seq1 = pF1KE1484.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KE1484/gi568815580f_9413046.tfa (gi568815580f:9413046_9635934), 222889 bp

>pF1KE1484 1965
>gi568815580f:9413046_9635934 (Chr18)

1-244  (100001-100244)   100% ->
245-703  (103800-104258)   100% ->
704-1053  (109115-109464)   100% ->
1054-1215  (111549-111710)   100% ->
1216-1347  (112675-112806)   100% ->
1348-1455  (117789-117896)   100% ->
1456-1577  (120290-120411)   100% ->
1578-1701  (120658-120781)   100% ->
1702-1965  (122626-122889)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAGTGCTTCCTGCCCCCCACCAGCAGCCCCAGTGAACACCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAGTGCTTCCTGCCCCCCACCAGCAGCCCCAGTGAACACCGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGAGCATGGCAGCGGGCTTACCCGGACCCCCAGCTCTGAAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGAGCATGGCAGCGGGCTTACCCGGACCCCCAGCTCTGAAGAGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCTACTAAGTTTCCTGGATTGTACCGCACTGGCGAGCCCTCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCTACTAAGTTTCCTGGATTGTACCGCACTGGCGAGCCCTCACCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGACATCCTCCATGAGCCTCCTGATGTAGTGTCTGATGATGAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGACATCCTCCATGAGCCTCCTGATGTAGTGTCTGATGATGAGAAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCATGGGAAGAAAAAAGGGAAATTTAAGAAAAAGGAAAAGAGGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100201 TCATGGGAAGAAAAAAGGGAAATTTAAGAAAAAGGAAAAGAGGAGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245    CTGAAGGCTATGCAGCCTTTCAGGAAGATAGCTCTGGAGATGAGGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103797 CAGCTGAAGGCTATGCAGCCTTTCAGGAAGATAGCTCTGGAGATGAGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAGTCCTTCTAAAATGAAGAGGTCCAAGGGAATCCATGTTTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103847 GAAAGTCCTTCTAAAATGAAGAGGTCCAAGGGAATCCATGTTTTCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCAGCTTTTCTAAAAAGAAGGAAAAGGATTTTAAAATAAAAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103897 GCCCAGCTTTTCTAAAAAGAAGGAAAAGGATTTTAAAATAAAAGAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAAAGAAGAAAAGCATAAAGAAGAAAAGCACAAAGAAGAAAAACATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103947 CCAAAGAAGAAAAGCATAAAGAAGAAAAGCACAAAGAAGAAAAACATAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGAAGAAGTCAAAAGACTTGACAGCAGCTGATGTTGTTAAACAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103997 GAGAAGAAGTCAAAAGACTTGACAGCAGCTGATGTTGTTAAACAGTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAAAAGAAGAAAAAGAAAAAGCCAATTCAGGAGCCAGAGGTGCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104047 GGAAAAGAAGAAAAAGAAAAAGCCAATTCAGGAGCCAGAGGTGCCTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGATGTTCCAAATCTCAAACCCATTTTTGGAATTCCTTTGGCTGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104097 TTGATGTTCCAAATCTCAAACCCATTTTTGGAATTCCTTTGGCTGATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTAGAGAGGACCATGATGTATGATGGCATTCGGCTGCCAGCCGTTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104147 GTAGAGAGGACCATGATGTATGATGGCATTCGGCTGCCAGCCGTTTTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGAATGTATAGATTACGTAGAGAAGTATGGCATGAAGTGTGAAGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104197 TGAATGTATAGATTACGTAGAGAAGTATGGCATGAAGTGTGAAGGCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAGAGTATCAG         GAATTAAATCAAAGGTGGATGAGCTAAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104247 ACAGAGTATCAGGTA...AAGGAATTAAATCAAAGGTGGATGAGCTAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCAGCCTATGACCGGGAGGAGTCTACAAACTTGGAAGACTATGAGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109144 GCAGCCTATGACCGGGAGGAGTCTACAAACTTGGAAGACTATGAGCCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CACTGTAGCCAGTTTGCTGAAGCAGTATTTGCGAGACCTTCCAGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109194 CACTGTAGCCAGTTTGCTGAAGCAGTATTTGCGAGACCTTCCAGAGAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGCTTACCAAAGAGCTTATGCCCAGATTTGAAGAGGCTTGTGGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109244 TGCTTACCAAAGAGCTTATGCCCAGATTTGAAGAGGCTTGTGGGAGGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ACGGAGACTGAGAAAGTGCAGGAATTCCAGCGTTTACTCAAAGAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109294 ACGGAGACTGAGAAAGTGCAGGAATTCCAGCGTTTACTCAAAGAACTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGAATGTAACTATCTTCTGATTTCTTGGCTCATTGTGCACATGGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109344 