAGAAGAGACTAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126721 CACACATTTGCAAGAGAAGGTTGCATCCTTGGAGAAGAGACTAGAACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACTTATCAGGAGAAGAACACGTGCAAGAACTCCTGAAAGAG         
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126771 ACTTATCAGGAGAAGAACACTTGCAAGAACTCCTGAAAGAGGTA...CAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAACACTTGCTGAGCAGAATTTGGAGGATACCAGACAACAGCTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130240 AAAACACTTGCTGAGCAGAATTTGGAGGATACCAGACAACAGCTCTTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCCAGAAGCAGCCAGGCTAAGGCCATTAACACCCTGGAGACTCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130290 AGCCAGAAGCAGCCAGGCTAAGGCCATTAACACCCTGGAGACTCGGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      GTGAGAGAACTGGAGCAGACCTTGCAGGCCTCTGAGGAGCAGCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130340 ..CAGGTGAGAGAACTGGAGCAGACCTTGCAGGCCTCTGAGGAGCAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAACAGAGCAAGGGCATTGTGGCTGCCCAGGAAACTCAGATACAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138210 CAACAGAGCAAGGGCATTGTGGCTGCCCAGGAAACTCAGATACAGGAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 C         GCTGCCGCCAACCAGGAGAGCAGCCATGTGCAGCAGCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138260 CGTA...CAGGCTGCCGCCAACCAGGAGAGCAGCCATGTGCAGCAGCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCCTTGCTCTGGAGCAGCAGTTTTTGGAGCGCACCCAGGCGCTAGAAGCC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 139274 CCCTTGCTCTGGAGCAGCAGTTCTTGGAGCGCACCCAGGCGCTAGAAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGATAGTGGCCCTGGAGAGAATGCGGGCAGCTGACCAGACCACCGCAGA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 139324 CAGATAGTGGCCCTGGAGAGAACGCGGGCAGCTGACCAGACCACCGCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCAAGGGATG         AGACAACTGGAGCAAGAAAATGCAGCCCTTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 139374 GCAAGGGATGGTG...CAGAGACAACTGGAGCAAGAAAATGCAGCCCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AAGAATGCAGGAATGAATATGAACGTTCTTTACAAAATCACCAATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140099 AAGAATGCAGGAATGAATATGAACGTTCTTTACAAAATCACCAATTTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTAAAGAAGCTGAAG         GAAGAATGGAGCCAAAGAGAAATTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140149 CTAAAGAAGCTGAAGGTA...TAGGAAGAATGGAGCCAAAGAGAAATTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GAGCGTGGCCATGGCTCAAGCCCTGGAGGAGGTGCGGAAGCAAAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148260 GAGCGTGGCCATGGCTCAAGCCCTGGAGGAGGTGCGGAAGCAAAGGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGTTCCAGCAACAG         GCAGCTAACCTGACAGCCATAATAGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 148310 AGTTCCAGCAACAGGTG...AAGGCAGCTAACCTGACAGCCATAATAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GAGAAGGAACAGAATCTGCGGGAAAAAACCGAAGTGCTTCTCCAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149203 GAGAAGGAACAGAATCTGCGGGAAAAAACCGAAGTGCTTCTCCAGAAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCAGGAGATTCTCCAGCTGGAGCGAG         GTCACAACTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 149253 GCAGGAGATTCTCCAGCTGGAGCGAGGTG...TAGGTCACAACTCTGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TGCTGCAGATACACCAGCTGCAGGCCGAGCTGGAGGCCCTGAGGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149424 TGCTGCAGATACACCAGCTGCAGGCCGAGCTGGAGGCCCTGAGGACCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAGGCGGAGGAGGCTGCAGTGGTCGCGGAGCAGGAGGACCTGCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149474 AAGGCGGAGGAGGCTGCAGTGGTCGCGGAGCAGGAGGACCTGCTGAGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GCGGGGCCCATTGCAGGCCGAAGCACTCTCAGTCAATGAGTCGCAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149524 GCGGGGCCCATTGCAGGCCGAAGCACTCTCAGTCAATGAGTCGCACGTA.

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762      GTGACCTCGAGGGCCATGCAGGACCCTGTGTTCCAGCTTCCAACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149574 ..TAGGTGACCTCGAGGGCCATGCAGGACCCTGTGTTCCAGCTTCCAACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GCAGGAAGAACACCAAATGGTGAGGTTGGGGCCATGGATCTCACACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150361 GCAGGAAGAACACCAAATGGTGAGGTTGGGGCCATGGATCTCACACAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ACAGAAGGAGAAACAGGACTTGGAGCAGCAACTTCTGGAGAAAAATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150411 ACAGAAGGAGAAACAGGACTTGGAGCAGCAACTTCTGGAGAAAAATAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906         ACCATAAAGCAGATGCAGCAGCGGATGCTGGAGCTCCGGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150461 TG...CAGACCATAAAGCAGATGCAGCAGCGGATGCTGGAGCTCCGGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 ACTCTGCAGAAGGAGCTG         AAAATCAGACCCGATAATGAGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 156185 ACTCTGCAGAAGGAGCTGGTG...CAGAAAATCAGACCCGATAATGAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CTTCGAAGTCCGGGAGAAACCTGGACCTGAGATGGCAAACATGGCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156781 CTTCGAAGTCCGGGAGAAACCTGGACCTGAGATGGCAAACATGGCGCCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CCGTCACGAATAACACTGACCTGACAGATGCCCGCGAGATCAACTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156831 CCGTCACGAATAACACTGACCTGACAGATGCCCGCGAGATCAACTTTGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 TACCTTAAACATGTGGTTTTAAAATTCATGTCTTGTCGCGAATCCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 156881 TACCTTAAACATGTGGTTTTAAAATTCATGTCTTGTCGCGAATCCGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2137        GCTTTTCATCTTATAAAAGCTGTGTCAGTGTTGCTGAACTTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156931 A...CAGGCTTTTCATCTTATAAAAGCTGTGTCAGTGTTGCTGAACTTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 CCCAAGAGGAGGAGAACATGCTCAAGGAAACTCTGGAGTATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||>>>...
 157498 CCCAAGAGGAGGAGAACATGCTCAAGGAAACTCTGGAATATAAGGTA...

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224    ATGTCATGGTTTGGGTCCAAACCAGCTCCCAAGGGCAGCATCCGGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158099 CAGATGTCATGGTTTGGGTCCAAACCAGCTCCCAAGGGCAGCATCCGGCC

   2450     .    :    .    :    .    :
   2271 GTCTATCTCAAACCCTCGGATACCATGGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 158149 GTCTATCTCAAACCCTCGGATACCATGGTCC