seq1 = pF1KE1474.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KE1474/gi568815595f_53746589.tfa (gi568815595f:53746589_53965305), 218717 bp

>pF1KE1474 1506
>gi568815595f:53746589_53965305 (Chr3)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-85  (102076-102100)   100% ->
86-226  (103067-103207)   99% ->
227-354  (105411-105538)   100% ->
355-481  (106283-106409)   100% ->
482-529  (108706-108753)   100% ->
530-672  (110256-110398)   100% ->
673-747  (111028-111102)   100% ->
748-847  (112131-112230)   100% ->
848-946  (113542-113640)   100% ->
947-1506  (118158-118717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCGTGCTGCTAAGCCTGGCCGCGCTGTGCAGGAGCGCCGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCTCGTGCTGCTAAGCCTGGCCGCGCTGTGCAGGAGCGCCGTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGAGAGCCG         ACCGTTCAATGTGGCTCTGAAACTG      
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CCGAGAGCCGGTA...CAGACCGTTCAATGTGGCTCTGAAACTGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     86    GGCCATCTCCAGAGTGGATGCTACAACATGATCTAATCCCGGGAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 103064 CAGGGCCATCTCCAGAGTGGATGCTACAACATGATCTAATCCCCGGAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGAGGGACCTCCGAGTAGAACCTGTTACAACTAGTGTTGCAACAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103114 TTGAGGGACCTCCGAGTAGAACCTGTTACAACTAGTGTTGCAACAGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTATTCAATTTTGATGAATGTAAGCTGGGTACTCCGGGCAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103164 CTATTCAATTTTGATGAATGTAAGCTGGGTACTCCGGGCAGATGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227    CCAGCATCCGCTTGTTGAAGGCCACCAAGATTTGTGTGACGGGCAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105408 CAGCCAGCATCCGCTTGTTGAAGGCCACCAAGATTTGTGTGACGGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCAACTTCCAGTCCTACAGCTGTGTGAGGTGCAATTACACAGAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105458 AGCAACTTCCAGTCCTACAGCTGTGTGAGGTGCAATTACACAGAGGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGACTCAGACCAGACCCTCTGGTGGTAAA         TGGACATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105508 CCAGACTCAGACCAGACCCTCTGGTGGTAAAGTA...CAGTGGACATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCTACATCGGCTTCCCTGTAGAGCTGAACACAGTCTATTTCATTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106293 CCTACATCGGCTTCCCTGTAGAGCTGAACACAGTCTATTTCATTGGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CATAATATTCCTAATGCAAATATGAATGAAGATGGCCCTTCCATGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106343 CATAATATTCCTAATGCAAATATGAATGAAGATGGCCCTTCCATGTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAATTTCACCTCACCAG         GCTGCCTAGACCACATAATGAAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106393 GAATTTCACCTCACCAGGTA...CAGGCTGCCTAGACCACATAATGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAAAAAAAAGTGTGTCAAGGCCG         GAAGCCTGTGGGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108730 ATAAAAAAAAGTGTGTCAAGGCCGGTA...CAGGAAGCCTGTGGGATCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AACATCACTGCTTGTAAGAAGAATGAGGAGACAGTAGAAGTGAACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110273 AACATCACTGCTTGTAAGAAGAATGAGGAGACAGTAGAAGTGAACTTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACCACTCCCCTGGGAAACAGATACATGGCTCTTATCCAACACAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110323 AACCACTCCCCTGGGAAACAGATACATGGCTCTTATCCAACACAGCACTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCATCGGGTTTTCTCAGGTGTTTGAG         CCACACCAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110373 TCATCGGGTTTTCTCAGGTGTTTGAGGTA...AAGCCACACCAGAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAAACGCGAGCTTCAGTGGTGATTCCAGTGACTGGGGATAGTGAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111043 CAAACGCGAGCTTCAGTGGTGATTCCAGTGACTGGGGATAGTGAAGGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TACGGTGCAG         CTGACTCCATATTTTCCTACTTGTGGCAGCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 TACGGTGCAGGTA...CAGCTGACTCCATATTTTCCTACTTGTGGCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACTGCATCCGACATAAAGGAACAGTTGTGCTCTGCCCACAAACAGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112162 ACTGCATCCGACATAAAGGAACAGTTGTGCTCTGCCCACAAACAGGCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCTTTCCCTCTGGATAACA         ACAAAAGCAAGCCGGGAGGCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112212 CCTTTCCCTCTGGATAACAGTA...CAGACAAAAGCAAGCCGGGAGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCTGCCTCTCCTCCTGCTGTCTCTGCTGGTGGCCACATGGGTGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113564 GCTGCCTCTCCTCCTGCTGTCTCTGCTGGTGGCCACATGGGTGCTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGGGATCTATCTAATGTGGAGGCACG         AAAGGATCAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113614 CAGGGATCTATCTAATGTGGAGGCACGGTA...CAGAAAGGATCAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ACTTCCTTTTCTACCACCACACTACTGCCCCCCATTAAGGTTCTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118172 ACTTCCTTTTCTACCACCACACTACTGCCCCCCATTAAGGTTCTTGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTACCCATCTGAAATATGTTTCCATCACACAATTTGTTACTTCACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118222 TTACCCATCTGAAATATGTTTCCATCACACAATTTGTTACTTCACTGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTCTTCAAAACCATTGCAGAAGTGAGGTCATCCTTGAAAAGTGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118272 TTCTTCAAAACCATTGCAGAAGTGAGGTCATCCTTGAAAAGTGGCAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAGAAAATAGCAGAGATGGGTCCAGTGCAGTGGCTTGCCACTCAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118322 AAGAAAATAGCAGAGATGGGTCCAGTGCAGTGGCTTGCCACTCAAAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCAGCAGACAAAGTCGTCTTCCTTCTTTCCAATGACGTCAACAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118372 GGCAGCAGACAAAGTCGTCTTCCTTCTTTCCAATGACGTCAACAGTGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCGATGGTACCTGTGGCAAGAGCGAGGGCAGTCCCAGTGAGAACTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118422 GCGATGGTACCTGTGGCAAGAGCGAGGGCAGTCCCAGTGAGAACTCTCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GACCTCTTCCCCCTTGCCTTTAACCTTTTCTGCAGTGATCTAAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118472 GACCTCTTCCCCCTTGCCTTTAACCTTTTCTGCAGTGATCTAAGAAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GATTCATCTGCACAAATACGTGGTGGTCTACTTTAGAGAGATTGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118522 GATTCATCTGCACAAATACGTGGTGGTCTACTTTAGAGAGATTGATACAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGACGATTACAATGCTCTCAGTGTCTGCCCCAAGTACCACCTCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118572 AAGACGATTACAATGCTCTCAGTGTCTGCCCCAAGTACCACCTCATGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATGCCACTGCTTTCTGTGCAGAACTTCTCCATGTCAAGCAGCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118622 GATGCCACTGCTTTCTGTGCAGAACTTCTCCATGTCAAGCAGCAGGTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1461 AGCAGGAAAAAGATCACAAGCCTGCCACGATGGCTGCTGCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118672 AGCAGGAAAAAGATCACAAGCCTGCCACGATGGCTGCTGCTCCTTG