seq1 = pF1KE1483.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KE1483/gi568815586r_49129724.tfa (gi568815586r:49129724_49286834), 157111 bp

>pF1KE1483 1353
>gi568815586r:49129724_49286834 (Chr12)

(complement)

1-226  (100000-100224)   99% ->
227-375  (100377-100525)   100% ->
376-1353  (100845-101822)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAGCATGTGCCCCGGGCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAGCATGTGCCCCGGGCAGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTG         ATGAAGTTCGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100199 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGGTG...CAGATGAAGTTCGCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100442 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTGACCTCGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTG         GCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100492 CATTGACCTCGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTGGTA...TAGGCCGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 AGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100902 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 TGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAGCGTCCAACCTATACTAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101102 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAGCGTCCAACCTATACTAACCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATAGGTTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101152 ATAGGTTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101202 GATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101252 CTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101302 CTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101352 TGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 ATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCAGTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 TCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCAGTTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 GATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 TGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 TGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTTGACCTGATGTATGCCAAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 TTTGACCTGATGTATGCCAAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 GGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 TTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGGGT

   1350     .    :    .    :
   1333 GAGGAAGAAGGAGAGGAATAC
        |||||||||||||||||||||
 101802 GAGGAAGAAGGAGAGGAATAC