AGAATGTAACTATCTTCTGATTTCTTGGCTCATTGTGCACATGGACCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCATTGCAAAGGAACTGGAAACAAAAATGAATATACAGAACATTTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109394 TCATTGCAAAGGAACTGGAAACAAAAATGAATATACAGAACATTTCTATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTGCTCAGCCCAACTGTGCAG         ATCAGCAATCGAGTCCTGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109444 GTGCTCAGCCCAACTGTGCAGGTA...TAGATCAGCAATCGAGTCCTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGTGTTTTTCACACATGTGCAAGAACTCTTTGGAAATGTGGTACTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111569 TGTGTTTTTCACACATGTGCAAGAACTCTTTGGAAATGTGGTACTAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGTGATGAAACCTCTGCGATGGTCTAACATGGCCACGATGCCCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111619 AAGTGATGAAACCTCTGCGATGGTCTAACATGGCCACGATGCCCACGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CCAGAGACCCAGGCGGGCATCAAGGAGGAGATCAGGAGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111669 CCAGAGACCCAGGCGGGCATCAAGGAGGAGATCAGGAGACAGGTG...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216  GAGTTTCTTTTGAATTGTTTACATCGAGATCTGCAGGGTGGGATAAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112674 GGAGTTTCTTTTGAATTGTTTACATCGAGATCTGCAGGGTGGGATAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ATTTGTCTAAAGAAGAAAGATTATGGGAAGTACAAAGAATTTTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112724 ATTTGTCTAAAGAAGAAAGATTATGGGAAGTACAAAGAATTTTGACAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTCAAAAGAAAACTGAGAGAAGCTAAAAGACAG         GAGTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112774 CTCAAAAGAAAACTGAGAGAAGCTAAAAGACAGGTG...CAGGAGTGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AACCAAGATTGCACAAGAGATAGCCAGTCTTTCAAAAGAGGATGTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117797 AACCAAGATTGCACAAGAGATAGCCAGTCTTTCAAAAGAGGATGTTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AAGAAGAGATGAATGAAAATGAAGAAGTTATAAATATTCTCCTTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117847 AAGAAGAGATGAATGAAAATGAAGAAGTTATAAATATTCTCCTTGCTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456          GAGAATGAGATCCTGACTGAACAGGAGGAGCTCCTGGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117897 GTA...CAGGAGAATGAGATCCTGACTGAACAGGAGGAGCTCCTGGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGAGCAGTTTCTGCGCCGGCAGATTGCCTCAGAAAAAGAAGAGATTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120331 GGAGCAGTTTCTGCGCCGGCAGATTGCCTCAGAAAAAGAAGAGATTGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GCCTCAGAGCTGAGATTGCTGAAATTCAGAG         TCGCCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120381 GCCTCAGAGCTGAGATTGCTGAAATTCAGAGGTA...CAGTCGCCAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CACGGCCGAAGTGAGACTGAGGAGTACTCCTCCGAGAGCGAGAGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120668 CACGGCCGAAGTGAGACTGAGGAGTACTCCTCCGAGAGCGAGAGCGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGAGGATGAGGAGGAGCTGCAGATCATTCTGGAAGACTTACAGAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120718 TGAGGATGAGGAGGAGCTGCAGATCATTCTGGAAGACTTACAGAGACAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACGAAGAGCTGGAA         ATAAAGAACAATCATTTGAATCAAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120768 ACGAAGAGCTGGAAGTG...AAGATAAAGAACAATCATTTGAATCAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ATTCATGAGGAGCGCGAGGCCATCATCGAGCTGCGCGTGCAGCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122653 ATTCATGAGGAGCGCGAGGCCATCATCGAGCTGCGCGTGCAGCTGCGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GCTCCAGATGCAGCGAGCCAAGGCCGAGCAGCAGGCGCAGGAGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122703 GCTCCAGATGCAGCGAGCCAAGGCCGAGCAGCAGGCGCAGGAGGACGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AGCCTGAGTGGCGCGGGGGTGCCGTCCAGCCGCCCAGAGACGGCGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122753 AGCCTGAGTGGCGCGGGGGTGCCGTCCAGCCGCCCAGAGACGGCGTCCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GAGCCAAAAGCAGCTAAAGAGCAGCCAAAGGCAGGCAAGGAGCCGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122803 GAGCCAAAAGCAGCTAAAGAGCAGCCAAAGGCAGGCAAGGAGCCGGCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1929 GCCATCGCCCAGCAGGGATAGGAAGGAGACGTCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122853 GCCATCGCCCAGCAGGGATAGGAAGGAGACGTCCATC