seq1 = pF1KE1483.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KE1483/gi568815586r_49027961.tfa (gi568815586r:49027961_49185012), 157052 bp

>pF1KE1483 1353
>gi568815586r:49027961_49185012 (Chr12)

(complement)

1-226  (55289-55513)   97% ->
227-375  (55623-55771)   97% ->
376-1353  (56075-57052)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55289 A GCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55338 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
  55388 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGACTCCTTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAGCATGTGCCCCGGGCAGTGTT
        |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
  55438 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGCGCTGGCAAGCACGTGCCCCGGGCTGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTG         ATGAAGTTCGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  55488 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGGTG...CAGATGAAGTTCGCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||
  55638 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAGCTCATCACAGGCAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  55688 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTGACCTCGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTG         GCCGACC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||
  55738 CATTGACCTTGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTGGTA...CAGGCTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA
        ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56082 AGTGCACCGGTCTTCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  56132 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCCCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||
  56182 TGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCCATTTACCCAGCACCCCAGGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56232 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56282 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAGCGTCCAACCTATACTAACCTGA
        |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
  56332 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATCGAGCGCCCAACCTACACTAACCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATAG GTTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATT
        |  |- ||| ||| -|| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  56382 ACCGCCTTATTAGC CAGATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732 TGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56431 TGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CCTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56481 CCTACCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 GCTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56531 GCTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 TTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56581 TTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 AATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56631 AATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 GTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCAGTTTGT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||
  56681 GTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAAACCAAGCGCAGCATCCAGTTTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032 GGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56731 GGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 CTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56781 CTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132 CTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56831 CTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182 GTTTGACCTGATGTATGCCAAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGGG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
  56881 GTTTGACCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTGGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232 AGGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||
  56931 AGGGGATGGAGGAAGGCGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAAGATATGGCTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 CTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  56981 CTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGGG

   1350     .    :    .    :
   1332 TGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC
        ||||||||||||||||||||||
  57031 TGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC