seq1 = pF1KE1458.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE1458/gi568815575f_23567571.tfa (gi568815575f:23567571_23786332), 218762 bp

>pF1KE1458 813
>gi568815575f:23567571_23786332 (ChrX)

1-241  (100001-100241)   100% ->
242-359  (103959-104076)   100% ->
360-476  (107420-107536)   100% ->
477-599  (111595-111717)   100% ->
600-730  (114826-114956)   100% ->
731-765  (116101-116135)   100% ->
766-813  (118715-118762)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCTGCCGCTGCTAGCCGCGACAACTCCGGACCACGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCTGCCGCTGCTAGCCGCGACAACTCCGGACCACGGCCGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGAAGGCTGCTTCTGCTGCCGCTACTGCTGTTCCTGCTGCCGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGAAGGCTGCTTCTGCTGCCGCTACTGCTGTTCCTGCTGCCGGCTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGCAGGGCTGGGAGACAGAGGAGAGGCCCCGGACTCGCGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGCAGGGCTGGGAGACAGAGGAGAGGCCCCGGACTCGCGAAGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCACTTCTACGCGGGTGGACAAGTGTACCCGGGAGAGGCATCCCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCACTTCTACGCGGGTGGACAAGTGTACCCGGGAGAGGCATCCCGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCGGTCGCCGACCACTCCCTGCACCTAAGCAAAGCGAAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100201 ATCGGTCGCCGACCACTCCCTGCACCTAAGCAAAGCGAAGAGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCCAAGCCAGCGCCCTACTGGGAAGGAACAGCTGTGATCGATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103959 TTTCCAAGCCAGCGCCCTACTGGGAAGGAACAGCTGTGATCGATGGAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTAAGGAGCTGAAGTTAACTGATTATCGTGGGAAATACTTGGTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104009 TTTAAGGAGCTGAAGTTAACTGATTATCGTGGGAAATACTTGGTTTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCTACCCACTTGATTT         CACATTTGTGTGTCCAACTGAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104059 CTTCTACCCACTTGATTTGTA...CAGCACATTTGTGTGTCCAACTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTATCGCTTTTGGCGACAGACTTGAAGAATTCAGATCTATAAATACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107443 TTATCGCTTTTGGCGACAGACTTGAAGAATTCAGATCTATAAATACTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGGTAGCATGCTCTGTTGATTCACAGTTTACCCATTTGGCCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107493 GTGGTAGCATGCTCTGTTGATTCACAGTTTACCCATTTGGCCTGGTC...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477    GATTAATACCCCTCGAAGACAAGGAGGACTTGGGCCAATAAGGATTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111592 CAGGATTAATACCCCTCGAAGACAAGGAGGACTTGGGCCAATAAGGATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACTTCTTTCAGATTTGACCCATCAGATCTCAAAGGACTATGGTGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111642 CACTTCTTTCAGATTTGACCCATCAGATCTCAAAGGACTATGGTGTATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGAGGACTCAGGCCACACTCTTAG         AGGTCTCTTCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111692 CTAGAGGACTCAGGCCACACTCTTAGGTA...CAGAGGTCTCTTCATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATGACAAAGGAATCCTAAGACAAATTACTCTGAATGATCTTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114841 TGATGACAAAGGAATCCTAAGACAAATTACTCTGAATGATCTTCCTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTAGATCAGTGGATGAGACACTACGTTTGGTTCAAGCATTCCAGTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114891 GTAGATCAGTGGATGAGACACTACGTTTGGTTCAAGCATTCCAGTACACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACAAACACGGAGAAG         TCTGCCCTGCTGGCTGGAAACCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114941 GACAAACACGGAGAAGGTA...TAGTCTGCCCTGCTGGCTGGAAACCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAGTGAAACA         ATAATCCCAGATCCAGCTGGAAAGCTGAAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 116126 TAGTGAAACAGTA...CAGATAATCCCAGATCCAGCTGGAAAGCTGAAGT

    850     .    :    .
    797 ATTTCGATAAACTGAAT
        |||||||||||||||||
 118746 ATTTCGATAAACTGAAT